永徽六年即公元655年十一月初一（丁卯），唐高宗李治正式册封武氏（即武则天）为皇后。翌年正月初六（辛未），唐高宗将皇太子李忠贬为梁王和梁州刺史，立武皇后的儿子四岁的代王李弘为皇太子。八月初十（辛丑），葱山道行军总管程知节（即程咬金）出击西突厥。十二月，大军回来后，程知节被指控逗留不前，被罢了兰州都督的官职。
显庆二年即公元657年正月二十一（辛巳，通鉴作癸巳，疑有误），朝廷在哥逻禄部落的地盘上分别设置阴山和大漠二都督府。
正月三十（庚寅），唐高宗前往洛阳。闰正月十二（壬寅），御驾抵达洛阳。
闰正月二十（庚戌），唐高宗任命右屯卫将军苏定方为伊丽道行军总管，率领燕然都护渭南人任雅相和副都护萧嗣业征发回纥等部落的士兵，自北道出讨西突厥的沙钵罗可汗阿史那贺鲁。萧嗣业是萧钜的儿子。
当初，右卫大将军阿史那弥射和他族兄左屯卫大将军阿史那步真，都是西突厥的酋长。唐太宗贞观年间，他们率众来降。这时，朝廷下诏任命阿史那弥射和阿史那步真为流沙安抚大使，从南道出发去招集旧部。
二月初二（辛酉），唐高宗的御驾来到洛阳宫。两天后，朝廷特赦洛州，原宥了所有流放以下的囚犯，免了百姓一年的租调，并赐给百岁以上的民众氈衾和谷粟布帛。
二月十一（庚午），唐高宗立皇七子李显为周王，并于两天后改封雍王（《旧唐书》作许王）李素节为郇王。
三月十五（甲辰），唐高宗任命潭州都督褚遂良为桂州都督。三月十九（戊申），朝廷禁止舅姑下拜公主，父母下拜王妃。三月二十四（癸丑，《旧唐书》作甲子为误），他任命中书侍郎李义府为中书令兼检校（代理）御史大夫，黄门侍郎杜正伦兼任度支尚书，依旧同中书门下三品。
夏五月初八（丙申），唐高宗到明德宫避暑。他自从即位以来，每天都临朝听政。四天后，宰相上奏，因为天下太平无事，请求他隔日听政。唐高宗答应了。
秋七月初一（丁亥），唐高宗回到洛阳宫。
王玄策当年打败天竺国时，得到方士那罗迩娑婆寐，把他带回到长安。他自言知道长生的法术。唐太宗当时还很信他，深为礼敬，让他去合成长生药，还派使者到全国各地寻求奇药异石，又派人到婆罗门各国采药。那罗迩娑婆寐的话全是迂腐荒诞，毫无事实，只是想拖延岁月而已，长生药最后没有搞成。唐太宗只好送他回去。唐高宗即位后，那罗迩娑婆寐再次来到长安，但又被遣送回去。王玄策当时任道王王友。七月二十五（辛亥），他上奏说：“这位婆罗门人的确能合成长生药，他自己也说必定会成。今天把他遣送回去，有点可惜。”王玄策退下后，唐高宗跟侍臣们说：“自古以来哪有什么神仙！秦始皇和汉武帝都到处寻求仙药，给百姓造成许多麻烦，结果一无所成。如果真有不死的人，今天他们都在哪里！”李世勣说：“正像陛下的圣言所说。这婆罗门今番再次前来，容发都已衰白，和上次大不一样。自己都不能长生！陛下遣送他回去，朝廷内外全都高兴。”娑婆寐最终还是死在长安。
许敬宗和李义府秉承武皇后的旨意，诬告侍中颍川县公韩瑗和中书令兼太子詹事南阳侯来济与褚遂良暗中图谋不轨，把桂州当作用武之地。还说他们建议改任褚遂良为桂州都督，就是想以他为外援。八月十一（丁卯），韩瑗因此被贬为振州刺史，来济被贬为台州刺史，终身不许到长安朝觐。他们都是因为当时想谏止唐高宗立武昭仪为皇后和搭救褚遂良而遭到贬黜。朝廷又将褚遂良贬为爱州刺史，将荣州刺史柳奭贬为象州刺史。
