前秦君主苻健称帝后，娶了张遇的继母韩氏为昭仪，并多次在众人面前跟张遇开玩笑说：“爱卿，你是我的儿子。”张遇感到非常耻辱，便趁苻雄等人的精兵在外，暗中联结关中豪杰，想消灭苻氏，然后占领他们的地盘投降东晋。公元353年秋七月，张遇和黄门刘晁阴谋趁夜偷袭苻健，刘晃约好打开宫门等待张遇。适逢苻健派刘晃出外。刘晃一再找借口推辞，但苻健没答应。刘晃不得已只好出去了。张遇不知道这回事。到了夜晚，他带兵来到宫门，结果发现宫门紧闭着。因此他的阴谋败露，张遇被杀了。于是地方豪强纷纷起事，诸如孔特在池阳起兵，刘珍和夏侯显在鄠起兵，乔秉在雍起兵，胡阳赤在司竹起兵，呼延毒在灞城起兵，总共有部众数万人，各自派遣使者前往东晋征西将军桓温和中军将军殷浩那里求救。
同时苻健任命左仆射鱼遵为司空，紧急召苻雄他们回来。九月，苻雄率领部众二万回到长安。苻雄和清河王苻法以及苻飞分别前去讨伐孔持等人。十月，苻雄攻克池阳，杀了孔特。十二月，苻法和苻飞攻克鄠城，杀了刘珍和夏侯显。苻雄接着攻克了司竹，胡阳赤逃到霸城，依附呼延毒。
苻健于是让苻菁平定了上洛地带，在丰阳川设置荆州，任命步兵校尉金城人郭敬为刺史。荆州设置后，前秦从南方引进了黄金和奇货，以及竹竿和漆蜡等东西，并流通关市，引来远方的商贾。于是国家的费用充足，而珍奇异物还有盈余。
当初，东晋权臣殷浩曾暗中派人引诱前秦将领梁安和雷弱儿，让他们去谋杀苻健，答应事成之后将关西的大任交给他们。雷弱儿假装答应了，并且请求派兵接应。比及殷浩听说张遇作乱，苻健兄长的儿子辅国将军苻黄眉从洛阳往西回奔，便以为梁安等人的政变已经成功。冬十月，殷浩从寿春率领七万大军北伐，想要进据洛阳，修复祖先的宗庙陵园。
殷浩任命姚襄为前驱。姚襄带兵北进，估计殷浩将到时，假装让部众夜里逃遁，却暗中埋伏甲精兵准备伏击殷浩。殷浩听说姚襄逃跑了，便发兵追击姚襄一直追到山桑。姚襄纵兵出击，殷浩大败，丢下辎重，退保谯城。姚襄杀死和俘虏了晋兵一万多人，抢走了他们全部的辎重和兵器，然后让兄长姚益守卫山桑，姚襄自己则回军淮南。
殷浩派部将刘启和王彬之到山桑进攻姚益。姚襄从淮南率军反击，结果刘启和王彬之都战败而死。姚襄于是进据芍陂，继而又大举渡过淮河，进驻盱眙。姚襄接着在这一带招集或劫持流民，把部队增加到七万，同时分别安置地方守宰，鼓励农业和养蚕业，并派使者前往建康上告殷浩的罪状，陈述事变原因和谢罪。朝廷下诏任命谢尚为负责江西和淮南军事的豫州刺史，出镇历阳。
公元354年二月，这时已经取代殷浩成为东晋权臣的桓温率领步骑四万从江陵出发；同时命令司马勋从子午道出发，一道讨伐前秦。
桓温率领兵将进攻上洛，俘获了前秦的荆州刺史郭敬。桓温接着进击青泥，又大败秦军。司马勋劫掠前秦的西面边境；西凉的秦州刺史王擢则进攻陈仓以响应桓温。苻健派太子苻苌、丞相苻雄、淮南王苻生、平昌王苻菁、北平王苻硕率领部众五万进驻峣柳城和愁思堆抗拒桓温。
四月二十二，桓温和秦兵在蓝田大战。秦淮南王苻生单枪匹马地突入敌阵，来回出入上十次，杀伤很多东晋将士。桓温的部将应庭和刘泓出战苻生，都被他杀了，晋兵死伤数以千计。桓温督促部众拼死力战，秦兵这才败退。桓温的弟弟将军桓冲又在白鹿原打败苻雄。苻雄退兵，转而率领七千骑兵去子午谷袭击司马勋，并打败了他。司马勋退驻女娲堡。
桓温转战而前，于四月二十五进抵灞上。秦太子苻苌等人退驻长安城南，苻健带着老弱士兵六千坚守长安的小城，然后派大司马雷弱儿等人率领所有剩下的精兵三万，和苻苌合兵抗拒桓温。
王擢也攻拔了陈仓，杀了前秦扶风内史毛难。
北海人王猛，字景略，少年时即好学，倜傥而有大志。他听说桓温入关，便披着粗布大衣前往见他，一边抓身上的虱子一边高谈当世的紧急事务，旁若无人。桓温对他感到十分惊异，问道：“我奉天子的命令，率领十万精锐来为百姓驱除残贼，却没看到什么三秦的豪杰来相见，这是什么原因？”王猛说：“明公不远千里，深入敌境。如今长安近在咫尺，而明公却不肯渡过灞水。百姓不知道明公真实的意图，所以不肯前来。”桓温默然无以回应，只是徐徐地说道：“江东没人能和先生相比！”便任命王猛为军谋祭酒。
