天监元年即公元502年三月底，齐和帝萧宝融下诏禅位给梁王萧衍。四月初八，萧衍正式即位成为梁武帝。当天，他追赠兄长萧懿为丞相，封长沙王，谥名为宣武，葬礼依照晋安平献王的先例。
第二天，梁武帝萧衍封前齐和帝萧宝融为巴陵王，王宫设在姑孰，对他优崇的礼数全都仿效南齐初年取代刘宋的先例。他还奉宣德太后为齐文帝妃，王皇后为巴陵王妃。齐朝的王侯等封爵，全部或降或除，唯有宋汝阴王（刘宋皇家后代）不在革除的名单上。
梁武帝接着追尊皇考即父亲为文皇帝，庙号太祖；皇妣即母亲为献皇后；追谥妃子郗氏为德皇后。他还封文武功臣车骑将军夏侯详等十五人为公、侯；封皇弟中护军萧宏为临川王，南徐州刺史萧秀为安成王，雍州刺史萧伟为建安王，左卫将军萧恢为鄱阳王，荆州刺史萧憺为始兴王，并任命萧宏为扬州刺史。
四月初九（丁卯），梁武帝任命中书监王亮为尚书令，相国左长史王莹为中书监，吏部尚书沈约为尚书仆射，长兼侍中范云为散骑常侍兼吏部尚书。他还下诏将后宫、乐府、西解、暴室（宫中负责织作染练，将织品暴晒的部门）的妇女全都遣返回家。次日，梁武帝将车骑将军高句骊王高云进号为车骑大将军，镇东大将军百济王馀大进号为征东大将军，安西将军宕昌王梁弥承进号为镇西将军；镇东大将军倭王武进号为征东大将军，镇西将军河南王吐谷浑休留代进号为征西将军。
四月初十（戊辰），巴陵王（即齐和帝）萧宝融去世。当时梁武帝想把南海郡作为巴陵国，把巴陵王迁徙到那里居住。沈约劝道：“古代和现在不一样。正像魏武帝所说的‘不可慕虚名而受实祸’。”梁武帝觉得有理，便派亲信郑伯禽前往姑孰，将生金进献给巴陵王。巴陵王说：“要我死不须要生金，醇酒就够了。”于是痛饮之后沉醉不醒。郑伯禽顺便就弄死了他。
萧宝融坐镇荆州时，琅邪人颜见远是他的录事参军。当萧宝融即帝位时，他担任治书侍御史兼中丞。萧宝融禅让后，颜见远绝食多日后去世。梁武帝听说后，说：“我受禅自然是应天顺人，跟天下士大夫没什么过不去的地方。颜见远何至于此！”
四月十二（庚午），他下诏说：“有司部门请依据周、汉的先例，讨论赎刑的条例。凡是身犯受鞭杖责罚之罪的长吏，都可以用赎金取代肉罚。台省的下级令史和士卒如果想用赎金取代，也听任其便。”
同时，朝廷封萧宝融的长兄谢沭县公萧宝义为巴陵王，供奉齐代的香火。萧宝义幼年时就得了残疾，不能说话，所以齐炀帝萧宝卷的兄弟里，只有他没有遇害。
齐南康侯萧子恪和弟弟祁阳侯萧子范曾有事入见。梁武帝私下跟他们说：“天下的宝座不能靠武力夺取。假如没有天运，即使有项籍的武力最终也会败亡。宋孝武（刘骏）生性猜忌，兄弟只要稍微有点名望他就把他们毒死了。朝中大臣因为受到猜疑而枉死的相继不绝。然而有的受到猜疑他却不能除掉，有的不受猜疑而最终却成为祸患。比如你的祖父（齐高帝萧道成）就因为军事才能受到猜疑，但却拿他没办法。湘东王（刘骏弟弟宋明帝刘彧）因为平庸愚昧而没受到猜疑，而宋孝武的子孙却全死在他手里。我那时已经出生，他哪里知道我会有今日！所以我知道有天命的人他人是伤害不了的。我刚平定建康时，大家都劝我除去你们这辈人好统一人心，我那时听取他们的意见那么干了，又有谁说不行！正是因为东渡江东以来，在朝代交替之际，总是屠杀异己，伤了和气，所以国运都不长久。还有，齐、梁的交替虽然算是革命，但和先前的朝代又不一样。