公元339年七月下旬（庚申日），东晋三朝元老王导去世，终年六十四岁。晋成帝在朝堂举哀三日，派遣大鸿胪持节全权监护丧事。御赠车马帽服的礼仪，一切都依照汉博陆侯（霍光）以及安平献王（司马懿三弟司马孚）当年的标准。王导安葬时，朝廷赠给九游辒辌车、黄屋左纛、前后羽葆鼓吹、武贲班剑一百人，去世的中兴名臣没人能和他相比。晋成帝颁布册书（相当于讣告）高度赞扬王导自从晋元帝和晋明帝中兴以来为朝廷作出的卓越贡献。并说当他听到王导死讯时，‘震恸于心’。认为他失去王导，就如同殷商失去伊尹，西周失去周公召公一样，没有任何东西可以用来表达他悲怀！晋成帝随即派遣谒者仆射任瞻为王导取谥为始兴文献公，祠以太牢。
王导简约朴素，清心寡欲。他作为辅相历经了晋元帝，晋明帝，和晋成帝三世，自家的仓库里竟然没有多余的谷物，穿衣也不在乎是否丝绸。自汉魏以来，一般只为有爵位的人赐死后谥名，因此即使位高德重，如果死前没有爵位，一概不加谥名。王导因此上疏说：“武官有爵位必定得到谥名，而没有爵位的公卿大臣都得不到谥名，这就失去了加谥制度的本意。”朝廷听从了他的建言。此后没有爵位的公卿偶尔也得到谥名，都是由于王导的倡议。
自从汉魏以来，大臣们不拜山陵。王导因为和晋元帝司马睿的关系最初密切得就像一般人之间一样，并非只是君臣而已。所以司马睿每次进级，总是和王导一道拜谒山陵，表示不胜的哀戚。于是后来朝廷下诏让百官拜陵，也是从王导开始的。
当初，王导和庾亮共同推荐丹杨尹何充给晋成帝，请用他为自己的副手，而且说：“臣死之日，愿陛下升任何充为内侍，那么社稷就安全了。”于是朝廷加何充为吏部尚书。比及王导去世后，朝廷任命庾亮为丞相、扬州刺史、负责尚书事务。庾亮再三推辞。王导去世的第二天，朝廷就任命何充为护军将军，庾亮的弟弟会稽内史庾冰为中书监兼扬州刺史，参与尚书事务。
庾冰担当了重任后，不分昼夜地处理政务，礼贤朝士，升擢后进，于是得到朝廷内外大臣们的交口称赞，都认为他是位贤相。当初，王导辅政时，倾向于宽恕；庾冰则比较依赖威刑。丹杨尹殷融劝谏他，庾冰说：“即使像前任丞相那样的贤相，都承受不了自己的宽弘，何况像我这样的人！”范汪跟庾冰说：“近来天象错位，足下应当尽量做好消除和防御的准备。”庾冰说：“玄虚的天象岂是我能预测的？我只能勤勉尽到人事而已。”庾冰又想法落实户口，发现了没有注册户口的一万多人，全用以充实军用。
晋成帝下诏让朝廷再次评论庾冰的功劳，庾冰上疏谦让道：“臣的门户不幸，缺乏才干却得以参政，结果为国家造成很大困难和危机，也祸及自己的家族。如果晋室典明律法，臣的家族可能已被诛杀很久了。而由于当时颠沛流离，刑法宪章暂时松弛，因此致使臣等人再次得到机会为国出力。作为愿意以身徇国的大臣，臣等因而努力奋斗，立功于大罪之后，建义于颠覆之余，这是臣等之所以再次受到重用的原因，也是王法不再追究臣等往日罪过的原因。陛下对臣等的厚恩，可说是非常弘厚了，臣等又岂能再计较这些功劳而接受封赏！愿陛下曲降恩泽，哀恕由中，命令有司部门，惠准臣的乞求，那么愚臣的愿望就得到满足了。”晋成帝准奏。庾冰执政非常认真，近乎繁细，后来又日益矫情违章，有时严厉，有时宽纵，处理事情有点随心所欲，置律令于不顾。
