这时候战争结束了，志愿组织也没什么事情做了，富兰克林就集中精力组建学院。他和一些朋友一起，以大家的名义印刷了小册子来宣传。他提议花五年筹集五千英镑，很快就进入了执行阶段，大家选出了二十四名受托人，任命当时的总检察长和富兰克林一起起草学院的政策，并且大家签字通过。同年，1749年，学院就找到了房子，正式开始了。
但是学生增加得很快，很快房子就太小了。当他们找了一块新地，准备建房的时候，有一个由各个宗教组成的联合组织找上他们，愿意把他们的一个大教堂提供给他们。这个组织因为逐渐分散，有一个教会退出，他们就推举富兰克林这个中立者作为受托人之一。又因为当初建这个教堂的轰动劲过去了，这些年他们收上来的钱变少了，付地租和一些其它债务很困难。
富兰克林同时作为大教堂和学院的受托人，他有机会和双方谈判，最后双方达成了协议，教堂给了学院，学院偿还教堂的所有债务，而且把一处大厅给传教士们偶尔使用，还给穷人的孩子提供免费教育。在协议签订，学院开始偿还债务之后，学院马上把高高的大厅改建成几层，分为不同的学校，又加买了地，当整个都合适使用以后，学生们就搬到了新楼。
富兰克林担负起了买建材和监督施工的任务，而且很高兴地做，因为他自己的生意交给了一个非常能干和诚实的合伙人。他很了解这个合伙人的为人，因为这个合伙人以前给他干过四年。这个合伙人承担了印刷行的所有事情，富兰克林只需要定期拿他那部分的赢利。他们的合作成功地延续了十八年。
这个学院的受托人后来也被政府委任，学院又得到了英国的资助和一些业主赠予的土地，因此扩建了很多，成为了费城大学。富兰克林从一开始就是学院的受托人，一直做了近四十年，他非常高兴地看到很多年轻人受到了教育，提高了能力，能为公众服务。
（注：据查这个学院就是宾夕法尼亚大学的前身。）