我和你们兄弟虽然不是绝服（即五代以内的亲属），但宗属关系并不算远，在齐代创业之初也曾同甘共苦，情同一家，哪里能马上就变成行路的陌生人了呢！你们兄弟如果真有天命，我是杀不了你们的。如果没有天命，我又何必忽然要杀你们呢！只能显示我毫无度量而已。况且建武（指齐明帝萧鸾，年号建武）屠杀了你们的家族，所以我起义兵，不但为自己的门户雪耻，也为你们兄弟报了仇。你们如果能在建武和永元（齐炀帝年号）的年代拔乱反正，我岂能不放下干戈去拥戴你们！因此我夺取的是明帝家的天下，而不是你们家的天下。当年刘子舆自称汉成帝的儿子，光武帝说：‘假使成帝再生，他也不能重新得到天下，更何况刘子舆！’曹志是魏武帝的孙子，后来成为晋的忠臣。何况你们今天还是宗室成员，我正坦然期待你们，你们千万不要把自己当作外人！你们只要稍微等待一阵，自然就会知道我的微小心意。”萧子恪兄弟总共有十六人，后来都在梁朝出仕。萧子恪、子范、子质、子显、子云、子晖一道以才能知名，在历任官位上也都清廉显正，各以寿终。
梁武帝还下诏征召谢朏为左光禄大夫、开府仪同三司，何胤为右光禄大夫，何点为侍中。何胤和何点最终都不赴任。同时，南梁将南东海郡改为兰陵郡，并取消南徐州诸侨郡县的侨民身份，和本地人一样交纳赋税。
四月十五（癸酉），梁武帝下诏：“请在公车府（接待臣民上告的公署）中的谤木和肺石旁边各安置一个石函（即石匣）。如果当官的没有提到，而臣民有不同的建议，则可以把对时事的看法投入谤木旁的石函；如果有功劳和才器却没有被举荐，则可以把自荐信投入肺石旁的石函。”
梁武帝身穿浣洗过的衣服，用膳也经常只有蔬菜。每次挑选长吏，他务必要选拔清廉公平的人，然后在殿前召见他们，勉励他们好好从政。他提拔尚书殿中郎到溉为建安内史，左户侍郎刘鬲为晋安太守，这两人均以廉洁著称。到溉是到彦之的曾孙。他又签署诏令说：“有能力的小县令可以升迁大县，有能力的大县令可以升迁二千石。”他还任命山阴令丘仲孚为长沙内史，武康令东海人何远为宣城太守。因此地方官吏无不努力做到廉洁贤能。
这期间，鲁阳的蛮人包围北魏的湖阳。北魏抚军将军李崇带兵击溃了他们，杀了蛮人头领鲁北燕，然后将一万多户蛮人迁徙到幽、并各州以及北魏六镇。但他们很快又逃到南方。当地的官兵追剿他们直到黄河边上，把他们几乎全杀光了。
闰四月初十（丁酉），梁武帝任命代宕昌王梁弥邕为安西将军、河凉二州刺史，接替他去世的父亲成为宕昌王。五天后，他任命车骑将军夏侯详为右光禄大夫。闰四月三十（丁巳），魏顿丘匡公穆亮去世。
齐东昏侯的嬖臣孙文明等人，虽然获得大赦令，心里还很不自安。五月十八（乙亥）夜里，孙文明率领他的几百党徒，趁着运送用于宫里照明的芦荻，带着兵器戎服进入南、北掖门作乱。他们烧了神虎门和总章观，闯入卫尉府，杀害了卫尉洮阳愍侯张弘策。前军司马吕僧珍在殿内当值，派宿卫禁兵抵御，却不能击退他们。梁武帝穿上戎服站在御前殿，说：“贼人安排半夜进来，是因为他们人少。天亮时他们自然就会逃走。”因此命令打击五鼓。领军将军王茂和骁骑将军张惠绍听说宫里出事，急忙带兵赶来相救，盗贼这才散走。禁兵接着进行追捕，把他们全捉到杀了。
