贞观二十三年即公元649年五月十八（辛酉），初唐名将卫景武公李靖去世。五月二十六（己巳），一代明君唐太宗李世民在翠微宫驾崩，终年五十二岁。
唐太宗死时，太子李治抱着他舅舅长孙无忌的脖子，号哭得几乎昏绝过去。长孙无忌抹去眼泪，请求他镇静下来，处理众多遗留事务，好安定朝廷内外。但太子继续哀号不已，长孙无忌说：“主上将宗庙社稷托付殿下，殿下怎能仿效匹夫，只懂得哭泣！”唐太宗遗诏让太子在灵柩前即位，丧礼必须采用汉朝的制度。于是太子暂时秘不发丧。五月二十七（庚午），长孙无忌等人请求太子先回长安，并派唐太宗的旧将带领禁卫军的飞骑和劲兵跟他一道回去，同时发动六府的甲士四千人，分别布列在道上以及安化门前。次日，太子进入京城；唐太宗的大行御马车舆和侍卫也像平时那样，跟随太子进入皇宫，停留在两仪殿。朝廷任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼侍中，并任命代理刑部尚书、右庶子、兼吏部侍郎高季辅兼中书令。五月二十九（壬申），太子李治正式在太极殿为唐太宗发丧，宣谕遗诏，即位成为唐高宗。军国大事，片刻不能暂停；平常细务，则全都委托给有司部门。身为都督或刺史的诸位封王，都允许前来长安奔丧，但只有濮王李泰不在其中。唐高宗还取消了辽东的出征以及各项土木工程。在朝廷任职以及前来朝贡的外域异族人士有好百人，听说唐太宗的死讯后无不痛哭流泪，不少人纷纷剪去头发、划破面孔、割了耳朵，血流满地。
六月初一（甲戌），唐太宗在太极殿下殡，同时唐高宗李治正式即位。李治是唐太宗第九子，母亲是文德顺圣长孙皇后，贞观二年（628）六月生于东宫的丽正殿，于贞观五年封晋王。贞观七年，他遥授并州都督。李治幼年时就聪慧端庄，小心谨慎，宽仁孝友。他最初在著作郎萧德言那里学习《孝经》，唐太宗问他：“这书的要旨是什么？”李治答道：“孝道是从事奉亲人开始的，然后是事奉君王，最终以立身结束。君子事奉主上时，进则思考如何尽忠，退则思考如何补过，顺应主上的美德，匡救主上的过错。”唐太宗非常高兴地说：“这么做，真足以事奉父兄，成为臣子了。”当文德皇后病逝时，晋王才九岁，但表现出的哀伤却感动了身边侍从。唐太宗屡次对他加以慰抚，因此深得和其他皇子不同的恩宠，不久就拜右武候大将军。贞观十七年，皇太子李承乾被废，魏王李泰也因罪被黜。唐太宗与长孙无忌、房玄龄、李勣等人商议后，立李治为皇太子。唐太宗每次视朝，总要让他在身侧，观看他如何处理政务，有时也让他参议。唐太宗多次赞扬他的善良。贞观十八年，唐太宗将要讨伐高丽，命令太子留镇定州。当御驾定期要出发前，他连续哭了好几天，并因此请求用驿马飞送表章问候唐太宗的起居，并接受敕令和呈递汇报。唐太宗同意了。飞表奏事，就是从那时开始的。当大军归来时，李治跟从唐太宗到并州。当时唐太宗身患痈肿，李治亲自为他吮吸脓血，还多日扶着步辇跟在唐太宗身边。
唐高宗即位后，下诏大赦天下，并为朝廷内外文武百官赐勋一级，并赠送八十岁以上的老人谷粟布帛，还让雍州以及诸州近年来为大军提供超常劳役的百姓，免除一年租赋。
六月初四（丁丑，《旧唐书》作辛巳），唐高宗提拔叠州都督李世勣（即李勣）为特进、代理洛州刺史、洛阳宫留守。
先前，唐太宗下令让全国不要因为他的的名字“世民”而避讳，只要不连名就行。到这时，朝廷才开始将犯讳的官名改掉。
六月初八（辛巳），朝廷将民部尚书改为户部尚书。