褚遂良到了爱州后，上表自我陈诉道：“以前濮王（李泰）和李承乾（前太子）争夺储君之际，臣不顾生死，为陛下出力。当时岑文本和刘洎奏称：‘承乾的恶状已经彰明，目前人也在别处。东宫非常重要，不能须臾空旷。请陛下暂且让魏王（李泰）到东宫居住。’臣又上言极力争辩，这都是陛下亲眼所见。臣最终和长孙无忌等四人共定大策（让陛下成为太子）。当先帝病危时，只有臣与长孙无忌一同接受遗诏。陛下在先帝殡葬之际，不胜哀恸。臣用社稷重要的话宽慰陛下，陛下双手抱着臣的颈项。臣与长孙无忌一同处理各种大事，毫无欠缺，数日之间，朝廷内外全都安宁。臣虽出力微小，然而责任重大，弄不好就会造成大祸。蝼蚁尚且贪生，乞求陛下（看在臣佐命的功勋上）给臣一些哀怜。”表章呈上后，唐高宗没有省阅。
八月十三（己巳），礼官上奏：“四郊迎气，存太微五帝之祀；南郊明堂，废纬书六天之义。其方丘祭地之外，别有神州，亦请合为一祀。”意思是将四郊和明堂以及方丘和神州的祭祀都合并到一块。唐高宗准奏。
八月十五（辛未），唐高宗任命礼部尚书高阳郡公许敬宗为侍中，奖励他在立武后时的功劳。同时，他还任命兼度支尚书杜正伦为兼中书令（《旧唐书》和《新唐书》均作九月初五庚寅）。
冬十一月十四（戊戌，通鉴和《旧唐书》均作十月为误，以《新唐书》为准），唐高宗巡幸许州。十一月二十（甲辰），他派使者去重新审讯御驾经过的州县囚犯，并于次日在滍水南面围猎。十一月二十八（壬子），御驾来到祀水曲，接着在新郑举行军事演习，还特赦郑州，免去当地百姓一年的租赋，赐给八十以上老人谷粟布帛，还让地方官员将当地以前曾担任过唐高祖佐吏的人名单报上。同时他还派人到春秋时郑大夫国侨和汉太丘长陈实的坟墓祭典。十二月初一（乙卯），唐高宗回到洛阳宫。
再说苏定方带兵出击西突厥的沙钵罗可汗阿史那贺鲁。大军来到金山北面，他先出击处木昆部落，击溃了他们。该部落的俟斤懒独禄等人率领一万多帐篷人前来投降。苏定方抚慰了他们，征用了其中一千骑兵和自己一道进军。
右领军郎将薛仁贵上言说：“泥孰部落历来不服阿史那贺鲁，结果被他攻破，还俘虏了他们的妻儿。如今我们攻打阿史那贺鲁诸部，如果俘获了泥孰部落人的妻儿，应当归还他们，同时给予一定赏赐，使他们清楚地知道阿史那贺鲁是贼，而大唐则是他们的父母。那样一来，他们一定会为陛下拚死作战，不遗余力。”唐高宗听从了他的建议。泥孰部落民众因此非常高兴，纷纷请求从军，共同出击阿史那贺鲁。
苏定方来到曳咥河西面，沙钵罗可汗率领十姓部落十万兵马前来拒战。苏定方带领唐兵以及回纥的一万多人出击。沙钵罗觉得苏定方兵少，直接进军包围。苏定方命令步兵占据南原，手持长槊外向，自己率领骑兵在北原布阵。沙钵罗首先攻打步军，但冲了三次锋都无法打破步兵阵势。苏定方率领骑兵出击，结果沙钵罗大败。苏定方率军追杀了三十里，斩获数万人。次日，苏定方率军继续前进。于是胡禄屋等西突厥的五弩失毕（即西部五大部落。它们分别是：阿悉结阙俟斤部、阿悉结泥孰俟斤部、哥舒处半俟斤部、哥舒阙俟斤部、拔塞干暾俟斤部）都带领部众来降。