江州刺史陈伯之没有文化，他收到文牒或诉讼案子时，只是在上头批画表示同意而已；有事时也都是让典签传达他口头的意思，决定基本由部门长吏自主。豫章人邓缮和永兴人戴永忠从前对陈伯之有恩，陈伯之便任命邓缮为别驾，戴永忠为记室参军。河南人褚緭居住在建康，历来没有操行，当官也不得志。他屡次登门拜访尚书范云，范云不怎么理他，对他也很粗鲁。褚緭非常气愤，私下跟他的亲友们说：“建武（494）以后，下贱的乡巴佬都变成了贵人，我有什么过错反而见弃！如今新朝刚建，世上饥馑不已，什么时候发生动乱谁也不知道。陈伯之拥有重兵在江州，他并非主上的旧臣，必有自我猜疑的担忧。况且现在荧惑守南斗（火星接近斗宿，是不好的天象），莫非这是专门为我出现的征兆！今天我即使一事无成，跑到魏国去也至少当个河南郡守。”于是跑去投靠陈伯之，陈伯之马上就看中了他，把他当做亲信。陈伯之又用他的乡人朱龙符为长流参军，于是他俩利用陈伯之的愚昧和不明，恣意牟取私利。
梁武帝听说后，让陈虎牙私下去警戒他父亲陈伯之，又派人去取代邓缮作为他的别驾。陈伯之不接受诏命，还上表说：“朱龙符十分骁勇，邓缮办事既有成绩也有功效。朝廷所派的别驾，臣请求让他担任治中。”邓缮于是日夜劝说陈伯之道：“朝台现在府库空竭，武库里也没多少兵器，三座粮仓里更没见到稻米。东部现在正大闹饥荒，这是万世难遇的时候，机不可失！”褚緭和戴永忠等人也都赞成他的意见。陈伯之跟邓缮说：“今天我再为你启奏朝廷，如果他们还不同意，我就和你们一块造反。”梁武帝敕令陈伯之，让他在州里找个郡安排邓缮。于是陈伯之召集州府的僚佐，跟他们说：“今天收到齐建安王（萧宝寅）的命令。他已经率领江北十万义勇，来到了六合。他命令江州用现有兵力运粮迅速东下。我荷蒙明帝（萧鸾）的厚恩，当服从他的命令，誓死以报。”当即命令戒严，并让褚緭伪造萧宝寅的书信出示给僚佐，然后在听事厅前设置祭坛，歃血盟誓。
褚緭劝说陈伯之道：“今天我们举大事，应当大众一心。长史程元冲，和我们并不同心；临川内史王观，是王僧虔的孙子，人品不坏，将军可召他来担任长史取代程元冲。”陈伯之听从了他的建议，便任命褚緭为寻阳太守，戴永忠为辅义将军，朱龙符为豫州刺史。王观不肯接受任命。豫章太守郑伯伦在豫章起兵抗拒。程元冲失去职务后，在家里纠合了几百人，趁陈伯之不备，突入州府直到听事厅前。陈伯之亲自出来格斗，程元冲无法战胜，只好逃进庐山。陈伯之秘密派人报信给陈虎牙兄弟，他俩于是逃到盱眙去了。
六月初二（戊子），梁武帝下诏，任命领军将军王茂为征南将军兼江州刺史，率领大军前往讨伐陈伯之。
陈伯之听说王茂大军前来，跟褚緭等人说：“王观既不不肯就任，郑伯伦又不肯服从，那就应当让他们空手受困。现在我们先去平定豫章，打开南面的通道。同时发动更多的人力，增加运送军事物资和粮食，然后席卷北向，扑向江东饥饿疲惫的兵众。那时还怕不能成功吗？”六月初，他留下同乡人唐盖人守城，然后带兵直趋豫章，进攻郑伯伦，但一时无法攻下。王茂大军到时，陈伯之里外受敌，只好败走。他抄小路渡过长江，与陈虎牙等以及褚緭全都逃往北魏去了。
梁武帝派近侍陈建孙送齐益州刺史刘季连的子弟三人入蜀，让他到益州去宣旨慰劳。刘季连接受了诏命，整理了回京的行装。新任益州刺史邓元起这时才开始得以赴任。