六月初十（癸未），唐高宗任命司徒、扬州都督、赵国公长孙无忌为太尉，兼行中书令，掌管尚书和门下二省事务，并赐给他三千段布帛。长孙无忌再三要求辞去掌管尚书省事务，唐高宗答应了，但仍然命令他以太尉的身份代行同中书门下三品。六月二十（癸巳），唐高宗任命李世勣为开府仪同三司、同中书门下三品。
秋七月初三（丙午），有司部门请求将治书侍御史改为御史中丞，各州治中改为司马，别驾改为长史，治礼郎改为奉礼郎，以避免唐高宗的名讳。因为贞观时不避讳先帝名字的二字，所以有司部门这时上奏说：“先帝二名，礼不偏讳。陛下既然是单名，臣子就必须避讳。”唐高宗同意了。
阿史那社尔打败龟兹时，行军长史薛万备请求乘胜前去说服于阗王伏信入朝谒见，阿史那社尔听从了他的建议。秋七月初六（己酉），伏信跟随薛万备入朝，唐高宗下诏让他前去拜谒唐太宗的梓官。
八月初一（癸酉）夜里，发生地震，晋州尤其严重，压死了五千多人。两天后又震。唐高宗下诏派使者前往慰问，为该地区免除租赋两年，还赐给死者家属各三匹绢布。
八月初四（丙子），朝廷百官上奏请求追谥唐太宗为文皇帝，庙号太宗。八月十八（庚寅），朝廷将文皇帝李世民安葬在昭陵，庙号为太宗。阿史那社尔和契苾何力请求自杀为唐太宗殉葬，唐高宗派人劝谕他们，说先帝有遗诏不许他们这么做。朝廷还让人雕刻了被先帝擒获或征服的突厥可汗颉利和其他异族君长等十四人的石像，刻上名字排列在北司马门内。唐高宗上元元年（674）八月，朝廷将唐太宗的尊号改为文武圣皇帝。唐玄宗天宝十三年（754）二月，朝廷将唐太宗的尊号改为文武大圣大广孝皇帝。这是后话。
八月二十五（丁酉），礼部尚书许敬宗上奏，应当毁掉弘农府的君庙，并请求将那里的神主牌位收藏在西夹室。唐高宗同意了。
九月十二（甲寅），朝廷加授鄜州刺史荆王李元景为司徒，并任命前安州都督吴王李恪为司空兼梁州刺史。
九月十三（乙卯），唐高宗任命李世勣为左仆射。
九月二十四（丙寅），唐高宗追赠房玄龄为太尉梁国公，追赠高士廉为司徒申国公士廉，追赠屈突通为左仆射蒋国公，一道在唐太宗庙庭配享。
冬十月，朝廷在突厥诸部的地盘设置舍利等五州，隶属云中都督府，还设置苏农等六州，隶属定襄都督府。
十月初四（乙亥），唐高宗问大理卿唐临关在那里的囚犯人数，唐临答道：“现有囚犯五十多人，只有两人应被处死。”唐高宗听了很高兴。唐高宗曾亲自审讯囚犯，前任大理卿判决的囚犯大多呼叫喊冤，但唐临判决的毫无怨言。唐高宗对其中的原因感到奇怪，便问是什么原因。囚犯们说：“唐卿判决的，本来就没有冤枉的。”唐高宗叹息了良久，说：“治理狱讼的人就应当是这样！”
唐高宗封吐蕃的赞普弄赞为驸马都尉和西海郡王。赞普弄赞写信给长孙无忌等人说：“天子刚刚即位，如果有不忠的臣下，应当率兵到他们的国家讨伐，除掉他们。”
十一月二十三（甲子），唐高宗任命瑶池都督阿史那贺鲁为左骁卫大将军。次日，晋州再次发生地震。
十二月，唐高宗下诏，让濮王李泰开设幕府，安置僚属。对他的车服和珍膳，特加优待。
这年冬天长安没下雪。
翌年即公元650年春正月初一（辛丑），唐高宗没接受元日朝贺，只是下诏改元为永徽。次日，他在太极殿接受朝贺，但没举行朝会。
正月初六（丙午），唐高宗立妃子王氏为皇后。皇后是北周名将王思政的孙子。他还封皇后父亲王仁祐为特进、魏国公。次日，他任命陈王李忠为雍州牧。
正月十九（己未），唐高宗任命张行成为侍中。
正月二十一（辛酉），唐高宗召见各地来的朝集使，跟他们说：“朕刚即位，有不便于百姓的事情都应当陈述，陈述不完的可呈上密封奏事。”从那天开始每天都请十位刺史入阁，询问百姓的疾苦，及其为政措施。
