传禅宗南宗有所谓“东土五祖”之说，其初祖是菩提达摩，之后有慧可、僧璨、道信、弘忍和慧能。其实真正的创宗人是慧能。以慧能为代表的禅宗，其基本思想是佛性说和顿悟说，其佛学的理论基础则是真如(真性、真心或本心)缘起论和般若空观学说。禅宗是融合了东晋刘宋之际道生的涅檠佛性说，般若空宗的无相说和《大乘起信论》的真如缘起说等佛学思想的产物。 关于初祖菩提达摩，《续高僧传》称他是“南天竺婆罗门种”，之后来华弘教，“藉教悟宗，深信含生同一真性，客尘障故，令舍伪归真，凝住壁观，无自无他，凡圣等一，坚住不移，不随他教，与道冥符，寂然无为，名理人也”。所谓“深信含生同一真性”，即是主张众生皆有佛性说。所谓“理人”的方法，即是“凝住壁观”，“坚住不移”的传统禅定的功夫。显然菩提达摩的禅学，仍然是印度传统的禅学，并不是慧能所开创的禅宗。
《最上乘论》中说：“‘如’无有生，‘如’无有灭。‘如’者，真如佛性，自性清净。”可见，弘忍的佛学明显的是真如佛性说。之后，这一思想在其弟子慧能的思想中又得到了进一步的发挥。因此当代佛学家吕激先生说：“《最上乘论》所讲的内容，还是以一乘为宗。它所指的一乘，就是一心，这与《起信论》所讲的一心就是摩诃衍的说法是一致的。它还主张要守自心，心即心真如门，是一切法所由产生的根本。”按照吕先生的说法，《最上乘论》已经接受了《大乘起信论》真如缘起说的影响。
慧能的佛学思想主要是识心见性成佛说。正如慧能所说：“悟人顿修，自识本心，自见本性。”又说：“故知不悟即是佛是众生，一念若悟，即众生是佛。故知一切法，尽在自身中，何不从于自性顿现真如本性。”这就是说，慧能的佛学思想主要有这样两点：佛性论(即真如本性论)和顿悟论(顿悟真如佛性论)。就这两点而言，其思想是与晋宋之际的道生所主张的涅檠佛性说一脉相承的。道生即主张众生皆有佛性和顿悟成佛的思想。而道生的佛性论并没有建立在《大乘起信论》的真如缘起说基础之上，而慧能的佛性说恰是建立在《大乘起信论》的真如缘起说之上的。 慧能把真如佛性亦称作为人的本性或本心，如慧能说：“不识本心，学法无益；识心见性，即悟大意。”这个本心或本性，也就是众生所本有的自性清净心，即所谓“人性本净”。
因此，只要不著外境，不起妄念，即可明心见性顿悟成佛。但不著外境，不起妄念，并不是说人的头脑中什么“念”也没有，如同木石“百物不思”。这样的人也就成为死人了。“真如是念之体，念之真如之用”。既然“念”之真如的作用，有体即有用，只要有真如就有真如的作用，念是自性所起，因此“念”是不可能断除的，万法即在性中。
慧能讲的性含万法或性生万法，显然是讲的心生灭门，而本性真如即是讲的心真如门，很明显这一思想是来源于《大乘起信论》的“一心二门”思想的。既然人皆有念，然而又要做到不为念所缚，不使云雾覆盖本性，为此慧能提出了无念、无相、无住的思想。这“三无”思想的中心是无相说，只有懂得了无相说才能理解无念与无住的思想。慧能的无相说，则来自于大乘般若空宗的思想，般若空宗主张性空幻有，把一切相都当作是幻相、虚妄相。正如《坛经》中引《金刚般若经》所说：“凡所有相，皆是虚妄。”所以慧能在得法偈中说：“菩提本无树，明镜亦无台，佛性常清净，何处有尘埃。”这一偈文的思想很可能就是受了大乘般若空宗无相思想影响的结果。