当初，刘季连担任南郡太守时，对邓元起粗鲁无礼。都录朱道琛有罪，刘季连要杀他。朱道琛逃走躲了起来才得免一死。这时，朱道琛担任邓元起的典签，便劝说邓元起道：“益州的动乱和离心已久，官府和民间都空虚耗损得很厉害。刘益州马上就要离职了，哪有功夫办理派人远道前来迎接使君的差事！我请求先去探查探查，沿途安排奉迎的事项。不然的话，使君万里迢迢路上的资需和粮食供应，未必容易得到。”邓元起答应了。朱道琛到益州后，对刘季礼言语不恭，又到处造访州府人士，见到什么好东西，就要找法子拿走；遇到不肯给的，就说：“这东西迟早都是别人的，何必这么舍不得！”于是州府的军政士人无不惊惧，以为邓元起来后一定会杀了刘季连，还会株连到他的党羽，因此大家都来劝说刘季连。刘季连也这样觉得，并且害怕当年对邓元起无礼可能带来的报复，便把属下部队召来，算了算还有带甲精兵十万。他感叹道：“占据如此天险的地盘，手握如此强盛的兵马，进可以匡护社稷，退也不失成为当年的刘备。舍弃了哪里还有比这里更安全的地方？”于是召集手下的佐吏，假装得到齐宣德太后的诏令，聚兵再次造反，收捕并杀了朱道琛。他召巴西太守朱士略和涪令李膺前来，但他俩都不接受命令。当月，邓元起抵达巴西，朱士略开门迎纳了他。
先前，很多蜀民逃亡在外。听说邓元起来了，大家争着出来投奔依附，都说要起义兵响应朝廷。因此邓元起的部众新旧加起来有三万多人。邓元起在路上时间久了，粮食开始短缺。有人跟他建议说：“蜀地官府办事缓慢，民间有很多人装病逃税。如果严格检查巴西一郡的户籍注册情况，对那些人进行罚款，一定会收获丰厚。”邓元起觉得有理。李膺谏道：“使君前面有强敌，后面没继援，山民们刚开始归附，其实还在观望我们如何为政。如果我们用刻薄的手段纠正以前的弊病，百姓必然不堪重负。人心一旦离散，将后悔莫及。其实用不着去检查真假病人来帮助军队。我请求出去想想办法，不怕军资和粮草不足。”邓元起说：“好。就这样，全都委托你了！”李膺退下后，很快就带领当地富人献上军资谷米，共得到三万斛。
再说刘季连派部将李奉伯等人抗拒邓元起。邓元起和他们作战，双方各有胜负。但许久后，李奉伯等人战败退回成都，邓元起接着进据西平。刘季连把周围的居民赶进城里，然后闭城坚守。邓元起进驻蒋桥，离成都只有二十里，并把辎重留在郫城。李奉伯等人抄近路去偷袭并攻陷了郫城，邓元起的军事储备全都没了。邓元起舍弃了郫城，径直包围州城。城局参军江希之密谋举城投降，结果失败而死。
到了翌年即公元503年正月下旬，成都城里的粮食耗尽，一升米涨到三千钱，导致人吃人的现象。刘季连自己长期吃稀粥，一筹莫展。梁武帝派主书赵景悦去宣诏接受刘季连的投降，刘季袒露臂膊前往邓元起军门请罪。邓元起将刘季连迁移到城外后就登门拜访，以礼待他。刘季连谢罪说：“早知道使君如此仁义，哪里还会有先前的事情！”郫城也投降了。邓元起杀了李奉伯等人，然后送刘季连前往建康。
当初，邓元起在路上时，怕事情不成，所以对部下没什么赏赐，前来投奔他的士人他也只能许诺他们将来的封官。因此这时接受他别驾和治中任命书的人有近二千人。
刘季连来到建康，进入东掖门，每几步就要磕个头，战战兢兢地来到梁武帝面前。梁武帝笑道：“你想当刘备，然而却不如公孙述。难道就找不到像卧龙（孔明）那样的臣属吗！”到底还是赦免他为庶人。
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