关于新冠病毒起源的几个科学研究

昨天上文学城，发现城头推荐的博文居然有三篇是讨论新冠病毒起源的，都言之凿凿，说该死的新冠是实验室泄露的。其中一个还是我常常看的学生物出身的知名博主。我觉得大家都过多的从政治出发，而不是科学。这里写一篇小文，给大家普及一点我知道的常识。    

首先，声明：我不知道病毒起源；虽然我希望不是人造的。本文只是介绍一点专业知识，供各位懂政治的大牛做进一步分析。

自我介绍：我本来不是病毒学专家。我的专业是生物统计，主方向是大脑疾病（neurodegenerative and neurodevelopmental disorders）。不过我的研究方向大量使用基因的遗传数据，算得上是半个基因组学专家吧。去年新冠疫情来了，大家的科研经费都吃紧；但是NIH搞了好多新冠相关的基金。于是一大票“外行”都去想办法分一杯羹。我等小辈亦不能免俗，只好硬着头皮搞点病毒基因组分析，申请经费。这一申请，还真搞到了一点小钱。于是赶鸭子上架，正儿八经的跟我的团队一起学习基础知识，希望做点东西对得起纳税人的钱。我自己的研究这里就不透露了，免得被同行人肉出来就麻烦了。    

首先石正丽是何许人也？我负责的告诉大家，她不是什么大科学家，跟本没有能耐搞基因工程；她就是个找动物，然后做简单的功能验证和测序的。网上流传的她的主要成果：（1）发现SARS是来自蝙蝠；（2）搞个什么“嵌合”研究祸害人类。   

SARS来源的第一篇文章是她跟澳大利亚的华人学者合作的一篇2005年的Science文章：https://science.sciencemag.org/content/310/5748/676，该文她既不是第一作者也不是最后一个作者（虽然是共通讯）。可能因此这篇文章在国内没怎么宣传。后来她又对该病毒和ACE的结合做了功能性验证（Nature 2013）：https://www.nature.com/articles/nature12711.pdf  最后2017年的一篇PLoS Pathogen据说算是对蝙蝠起源的盖棺定论： https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698  

后来SARS-CoV-2 出名了。石正丽觉得发文章的机会又来了，有搞出一篇应景文章：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7 说蝙蝠也有SARS-CoV-2类似的病毒。不过大家仔细看看就知道，这篇文章没有什么实质性类容，就是找了个病毒，序列相似度有96%，功能跟原来的SARS有点像。没有说人类感染的是不是蝙蝠来的。哎，这破文章也发了Nature，把版面占了，我们的正儿八经的文章没有地方出版啊。

看看上述几篇文章，就知道石正丽的东西没有什么科技含量，主要的贡献就是去山里找动物，回来后做点测序和功能验证。都是一般实验室可以做的简单操作。如果不是SARS，而是什么别的病毒（如肝炎），这些文章也就J Virology 的水平。

“嵌合”研究是UNC的老外做的：https://www.nature.com/articles/nm.3985  该文15个作者，只有两个华人名字。石正丽干了什么呢？Author contribution里面一清二楚：“Z.-L. S. provided SHC014 spike sequences and plasmids.”（contribution的整个paragraph附后）。也就是说她除了把实验室的材料送给老外就啥也没干。这个人我不认识，但是从她的文章看，就是把着资源（山里找的蝙蝠病毒株）跟人搞合作，没什么实质性水平。如果所谓的“嵌合”病毒真的那么厉害，也是在美国的实验室；石正丽不一定有吧？

武汉病毒所其他的人有没有能力做基因工程都是个问题。以前的老院士退了之后，病毒所高水平科研人员一直在凋零。那个造假一辈子的李红良就是病毒所出来的。COVID-19流行之后，大家才发现病毒所所长是某大牛的80后美女老婆，出来搞什么双黄连。回到石正丽，作为没有能力做基因工程的流行病专业人员，不应该高调搞出来面对记者，还说什么“我以生命担保病毒不是实验室造的”这种没有科技含量的口号。人家喜欢出风头，让老美怀疑她做了人造病毒，我们海外华人也只有干瞪眼啊。

言归正传，病毒哪里来的。首先是病毒学分析：病毒学几个权威在2020年3月COVID-19刚刚流行的时候，就发了一篇Nature Med短文：https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9  这里面说的一清二楚：We offer a perspective on the notable features of the SARS-CoV-2 genome and discuss scenarios by which they could have arisen. Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus  这篇文章，除了给出这些分析结果外，另外一个作用是表明病毒学权威对此事的态度。有了这篇文章，很长一段时间都没有人说病毒人造的问题。

除了病毒学分析，遗传演化分析也是常用技术。本来在遗传学界，判断起源的金标准是演化树分析：把网上的各种基因序列拿来扔到群体遗传的模型里面，建一棵演化树，看看树根在哪里就可以了。问题是这年代，建树的模型有几十种，不同的模型建出来的树会长得大不一样。不同的地区采样的密度也不一样：英国的多，巴西的少；如果起源在巴西，那无论什么建树模型可能都看不出来。加上这个问题高度政治化，有名望的遗传学家都躲起来了。我自己去年10月下载的所有的可以拿到的数据，做的树是indicate东南亚起源的，但是我用的是最常用的模型，没有对SARS-CoV-2的参数做adjustment，不是特别严谨；作为一个华人，这样发表出去肯定找骂。这种文章其实对控制疾病没有用处，拿不到基金，还找骂。所以想了想还是算了，后面也不研究病毒进化树了。我的朋友在一个美国顶级名校的，专门做了一个给SARS-CoV-2的模型，做的结果也是东南亚起源。他在一个国际会议上专门做过报告。（但是他的报告没有强调东南亚起源，只是突出他的数学模型有多好。那时候起源问题还不热门。）我今天为了写这博文，要引用一下他的文章，发现他后来发表的文章里面把这些结果都删了。哎，人家不愿意负责，我这里就不细说了。另外这里还有一篇文章，讲东南亚的蝙蝠的病毒序列，但是没有说传给人的问题：https://www.nature.com/articles/s41467-021-21240-1  。总体上来说，我倾向于相信东南亚的蝙蝠传给人，然后东南亚的人传给中国人。

以上就是我的一点知识给大家汇报。最后我也不敢做很强的结论。只是弱弱的提供一点专业知识给各位名博做进一步的分析。

 

附：所谓的“嵌合”文章的author contribution：  SV.D.M. designed, coordinated and performed experiments, completed analysis and wrote the manuscript. B.L.Y. designed the infectious clone and recovered chimeric viruses; S.A. completed neutralization assays; L.E.G. helped perform mouse experiments; T.S. and J.A.P. completed mouse experiments and plaque assays; X.-Y.G. performed pseudotyping experiments; K.D. generated structural figures and predictions; E.F.D. generated phylogenetic analysis; R.L.G. completed RNA analysis; S.H.R. provided primary HAE cultures; A.L. and W.A.M. provided critical monoclonal antibody reagents; and Z.-L.S. provided SHC014 spike sequences and plasmids. R.S.B. designed experiments and wrote manuscript