八月，朝廷再次将丞相改为司徒。同时，郗鉴重病不起，将府上的事情托付给长史刘遐，上疏请求退休，还说：“臣所统领的百姓成分错综复杂，多数是北方人，要么是当年被迫迁徙到南方的，要么是新近归附的。他们怀念故土，都有落叶归本的心愿。臣为他们宣示国恩，讲解去留的好坏，给他们田宅，因而逐渐得到安定。听说臣病重，他们全都人心惶惶。这些人一旦北渡长江，必定会产生反叛的心理。太常臣蔡谟，平简贞正，是众望所归。臣以为可以任命他为都督兼徐州刺史。”朝廷于是下诏任命蔡谟为太尉军司，加侍中。
一个多月后（辛酉日），郗鉴去世，终年七十一岁。晋成帝整天都在朝堂痛哭，同时派遣御史持节全权处理丧事，追赠全部依照温峤的标准。晋成帝颁布册书高度赞扬郗鉴，并说他听到郗鉴死讯时，‘震悼于厥心’。并追赠他为太宰，谥为南昌文成公，祠以太牢。
当初正值永嘉年间大动乱时，郗鉴在乡里十分穷困。乡人因为他的名声和德望，轮着招呼他到家里吃饭。当时他兄长的儿子郗迈、外甥周翼都还年幼，郗鉴常常带着他俩去就食。乡人说：“我们境况也都不好，因为先生是贤人，因此想一块帮助你，只怕无法照顾到其他人。”郗鉴于是独自前往。用餐时，郗鉴把饭含在口里两边，回来后吐出来给两个小孩吃，靠这样才得以生存，然后一同渡过长江。郗迈后来位至护军，周翼成为剡县令。郗鉴去世时，周翼追思郗鉴抚育的大恩，便解职而归，睡在草垫子上为他服丧达三年之久。
晋成帝依照郗鉴的遗言，任命蔡谟为征北将军负责徐、兖、青三州的军事、徐州刺史，假节。
当时左卫将军陈光请求讨伐后赵，朝廷于是下诏派陈光进攻寿阳。蔡谟上疏道：“寿阳城小而且坚固。从寿阳到琅邪，有许多座城池和壁垒，互相都看得见。一城被攻，众城必救。而且，王师在路上得走五十多天，前锋还没到，军旅的声音早就传到敌人那里。贼兵的邮差，一天可以跑一千里。那时河北的部骑，有足够的时间来救寿阳。古代像白起、韩信、项籍那样勇猛的将领，还依靠破釜沉舟，背水而阵的战术。如今陈光却打算把战船停泊在水渚，然后带兵攻城，前头面对强敌，后面还回头张望归路。这是兵法的大忌。如果攻城一时未拔，胡寇的大军突然来到，我担心陈光会像春秋时晋国的荀桓子(即荀林父）那样不知所为而惨败，搞得所谓‘舟中之指可掬’，战船里到处都是被砍断的手指。如今陈光所率领的都是殿中的精兵，应当让他们有征无战。而今如果让他们进驻在坚固的城池下头，用我们的强兵攻击敌寇的一般城邑，即使得到该城也没多大利益，也不足以损伤敌人。但一旦失败则害处很大，足以增添敌寇的信心。我担心这并非什么良策。”朝廷于是打消了这个念头。
当初，陶侃在武昌，他属下有人认为应当分兵卫戍江北的邾城。陶侃每次都不作答复，而建议的人却屡言不巳。陶侃有次渡江到北边狩猎，趁便告诉属下将佐道：“我之所以设险防御敌寇的原因，正是因为长江的原故。邾城隔在江北，内部没有什么依赖，外头和群夷接壤。夷人那里有很多有利可图的东西，而晋人贪利，一定会弄得夷人不堪忍受，必然就会招引贼虏入寇。这就是致祸的缘由，而不但不是御寇。况且孙吴时为了卫戍此城，用了三万兵马。如今即使派兵守卫，也无益于江南。假如羯虏有可乘之机，这里也不是我们可以依赖的地方。”
比及庾亮出镇武昌，终究还是决定派毛宝和樊峻去卫戍邾城。后赵王石虎觉得这威胁到了他的安全，便任命夔安为大都督，率领石鉴、石闵、李农、张貉、李菟等五位将军，率兵五万入寇荆扬二州的北部，其中的二万步骑专门进攻邾城。毛宝求救于庾亮，庾亮认为邾城坚固，不肯为他增兵。