有个叫李弘泰的洛阳人诬告长孙无忌谋反，唐高宗命令将他立即处斩。长孙无忌和褚遂良同心辅政，唐高宗也非常尊重礼遇他们二人，很谦恭地听取他们的意见，所以永徽年间的政治，百姓富庶安宁，颇有贞观盛世的遗风。
唐太宗的女儿衡山公主本应嫁到长孙家。有司部门觉得为唐太宗的服丧已经公除（大臣们都解除了丧服），便觉得他们可以在今秋成婚。于志宁上言说：“汉文帝立下的制度，本是为了天下百姓着想。公主的丧服本来是斩衰（最重的丧服），纵使丧服随着惯例解除，但感情怎能也随惯例更改？臣请求再等三年，服丧完毕后再成婚。”唐高宗听从了他的建议。
二月二十二（辛卯），唐高宗封皇子李孝为许王，李上金为杞王，李素节为雍王。
夏四月初一（己巳），晋州又发生地震。五月初九（丁未），唐高宗跟群臣说：“朕愧居大位，政教不明，致使晋州一带屡遭地震。这都是因为赏罚失去公允，为政违背法度。你们大家都应当各进密封奏事，极力指出朝政的得失，匡护不足的地方。”
同时，吐火罗派使者进献像骆驼那么大的巨鸟，据说食用铜铁。唐高宗让人将巨鸟献到昭陵。
五月二十四（壬戌），吐蕃的赞普弄赞去世，他的嫡子早死，他们就立他孙子为赞普。唐高宗派右武卫将军鲜于匡济带着盖有御玺的诏书前往吊祭。赞普幼弱，政事都取决于国相禄东赞。禄东赞秉性明达严肃，治军有方，吐蕃因此更加强大。出兵威慑氐人和羌人，都是他的谋略。
六月，右骁卫郎将高侃出击突厥，来到阿息山。车鼻可汗派人去召各部兵马，但没人前来。他只好带着几百随从骑马逃走。高侃率领精骑追到金山，生擒了车鼻可汗回来。车鼻的其余部众全都投降。
六月十三（庚辰），晋州再次地震。秋七月二十九（丙寅），唐高宗因为旱灾，亲自审讯和笔录京城的囚徒。
当初，阿史那社尔俘虏了龟兹王布失毕，立他弟弟为王。唐军撤离后，龟兹的酋长们争相自立，互相攻打。八月十六（壬午），唐高宗下诏重新封布失毕为龟兹王，遣送他回国，去安抚他的部众。
九月初四（庚子），高侃带着被俘的车鼻可汗回到京师。四天后，朝廷在社稷宗庙以及昭陵举行献俘仪式。唐高宗释放了他，还拜他为左武卫将军，把他的剩余部众安置在郁督军山，并设置狼山都督府加以统领。唐高宗接着任命高侃为卫将军。于是突厥头领全都成为朝廷的分封大臣，朝廷还分别设置单于和瀚海二都护府。单于统领狼山、云中、桑乾三都督，苏农等十四州；瀚海统领瀚海、金徽、新黎等七都督，仙萼等八州。朝廷各以他们的酋长为刺史或都督。
九月二十三（己未），尚书左仆射英国公李世勣一再请求解职，唐高宗答应了（通鉴作十月初三戊辰），但让他以开府仪同三司代行同中书门下三品。
九月二十七（癸亥），唐高宗出外围猎，遇上大雨。他问谏议大夫昌乐人谷那律道：“油衣怎么做才不漏雨？”他答道：“用瓦片做油衣那就一定不漏。”唐高宗听懂了他的意思，十分赞许，并为此取消了围猎。
十一月二十四（己未），监察御史阳武人韦思谦上奏弹劾中书令褚遂良，指控他强行用底价购买中书省负责异域语言官员的田地。大理少卿张睿册认为诸遂良是根据估价部门定的价格购买，因而无罪。韦思谦上奏说：“朝廷设置估价部门，是为了国家的需要。臣下私下的交易，怎能按照估价为准！张睿册舞文弄墨，附下罔上，罪当诛杀。”当天，唐高宗将褚遂良贬为同州刺史，张睿册贬为循州刺史。韦思谦名仁约，通常用字称呼。
十二月初五（庚午），梓州都督谢万岁和兖州都督谢法兴与黔州都督李孟尝带兵出讨琰州反叛的獠族人。谢万岁和谢法兴进入他们的溪洞，想去招慰他们，结果被獠人杀害。
这年，雍、绛、同等九州闹旱灾和蝗灾；齐、定等十六州闹水灾。
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