非典之后，中国下大力气打造了传染病网络直报系统，一说仅硬件就投了3千万，另一说总投资11亿。利用这个系统，基层医疗单位发现传染病例之后，两个小时之内就可以报告到中国CDC。很自然的，现在人们就要问了，这个系统在新冠病毒疫情中有没有发挥作用。但人们发现，对这个问题不同人有不同答案。
广泛流传的，中国CDC副主任冯子健的一段话是：“新型冠状病毒感染的肺炎是一个新发疾病，在现有传染疾病报告目录里是没有的，调整网络直报系统设置、人员培训需要一个过程。” 人们据此认为，至少在新冠病毒流行的早期，网络直报系统并没有启动。这看起来是个愚蠢的错误，这样被寄予厚望的系统，居然不能应用于未知的新发传染病，这岂不是背离了它设计的初衷？
然而中国CDC前副主任杨功焕的说法则不同。她指出，网络直报系统专门设置有“不明原因肺炎”的分类，新冠病毒肺炎病例完全可以按这个分类上报。
实际情况究竟如何？由中国CDC等单位发表在新英格兰医学杂志的文章披露，他们收集的最早的4个病例就是在12月29日通过网络直报系统上报的。这和湖北中西医医院张继先于12月27日向医院报告4个病例吻合，也许医院在输入直报系统前多花了一些时间核实。
除此之外，只看到深圳于1月15日通过直报系统上报一个病例。以上这几个病例都是按杨功焕说的"不明原因肺炎”上报的。
直到1月22日，新冠病毒肺炎被列为乙类传染病按甲类管理，两天后直报系统设置调整完毕，从此所有病例依法都必须在2小时内通过直报系统上报。这应该就是冯子健所指的，“需要一个过程”。
总而言之，传染病网络直报系统在疫情早期虽然不能说完全没有起作用，但效率非常低。早期的多数病例是通过其它途径上报到各级卫健委的。
这种低效在2013年就在冯子健等人的文章中报告过。从2004年1月到2013年3月底，全国总共只有1016例"不明原因肺炎”上报，平均每个月不到10例。他们认为这是因为医生报告"不明原因肺炎”会带来许多额外工作量，却很少得到益处。在调整了报告的要求，减轻医生负担之后，在2013年甲型H7N9禽流感暴发期间，他们观察到"不明原因肺炎”的报告大幅增加，特别是在疫情影响严重的地区。然而这些报告病例的绝大多数最后证明都是阴性。这种增加基本上是由于疫情发生期间医生和有关部门提高了重视程度，由此得到的数据可能有bias。
由此可见，传染病网络直报系统对于新发传染病的报告还存在很多问题，还远远不能说是可靠的。如何改进也是一个棘手的问题。
