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因此当初希望靠卫所在财政上自给自足的想法，在现实上是行不通的。大家都要吃饭，而且那些军头们还想发财呢？怎么办？把军田租给人去种植，军队开公司，做生意。谎报数字，因为疾病出现的军户人数短缺，不补充，而是把军田自己分了。或者毕竟边远地区太艰苦，军户后代悄悄回流家乡，诸如此类，就是说俺们在中国1980年代，看到的军队怪象，大概都在明朝的卫所制度发生了。
本来人家边远地区的军队，要花很多时间实战和训练，花在种田上的时间就无法太长，又不是种田高手，因此不光是活得不滋润，连维持的粮食大概都不够。为了解决这个问题，在洪武四年（公元1371年），颁布了“开中法”，就是说如果你那些商人可以把一定量的粮食，运送到军队需要的边远地区，俺政府就批给你政府专卖的盐，你就可以把这些盐运到全国各地，卖盐赚钱。
由于从江南一带，运送粮食到北方各边防地区，比较远，运费贵，于是有商人自己开农场，在这些地方，经营商田，来降低成本。这都在某种情况下，算是以国家财政补贴，就是以盐的利润，补助了卫所的经济。
这个专利权，在中国改革开放时候，出现过，叫做批文。只要有了批文，你就可以进口某些垄断物质，或者出口某些产品。那么谁才可以拿到这些批文呢？自然是因改革而得益的大改革家们了，当年因改革最出名的赵家，就是批文的一大垄断商。
因此就像当年1980年代，位高权重的大官们掌握了批文之后，在明朝的时代，也是皇亲国戚，宦官贵族，地方豪强等等，把批文给拿去了。其结果就是由批文而获得的盐卖专利利润，和为卫所提供粮食补助毫不相干了，而由于专卖批文有配额，不然的话，国家财政更吃不消了，那些靠提供粮食给军队的商人，反而拿不到批文了。
这些卫所除了要保卫边疆之外，还有镇守地方。人民共和国早期的新疆建设兵团，走的就是这条路子。明朝当时卫所的主要来源，是早期和朱元璋起兵的部队、蒙古各部的降兵、其他军阀招安和投降部队，和犯罪充军的队伍，以及按人口比例招的兵。
朱元璋这种建军的思路没有错，但是在执行上因为卫所的费用问题，最后就导致的卫所制度的衰败，军队的数量名不副实，训练水平低下，战斗力衰弱，结果就在土木之变中，彻底地暴露出来。这就导致了兵制向募兵制过渡，比如说后来的戚家军等等，都是募兵。但这个体制对财政支出的要求，一直无法得到满足，从而导致了这个制度的衰败。
在军队指挥权的问题上，朱元璋采取的是都督府和兵部的双重领导制度。草原游牧民族军事体制的一个特色，是在于靠的是各部族的军事首领，对单于或者可汗的效忠，因此在治军上，各作战部队的独立性非常强，战斗力很可观。但问题在于这种非体制，依靠个人能力完成的整合，只有在强势领导人的掌控下，才可以完成。不论是匈奴的冒顿单于，还是成吉斯汗铁木真，还是努尔哈赤，都是这个路子。
这种靠大英雄来整合，通常的情况，就是一整合成功，就可以拥有10-20万精锐骑兵，那可就是打遍天下无敌手了。可是等到大英雄一闭眼，这个军事同盟很快就开始分化，很快就失去强盛时候的锐利，可以说是兴也快，衰也快。以满族无坚不摧的八旗兵，到了削三藩的时候，战斗力已经不行了。
北方游牧民族在冷兵器时代，在军事能力上的优势，主要在于他们的生产方式，和当时的战争方式比较接近，从而在生产和训练上，比较容易一体化。而农耕民族，其生产方式和战争方式差距太远，必须依靠专门训练的职业军人，来弥补不足。但是用职业军人，就是说募兵制，必须要求国家对国防支出必须足够。
当热兵器出现后，战争模式发生了变化，导致游牧民族的这个生产和训练一体化，类似于农耕民族一样，而失去了内在联系，最后导致了游牧民族在全世界范围内的衰落。中国虽然是火药的发明地，而且在北宋时期，火药武器已经在军队中运用，但是未能发展成应付北方强敌的武器，让辽、金、西夏和元不断地杀过来。这个过程后来在欧洲人的手上完成了，让俄罗斯占据了游牧民族的大部分故地，而在东方，最后的一支游牧民族冷兵器大军—准葛尔蒙古，也在康熙的火炮之下灰飞烟灭。
当生产方式和战争方式不能一体化，军费开支就是建立强大军队的一个必要条件。以美国为例，国防预算一直都是政府财政的大头，在高科技武器上的开发和应用，只是国防预算中的一个部分。熟悉美国的人都知道，美国民用科技中的许多突破性技术，比如说互联网，卫星定位系统等等高端科技是来自于军队基金，甚至包括很平常民用技术，比如说不含有机挥发物的油漆，都是五角大楼的资金研发出来的。
中国的军费开支在1990年以前，其实是不正常的。因为大力裁减军费，把军队赶出去经商，真是自毁长城的做法。好在这个政策在后来，尤其是中国驻南斯拉夫大使馆被炸之后，算是改变了。
那么明朝的军队建设，因为军费的不足，自然就导致了明朝军队，从朱元璋和朱棣时代，把蒙古各部打得满地找牙的态势，变成了被人家也先和俺答打得满地找牙。军费不足，其实有两个原因，一个就是政府的税收太低，另外一个就是政府的领导人们，从皇帝到大臣们，都觉得低税收是一件大大的好事。