沙钵罗只好和处木昆屈律啜等数百骑往西逃走。当时阿史那步真从南道出兵，五咄陆（即东部五大部落）听说沙钵罗战败，全都前往阿史那步真那里投降。苏定方于是命令萧嗣业和回纥头领婆闰率领胡兵直趋邪罗斯川，追赶沙钵罗，苏定方自己和任雅相带领新来归附的部众后继。刚好遇上大雪，平地都有二尺厚，军中将士请求等待天晴再行军。苏定方说：“敌虏仗着雪深，以为我们不能前进，必定会让兵马休息。我们加紧追赶就能赶上。如果慢了，他们就会跑远了，无法再追。事倍功半，就在这时了！”于是全军蹋雪，昼夜兼行，所过之处招降了不少敌方的部众。到了双河，苏定方与阿史那弥射和阿史那步真会合，离沙钵罗的住地只有二百里。苏定方于是布阵长驱，直接来到沙钵罗的牙帐前面。沙钵罗和他的徒众将要出去围猎，苏定方攻其不备，纵兵出击，斩获数万人，还缴获了他们的大鼓和旗纛。沙钵罗和他儿子咥运、女婿阎啜等人逃脱，投奔石国去了。苏定方于是停息了兵戈，让诸部各自回归自己居住的地方，开通道路，设置邮驿，掩埋骸骨，问候疾苦，计划疆场，恢复生业，凡是被沙钵罗劫掠的男女，全数归还，西突厥的十姓部落安然如故。他接着命令萧嗣业带兵追赶沙钵罗，苏定方自己率领大军凯旋而归。
沙钵罗到了石国西北的苏咄城，人马饥乏，于是派人带着珍宝入城买马。城主伊沮达官假装用酒食出城相迎，引诱他们入城。等他们进去后，他闭门拿下了沙钵罗他们，送往石国。萧嗣业到石国时，石国人将沙钵罗交给他处置（《新唐书》说十二月初三丁巳，苏定方在金牙山打败阿史那贺鲁，并捉拿了他。《旧唐书》则把苏定方攻破西突厥和阿史那贺鲁被俘的事放在明年春，还说他先后俘获了人畜四十余万。）。
十二月十一（乙丑，《旧唐书》把这事放在明年春的甲寅，说西域平定后，朝廷在那里设置濛池和昆陵二都护府。），朝廷在西突厥地盘设置濛池和昆陵二都护府，任命阿史那弥射为左卫大将军、昆陵都护、兴昔亡可汗，负责五咄陆部落；任命阿史那步真为右卫大将军、濛池都护、继往绝可汗，负责五弩失毕部落；还派光禄卿卢承庆持节，带上朝廷的册命，让阿史那弥射和阿史那步真与卢承庆根据各个部落的大小，原先位望的高低，分别赐给他们下属酋长刺史以下的官职。
十二月十三（丁卯），唐高宗下达亲笔手诏，以洛阳宫为东都，洛州官吏的员品都和雍州（长安所在地）的一样。同时，朝廷还取消了谷州，将原属谷州的福昌等四县和怀州的河阳、济源、温县，以及郑州的汜水并入洛州。
十二月十五（己巳），中书省设置起居舍人两员，品秩和起居郎一样。次日，朝廷任命皇子周王李显为洛州牧。十二月二十八（壬午），朝廷将散骑常侍分为左右各两员，右散骑常侍隶属中书省。
这年，唐高宗下诏说：“自今以后，僧尼不得接受父母以及尊者的礼拜，所司部门会有明确法制加以禁断。”也在这年，朝廷任命吏部侍郎刘祥道为黄门侍郎，仍然负责吏部选拔官员的事。刘祥道认为：“如今选拔官员的部门选取官员过于随便，每年入流的人数，都超过一千四百。杂色人员都可以入流，从未认真考核。目前，一品至九品的朝廷内外文武官员，共有一万三千四百六十五员。大约三十年，将有一万三千多人离职。如果每年入流五百人，就足够这一数目。所以希望有所改革。”后来杜正伦也上言说入流的人数太多。唐高宗于是命令杜正伦和刘祥道详细议决这事，然而大臣们都害怕改革，这事也就压下了。刘祥道是刘杜甫的儿子。
