刺身可以用鱼类，也可以用鸡肉、鹿肉和马肉。
一般用的鱼类有：
金枪鱼、鲷鱼、比目鱼、鲣鱼、?鱼、鲈鱼、鲻鱼等海鱼；也有鲤鱼、鲫鱼等淡水鱼。在古代，鲤鱼曾经是做刺身的上品原料，而现在刺身已经不限于鱼类原料了，像螺蛤类（包括螺肉、牡蛎肉和鲜贝），虾和蟹，海参和海胆，章鱼、鱿鱼、墨鱼、鲸鱼，还有鸡肉、鹿肉和马肉，都可以成为制作刺身的原料。
在日本，吃刺身还讲究季节性。春吃北极贝、象拔蚌、海胆（春至夏初）；夏吃鱿鱼、鲡鱼、池鱼、鲣鱼、池鱼王、剑鱼（夏末秋初）、三文鱼（夏至冬初）；秋吃花鲢（秋及冬季）、鲣鱼；冬吃八爪鱼、赤贝、带子、甜虾、鲡鱼、章红鱼、油甘鱼、金枪鱼、剑鱼。
刺身的佐料主要有酱油、山葵泥或山葵膏（浅绿色，类似芥末），还有醋、姜末、萝卜泥和酒（一种“煎酒”）。