因此慧能在《无相颂》中说：“菩提本清净，起心即是妄。”真如本性本来清净空寂，念心所起即是妄相，因此修行的人就不应执著于妄相而生烦恼，所以说要以“无相为体”、“无住为本”。自性起念，念起即有相，但只是妄相，不应执著，所以说：“无相者，于相而离相。”同理，无住者，即是念念不住，“念念时中，于一切法上无住，一念若住，念念即住，名系缚。于一切上，念念不住，即无缚也，此是以无住为本”。懂得了无相无住的道理，我们也就懂得了无念的思想。何谓无念?“无念者，于念而不念”，“于一切境上不染，名为无念。”因此，“无念”并不是说要一念不起，一法不生，而是“无念法者，见一切法，不著一切法；遍一切处，不著一切处；常净自性，使六识从六门走出，于六尘中不离不染，来去自由，即是般若三昧，自在解脱，名无念行。”用通俗的话来说，无念即是念过即过，随任自然，来去自由，一切皆能放得下。这就是达到了所谓自在解脱的境地，没有任何的烦恼。 综上可见，慧能的无念、无相、无住的思想，完全是建立在真如缘起论和般若空宗的无相说思想基础之上的。慧能的禅宗思想，与天台宗、华严宗有一个共同的特点，都是建立在《大乘起信论》的真如缘起说基础之上的，皆是属于大乘有宗的范围，同时它也与天台宗相似都受到了大乘空宗的影响。
其慧能与神秀的佛学思想，皆是真如缘起说而言，他们两人是“法即一宗”的，并没有根本的区别。但就其所倡导的修行路径与方法而言，则有南北两宗之不同(一主顿，一主渐；一主定慧等教，一主传统的坐禅法)，因此《坛经》中说：“世人尽言南能北秀，未知根本事由，且秀禅师，于南荆府当阳县玉泉寺住持修行，慧能大师，于韶州城东三十五里曹溪山住，法即一宗，人有南北，因此便立南北。何以渐顿，法即一种。见有迟疾，见迟即渐，见疾即顿。法无渐顿，人有利钝，故名渐顿。”《坛经》的这一南顿北渐、法则一宗的说法，看来是符合南北宗的实际的。 在南北两宗的纷争中，为了维护北宗的地位，北宗门人净觉(688—746)还撰写了《楞伽师资记》一文，想从传法系统上来论证北宗的正宗地位。他编造了一个传授《楞伽经》的系统：第一、刘宋朝的求那跋陋罗(因他译出《楞伽经》，故列为传法之首)；第二、菩提达摩；第三、惠可；第四、粲禅师；第五、道信；第六、弘忍(东山法门)；第七、神秀等人；第八、普寂等人。由此证明北宗神秀、普寂等人是禅宗的正传。 净觉在其《楞伽师资记》的序文中，还概括地介绍了北宗的佛教思想。《序》中说：“真如无相，知亦无知，无知之知，岂离知也；无相之相，岂离相也。人法皆如，说亦如也。如自无说，说则非如；如本无知，知非如矣。《起信论》云：‘心真如者，即是一法界总相法门体。所谓心性，不生不灭。一切法，唯因妄念，而有差别；若离心念，别无境界之相。是故一切法，从本己来，离言说相，离名字相，离心缘相，毕竟平等，无有变异，不可破坏，唯是一心，故名真如。’又真如自体相者，凡夫声闻缘觉菩萨诸佛，无有增减，非前际生，非后际灭，毕竟常恒，从本性自满足一切功德，自体有大智慧光明义，故自性清净心。”由此可见，北宗的真如本体说，很明显是来源于《大乘起信论》的“心真如门”思想的。北宗虽然曾经在北方尤其在两京地区盛极过一时，但后来因南宗的神会北上，“敷演显发能(慧能)祖之宗风，使秀(神秀)之门寂寞矣”。之后北宗的地位逐渐地为南宗所代替，南宗也就成为禅宗的代名词。