同年九月，石闵在沔阴打败晋兵，杀了东晋将军蔡怀。夔安和李农也攻陷了沔南。石宣的部将朱保则在白石大败晋兵，杀了郑豹、谈玄、郝庄、随相、蔡熊等五位晋将。张貉攻陷了邾城，东晋将士阵亡了六千人。毛宝和樊峻突围出走，不幸都淹死在长江里。
当初，毛宝在武昌时，部下一位军人在市场上买得一只白龟，长约四五寸。后来慢慢养大，军人即把它放生到江中。比及邾城陷落后，养龟人身被铠甲，手持大刀，自己投于水中，忽然觉得好像是落在一块石头上，认真一看，竟是自己先前所养的白龟，已长到五六尺长。白龟将军人送到东岸，因此得免一死。
夔安进据胡亭，接着入寇江夏。东晋义阳将军黄冲和义阳太守郑进都投降了后赵。夔安进而包围石城，竟陵太守李阳出战，大破后赵军队，杀死敌军五千多人，夔安方才退兵。后赵军队接着劫掠了汉东一带，强迫七千多户人家迁到幽冀地带。
当时，庾亮还上奏请求迁镇石城。听说邾城陷落，毛宝死了，庾亮痛哭了一场，北伐的事只好作罢。庾亮上表陈述谢罪，自己要求贬职三等，暂行安西将军。朝廷下诏恢复他的职位，同时任命辅国将军庾怿为豫州刺史，负责宣城、庐江、历阳、安丰四郡的军事，假节，出镇芜湖。
年底，朝廷任命骠骑将军琅邪王司马岳为侍中兼司徒。
公元340年春正月初一（庚子日），庾亮去世，享年五十二岁。朝廷追赠他为太尉，谥名为都亭文康侯。庾亮的丧车抵达建康后，晋成帝的车驾亲临现场。比及下葬时，朝廷又赠给他永昌公印绶。庾亮弟弟庾冰上疏说：“臣对先前的事情颇有了解，也曾听到臣的长兄庾亮对臣等说的事，因此对这件事总是耿耿于怀。臣屡次自我陈述请罪，已经将近十年了。这并不是因为臣喜欢谦让而不恭肃，实在是因为先前的国难（指苏峻之乱）确实是由于臣的门户引起的。后来因为先帝神灵的保佑，加上朝廷战略战术兼备，因此那场战争并没有持续太久，凶残的强敌就被消灭了。要说靠的是人事，则功归圣主；要说靠的是运气，则胜非人力。至于说庾亮等人，因为圣上的宽宏，才得以尽忠尽职，要不然有什么辛劳好说！有什么功劳好赏！经历了这事件后庾亮感到伤感挫折，觉得他的罪责超过平叛的大功，所以陛下优诏允许他自贬。庾亮确实是无时不思量自效以报答天恩，却没想到身居圣世，这微小的志向竟没有实现，因而非常哀恨，痛贯心膂。本着臣对长兄的了解，谨希愿陛下颁发明诏，赋予他先前得到的恩典，那么庾亮将死而不朽。”晋成帝准奏。
庾亮将下葬时，何充前来与遗体告别，叹道：“这就像埋一株玉树在泥土中，真使人情不能已！”当初，庾亮所乘的马中有一匹叫的颅的马。殷浩认为这马不利于主人，便劝庾亮把它卖了。庾亮说：“怎么好将让自己不放心的东西转给他人！”殷浩惭愧而告退。庾亮在武昌时，诸如殷浩等佐吏，曾经乘着秋色晚上一道前去登南楼。后来没想到庾亮也来了。大家都准备起身回避。庾亮缓缓说道：“各位先生稍等，老子对这里兴趣不浅。”便在胡床上和殷浩等人一块坐着谈词咏诗。庾亮的坦率和立身处世，大多都是如此。
庾亮去世后，朝廷任命负责尚书事务的护军将军何充为中书令。同时任命南郡太守庾翼为负责江、荆、司、雍、梁、益六州军事的安西将军、荆州刺史，假节，取代庾亮出镇武昌。当时人们都怀疑庾翼年龄太轻，是否能继承他的长兄。庾翼细心治理政事，在军事和行政方面都很严明，在短短几年之间，他的辖区公私充实。人们因而无不盛赞他的才干，于是自黄河以南百姓都怀着归附朝廷的心愿。当时东晋江南一带赋役太重，百姓纷纷从海道前往广州。广州刺史邓岳趁机大搞鼓风熔炉，虽然原先的目的是铸造钱币，但南方各个少数民族因此却懂得如何铸造兵器。庾翼上表陈述说，江东一带是国家的主要依靠，如今因为侵扰不已，逃逸的百姓逐渐增多，夷人经常利用空隙为自己盈利。如果让他们知道铸造兵器的好处，将来会一发不可禁止。
