早在明崇祯十六年(1643年)和清顺治六年(1649年)，沙俄殖民者波雅科夫和哈巴罗夫，曾先后率领哥萨克骑兵，越过外兴安岭，窜入中国黑龙江流域，趁机占领了尼布楚、雅克萨等大片土地，并在那里强行修建了尼布楚、雅克萨两城。
沙俄殖民者的侵略，曾激起了中国东北各族人民的坚决反抗，他们目睹沙俄的野蛮强暴，采取坚壁清野的办法，常常使敌人寻找不到粮食。
在哈巴罗夫强盗入侵那年的冬天，便有五十位中国人，被他们杀死吃掉了。过了两年，当哈巴罗夫被迫撤退时，又杀死了我男俘661人，劫掠妇女儿童243人。
康熙帝亲政后，对于沙俄的侵略行径，极为义愤。他说：“朕十三岁亲政以后，即留意于此，细访其土地形胜，道路远近及人物性情。”(《清圣祖实录》卷121)在平定“三藩之乱”以后，康熙帝马上着手，准备反击沙俄。
康熙二十一年(1682年)，康熙帝亲自到东北视察边情，下谕做好自卫反击战斗的准备工作。康熙二十四年(1685年)，他命令都统彭春、副都统郎谈和黑龙江将军萨布素，率领清军水陆并进，一举战败了盘踞雅克萨的沙俄侵略军，逼使他们撤退北逃。但当清军返回驻地时，沙俄侵略军，又重新占领了雅克萨城。次年，康熙帝命令清军再次讨伐，围困雅克萨城，断绝城里的水源，并多次击溃企图逃窜的沙俄侵略军。沙俄政府，深感侵占中国黑龙江流域的野心一时难以得逞，只好被迫同意清政府一再提出的和平倡议，通过谈判，划定了中俄两国东段的边界，从而取得了“雅克萨之战”的胜利。
康熙二十七年(1688年)，康熙帝亲自向谈判代表作出指示：“尼布潮(楚)、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃于鄂罗斯。”(王氏《东华录》康熙朝41)。谈判开始后，俄方代表戈洛文，竟无理提出要以黑龙江为两国国界的要求，被清朝谈判大臣索额图，严词拒绝。在谈判拖延过程中，漠西准噶尔部反动贵族噶尔丹，与沙俄秘密勾结。鉴于这种形势，康熙帝考虑到不宜把战线拉得太长，应有足够兵力，来对付西北变乱；要争取早日缔约，因而可作让步以额尔古纳河为界，并把这一精神，关照了谈判代表。俄国政府也因国内局势不稳，便接受了这一建议。于是，双方在转年(1689年)签订了《尼布楚条约》。条约规定的主要内容是：
一、中俄两国，以格尔必齐河、额尔古纳河和外兴安岭往东至海为界，外兴安岭以北、格尔必齐河、额尔古纳河以西，属俄国；外兴安岭以南、格尔必齐河、额尔古纳河以东，属中国。
二、拆毁雅克萨城，俄军可以携带财物撤回俄境；中国同意将贝加尔湖东边尼布楚一带，原属中国的地方让给俄国。
三、现住于双方境内的两国人民，不必遣还。两国友好相处，两国人民可以持护照，越界贸易。 《尼布楚条约》是在中俄双方平等互利的基础上签订的，它从法律上，确定了中俄两国东段的边界，肯定了黑龙江和乌苏里江流域直至库页岛的全部地区，都是中国领土！因此，《尼布楚条约》的签订，是康熙帝在历史上的伟大功绩。