显庆三年即公元658年正月初五（戊子），太尉赵国公长孙无忌等人上呈他们所修撰的新礼，共一百三十卷，二百五十九篇。唐高宗下诏在全国颁行。先前，朝议认为贞观年间礼节缺乏规定行文，所以唐高宗命令长孙无忌等人修撰。当时许敬宗和李义府当权，对新礼做了很多迎合唐高宗旨意的更改，所以受到学者的非议。太常博士萧楚材等人认为新礼里谈到国君丧亡之事，并非是臣子应当谈到的。许敬宗和李义府觉得他讲得很有道理，便当场烧了其中的《国恤》一篇，因此礼法书中缺少了凶礼一节。
起初，龟兹王布失毕妻子阿史那氏和相国那利私通，布失毕不能禁止，于是君臣互相猜忌，各有自己的党羽，互相前来诉苦。唐高宗将双方都召到长安来。来了后，朝廷将那利囚禁起来，然后派左领军郎将雷文成护送布失毕归国。到了龟兹东境的泥师城时，龟兹大将羯猎颠发动部众拦住他们，然后派使者向西突厥的沙钵罗可汗投降。布失毕占据城池自守，但不敢继续前进。唐高宗下诏派左屯卫大将军杨胄出兵讨伐羯猎颠。刚好布失毕病故，杨胄率军和羯猎颠大战，击溃了他，并生擒羯猎颠及其党羽，把他们都杀了。朝廷于是在他的地盘设置龟兹都督府。正月二十五（戊申），朝廷立布失毕的儿子素稽为龟兹王兼都督。
二月初四（丁巳），唐高宗离开东都，并于二月二十一（甲戌）回到京师。二月二十九（壬午），唐高宗亲自审讯囚徒，原宥了不少犯人。
夏五月初二（癸未），朝廷将安西都护府迁到龟兹，以旧安西都护府为西州都督府，坐镇高昌故地；还增置怀化大将军为正三品，归化将军为从三品，用以授人新归附的少数民族首领，仍然分派他们担任宿卫。
六月，营州都督兼东夷都护程名振和右领军中郎将薛仁贵带兵攻打高丽的赤烽镇，并攻拔了它，斩首四百多级，俘虏一百馀人。高丽人派大将豆方娄率众三万抗拒，程名振派契丹兵马反击，击溃了高丽人，斩首二千五百级。
秋八月二十四（甲寅），播罗哀的獠族酋长多胡桑等人率众内附朝廷。
九月，朝廷取消太学里的书、算、律学三科。有司部门上奏请求建造七百乘排车，打算在唐高宗巡幸载排城时用。唐高宗认为会给百姓增加负担，决定只在原来停顿的地方修建院墙就行了。
冬十月十一（庚申），吐蕃的赞普来长安求婚。
中书令李义府得到唐高宗的宠幸，他所有儿子们连抱在怀里的都并列清贵。而李义府贪得无厌，母亲和妻子以及几个儿子和女婿，全都卖官鬻狱（在诉讼上敲诈勒索），因此门庭若市。他还结党营私，倾动朝野。中书令杜正伦总是以自己比他先入相自处，而李义府仗恃唐高宗的恩宠，不肯身居其下，于是两人有了矛盾，甚至导致杜正伦和李义府在唐高宗之前当面争吵。唐高宗因为大臣不和，同时责备了他俩。十一月初六（乙酉），唐高宗将兼中书令、皇太子宾客、襄阳郡公杜正伦贬为横州刺史，将兼中书令、皇太子宾客兼检校御史大夫、河间郡公李义府贬为普州刺史。杜正伦不久就病死在横州。