江夏相谢尚曾多次前往庾翼那里咨谋军事。他曾经和庾翼一道射靶，庾翼说：“你如果击中靶心，我将赏你鼓吹器乐。”谢尚果然应声中的，庾翼即刻将自己的那副鼓吹器乐送给他。
庾亮去世后不久，朝廷便任命左光禄大夫陆玩为侍中兼司空。
作为东晋藩国的前燕君主慕容皝在公元339年底派长史刘翔前往请求封燕王。刘翔在路上颠沛流离，直到公元341年二月才抵达建康（刘翔的故事详见“前燕崛起”中慕容皝章节）。在刘翔的雄辩下，大部分大臣似乎被刘翔说动，准备正式授予慕容皝燕王的爵位，只有刘翔的姊夫尚书诸葛恢还有异议。刘翔羁留在建康一年多，但朝议终于定不下来。
刘翔便跟中常侍彧弘写信，进一步说明封慕容皝为燕王的重要性，尤其在抑制后赵不断增长的势力方面。彧弘为他向晋成帝进言，晋成帝有答应的意向。适逢慕容皝上表指责庾氏兄弟擅权，又写信给庾冰，责备他当国掌权，却不能为国雪耻。庾冰十分害怕，便和何充一道上奏请求同意慕容皝的请求。不久，朝廷正式任命慕容皝为大将军、幽州牧、大单于、燕王，负责河北所有军事。
刘翔疾恨江南士大夫的骄奢纵饮的风尚，曾趁着朝廷贵人宴会上的集聚，跟何充等人说：“四海动荡已经历经三纪了，宗社成为废墟，黎民生灵涂炭，这正是朝廷焦虑，忠臣毕命的时候。而诸位官员花天酒地，肆情纵欲，以奢靡为荣，以傲诞为贤。听不到刚正耿直的话，看不到征伐立功的事，你们到底用什么来尊奉君主，安济百姓！”何充等人听后十分惭愧。
后来朝廷终于下诏派遣兼大鸿胪郭烯持节前往棘城册封燕王，与刘翔等人一道北上。
公元341年三月，皇后杜氏去世。夏四月，将杜皇后安葬在兴平陵。同时朝廷下诏，要求北方渡江南下的王公以下直至庶人，都要取消原定的侨民身份，和江东原来的地方人口一样落实户口，和他们一样交纳税收，取消了他们所谓的白籍身份。
八月，东海王司马冲去世。
十二月，兴平伯陆玩去世，终年六十四岁。陆玩字士瑶，很有器量，二十岁弱冠时就有美名，贺循总是称赞他的清允公平。司马睿聘他为丞相参军。当时王导刚来到江东，想笼络地方豪族，便向陆玩的女儿求婚。因为王导和自己年龄相仿，陆玩于是答道：“小土丘上长不出松柏，香草和臭草也不长在一块。我虽然不怎么样，但大义不允许我成为乱伦的开始。”王导只好作罢。陆玩曾拜访王导，在他的府第吃了些奶酪，却因为不适而生病。他写信给王导说：“我虽是吴人，却险些成为了北佬的鬼了。”他轻视权贵的程度竟然如此。
后来王敦请陆玩担任自己的长史，以延误军期为借口强迫他上任。陆玩不得已只好从命。王敦之乱平定后，尚书令郗鉴觉得王敦手下的佐吏不能劝阻王敦的奸恶，便提议将他们全部免官禁锢。后来因为温峤上表申明其中道理，陆玩因而不得连坐。他后来又官拜侍中，升迁为吏部尚书。比及苏峻造反，朝廷派遣陆玩和他兄长陆晔一道守卫宫城。陆玩暗中劝说匡术归顺朝廷，因此功封兴平伯。陆玩后来转任尚书令。
晋成帝要任命陆玩为左光禄大夫、开府仪同三司，加散骑常侍。陆玩再三陈诉谦让，称自己已年过六十，智力有限，疾患深重，体力也一天不如一天。但晋成帝坚持要他就任。