杜正伦是相州洹水人。隋仁寿中年（603左右），他和兄长杜正玄和杜正藏都以秀才及第。隋代举秀才每年才十来人，而杜正伦一家有三秀才，深为当时人们称道赞美。杜正伦善于写文章，非常熟悉佛经，在隋朝任羽骑尉。唐高祖武德中年，他经历迁出任齐州总管府录事参军。李世民听说他的名声，让他到秦府文学馆当值。贞观元年（627），尚书右丞魏徵上表推荐杜正伦，认为他古今难以匹敌的人才，朝廷于是提拔他为兵部员外郎。唐太宗跟他说：“朕今天让人举荐有能力的人，并非朕就喜欢有能力的人，只是因为他们对百姓有益而已。朕对于宗亲以及以往勋旧中没有能力的人，终究都没有任用。因为爱卿的忠直，朕今天启用爱卿，爱卿应当勉励，对得起朕的启用。”贞观二年，杜正伦官拜给事中，并负责记录起居注。唐太宗曾跟侍臣说：“朕每日坐朝，想说句话时，总要考虑这话是否对百姓有利，所以不能多说。”杜正伦进言说：“国君的一举一动都得记载，每句话都保存在左右史里。臣的职责是记录起居注，所以不敢不尽愚直。陛下如果说了句没道理的话，那么千载都会影响陛下的圣德，并非只是当今有损于百姓。所以还希望陛下慎重。”唐太宗非常高兴，赐给他二百段绢。
贞观四年，杜正伦经累迁出任中书侍郎。贞观六年，杜正伦与御史大夫韦挺、秘书少监虞世南、著作郎姚思廉等都上呈密封奏事。唐太宗很满意，为他们设宴，还说：“朕历观自古以来人臣尽忠的事，如果遇上明主，便能尽诚规谏。但至于龙逢和比干，最终却不免遭到杀戮。为君不易，为臣更难。我又听说龙可以被驯服，然而它喉下有块逆鳞，触到它龙就会杀人。人主也有逆鳞，爱卿等却不避犯触，各进封事。如果能经常如此，朕哪里还会担心危亡！我思量爱卿等人的这番善意，岂能说忘就忘？所以今天聊设宴乐招待你们。”还赐给他们不同数量的布帛。唐太宗不久又加授杜正伦为散骑常侍，代行太子右庶子，兼崇贤馆学士。唐太宗跟他说：“国家的储君，自古以来就被看重，所以一定要选择善人为他辅佐。如今太子年龄很小，心智也都未定，朕如果朝夕和他相处，当然能随时给他诫约。如今既然让他监国，就不能常在眼前。知道爱卿志怀忠贞，能直率进谏，所以就不再让爱卿跟朕，好去匡扶太子。爱卿应当知道委任的轻重。”贞观十年，他又授任杜正伦为中书侍郎，赐爵南阳县侯，仍兼太子左庶子。杜正伦出入两宫，参典机密，深以精干明理著称。当时太子李承乾有脚病，不能朝谒，也喜好和一群小人亲近。唐太宗跟杜正伦说：“我儿的疾病，是能治愈的。只是他全无好名声，也没听说他爱贤好善；私下接待的，大多都是小人，爱卿可以多加关注。如果教示不得，必须来告诉我。”杜正伦多次劝谏，但太子不纳，他只好将唐太宗的话转告他。李承乾因此上表闻奏。唐太宗责问杜正伦说：“何故漏泄我的话？”杜正伦答道：“太子无法开导，所以用陛下的话吓吓他，希望他有所害怕，也许能改过从善。”唐太宗很生气，将他贬为谷州刺史，又再贬为交州都督。后来李承乾叛逆，和侯君集勾结，自己承认曾让侯君集送金带给杜正伦。杜正伦因此又被发配到驩州。唐高宗显庆元年（656），他经累授后又出任黄门侍郎，兼崇贤馆学士，不久成为同中书门下三品。显庆二年，他兼度支尚书，仍依旧参知政事，不久又拜中书令，兼太子宾客、弘文馆学士，进封襄阳县公。这年，因为和中书令李义府不和，被贬为横州刺史，也削去了封邑，很快也就去世了。他有文集十卷流行于世。
杜正伦和李义府被贬后，唐高宗还将中书侍郎李友益除名，发配到巂州。
要想知道唐高宗后来的情况，请看下篇文章。