不久因为王导、郗鉴、庾亮相继去世，朝廷内外都以为三位良臣既然已经去世，国家急需人才，而以陆玩的德望，应当升迁侍中兼司空，配给羽林四十人。陆玩就任后，有人登门拜访，向他要了杯酒，然后把酒洒在柱梁之间，骂道：“当今缺乏人才，居然把你当作柱石。千万不要把人家的栋梁给玩倒了！”陆玩笑道：“一定听取先生有益的劝诫。”接着又叹息着跟宾客们说：“以我为三公，是天下没有人才了。”大家都认为这是他出自肺腑的话。陆玩虽然荣登公辅，却谦让而不肯聘用助手和下属。晋成帝听说后劝他，陆玩不得已而从命，所聘请的也都是一些贫寒和历来有道行的人士。陆玩长期辅佐帝王，经常因为自己的老成持重被主上敬重，加上他秉性通雅，不以名位取人，对后生循循善诱并提携他们，就像平民一般谦恭，因此很多官员都得到他的荫庇。
公元342年正月，豫州刺史庾怿送了一坛酒给江州刺史王允之。王允之觉得酒里有毒，便先给狗喝，结果那只狗当场死亡。王允之因此秘密上奏朝廷。晋成帝叹道：“大舅已经乱了天下，小舅难道又想重蹈覆辙！”二月，庾怿饮鸩自杀。
庾翼在武昌，经常遇到怪诞的事情，便打算转移到乐乡去。征虏长史王述写信给庾冰说：“乐乡离武昌有一千多里。我们几万的将士，一旦移动迁徙，再兴建城墙，将会劳民伤财。而且到江州还得逆流数千里，对军队和官府的供应，难度要增加好几倍。况且武昌确实是江东镇戍的中心，不但仅仅是防御长江上游的敌人而已。一旦发生危急，靠骏马奔跑，告急不难。如果移镇乐乡，它远在西陲，一旦江东有难，很不容易相救。镇守方岳的重将，固然应当居住在要害的地方，控制内外形势，让时刻觊觎我们的敌人摸不准。当年秦二世担心‘亡胡’（胡亥）的谶言，最终成为刘邦项羽灭秦的资本。西周厌恶‘檿弧’（桑木做的弓）的谣言，最终导致褒姒之乱。所以正人君子，应当光明正大地走直道。对那些所谓禳灾避祸的无稽之谈，应全不当一回事。现在正应当决定怎样做才对，为社稷的长久利益盘算。”朝议也同意王述的看法，庾翼只好作罢。
五月初，晋成帝身体感到不适。六月初六，晋成帝一病不起。有人伪造尚书符令，敕令宫门守卫不让宰相入宫。大臣们听说后，无不大惊失色。庾冰说：“这一定不是真的。”于是派人追问，果然是假的。晋成帝的两个儿子司马丕和司马弈都还在襁褓之中。庾冰认为自己兄弟掌权时日太久，担心晋成帝去世后，亲戚的关系越来越疏远，容易被他人挑拨离间，便总是劝晋成帝说，因为国家有强敌在外，应当立年长的人为君；因此请求晋成帝让他的同母亲弟琅邪王司马岳为嗣，晋成帝也就同意了。中书令何充反对说：“父子相传，是先王的旧典。改变这一原则很少不导致动乱的。所以周武王不传位给他圣人般的弟弟，并不是因为不喜欢他。今天如果真让琅邪王即位，那么小皇子怎么办！”庾冰不肯。于是朝廷下诏，任命司马岳为嗣君，同时任命司马弈继任琅邪王。两天后，庾冰和何充以及武陵王司马晞、会稽王司马昱、尚书令诸葛恢同时接受顾命。第二天（癸巳日），晋成帝去世，年仅二十二岁。晋成帝司马衍字世根，因为年幼即位，受制于舅舅庾氏兄弟而长期无法亲政。比及年长，十分留心政事，注意简朴节约。他常常想在后园修建一座射击的厅堂，但听说造价要四十两黄金，便觉得劳力和费用太高而作罢。晋成帝的雄武程度，虽然不如他前头的帝王，但颇有勤俭节约的品德。
六月初十（甲午日），琅邪王司马岳即皇帝位成为晋康帝，大赦天下。一个多月后，晋康帝封晋成帝的儿子司马丕为琅邪王，司马弈为东海王。
要想知道晋康帝以后的情况，请看下篇文章。