苻雄打败了司马勋后，又回到白鹿原。桓温派桓冲与苻雄等人在白鹿原大战，结果桓冲出师不利，将士阵亡了一万多人。起初，桓温指望抢收秦麦作为军粮。然而秦人将麦子全割了，坚壁清野以待晋军，桓温军队因此缺乏粮食。
六月，桓温迁徙关中三千多户人家东归。他还任命王猛为高官督护，想和他一道回到东边。王猛坚决推辞，不肯就任。
原来守卫灞城的前秦叛将呼延毒率领部众一万人跟从桓温东归。前秦太子苻苌等人跟随在桓温大军后头，不时骚扰攻击他们。待到桓温抵达潼关时，他的军队已经屡次失败，伤亡和逃失的数以万计。
苻雄接着到陈仓进攻司马勋和王擢，司马勋逃到汉中，王擢逃到略阳。苻健任命光禄大夫赵俱为洛阳刺史，出镇宜阳。
苻雄接着前往雍城进攻乔秉，但不幸在路上于六月二十病故。苻健伤心得痛哭直到呕血，说：“上天难道不想让我平定四海吗？为何这么快就把我的元才（苻雄字）夺去！”于是追赠苻雄为魏王，依照晋安平献王的礼仪安葬了他。苻雄是前秦的佐命元勋，位兼将相，就像君主一般地掌握着大权。然而他依然谦恭博爱，遵奉法度，所以苻健非常看重他，常说：“元才就是我的周公。”苻雄的儿子苻坚世袭了他东海王的爵位。
秦太子苻苌接替苻雄到雍城进攻乔秉，并在八月打败并杀了他。至此，关中的动乱全部平息。苻健封赏抗拒桓温的功臣，封雷弱儿为丞相，毛贵为太傅，鱼遵为太尉，淮南王苻生为中军大将军，平昌王苻菁为司空。苻健勤于政事，经常邀请公卿谈论治理国家的方法。继后赵人苛刻奢侈的暴政之后，前秦以宽简节俭为政，崇尚儒学，礼贤下士，于是秦地的百姓无不心悦诚服。
苻苌拒战桓温时，被流矢射中。冬十月，他箭伤发脓不治而死。
当桓温入关时，王擢派使者告诉凉王张祚，说桓温善于用兵，他的意图难以预测。张祚因此十分恐惧，而且害怕王擢背叛自己，便派人去刺杀王擢但没有成功。于是王擢在十一月率领部众投降了前秦。苻健任命王擢为尚书，任命上将军啖铁为秦州刺史。
当初，苻健的叔父武都王苻安从东晋归来，但在路上被姚襄俘虏。姚襄任命他为洛州刺史。十二月，苻安逃归前秦，苻健任命他为大司马、骠骑大将军、并州刺史，出镇蒲坂。
这年，西部的少数民族酋长乞没军邪派儿子到前秦来入侍，苻健于是在平朔门设置来宾馆，用以招待远方来人；又在杜门修建灵台。苻健与关中百姓约法三章，减轻税赋，节省宫廷开支。他非常关心政事，优待敬重老人，崇尚儒学，因而关中百姓非常称道，认为他们得到重生了。
新平地区出现了一个身材很高的人。他跟一个叫张靖的平民说：“苻氏应天受命，今当太平，外面者归中而安泰。”张靖问他的姓名，他不回答，转眼就不见。新平县令将这见闻上奏。苻健认为那是弄神做鬼，便捉捕张靖下狱。正好这期间下大雨，黄河和渭水都发洪水。蒲津监冠登在河上得到一支木屐，长七尺三寸，上头还有人的足迹，指头长达尺余，深达一寸。苻健叹道：“被洪水冲走的东西里真是无所不有。张靖所见到的一定也不是子虚乌有。”便赦免了他。
这年，显然因为洪水的缘故，前秦大闹饥荒，米一升值布一匹。
公元355年二月，前秦又大闹蝗虫灾害。从华泽到陇山（即六盘山），片草无遗。牛马互相吃毛，猛兽野狼食人，路上连行人都没有了。苻健主动免除了百姓的租税，减少自己的膳食，撤去悬挂的钟磬之类乐器，同时还身穿一般的服饰，尽量避免使用正殿。
秦淮南王苻生字长生，是苻健的第三儿子。他年幼时就很无赖，祖父苻洪十分讨厌他。苻生小时候就少了一只眼睛，性格粗暴。苻洪曾跟他开玩笑说：“我听说瞎的小孩没有眼泪，相信不？”苻生大怒，拿佩刀把自己的眼睛刺出血来，说：“这也算是眼泪吧。”苻洪又惊又气，就鞭打了他。苻生说：“我生性耐得了刀槊，却不堪鞭捶！”苻洪说：“你如果继续这样，我将把你废为奴隶。”苻生说：“那可不成了石勒吗？”那时苻氏都寄居在后赵，因此苻洪大吃一惊，急忙赤脚跑去掩住他的嘴巴。他然后跟苻健说：“这孩子过于狂妄悖逆，应当早日除掉。不然，必定会把你搞得家破人亡。”苻健准备杀了苻生，苻雄劝止道：“儿子长大了自然会改，何必仓促就杀了他！”
苻生成年后，力气非常大，能举起千钧大鼎。他还能徒手格斗猛兽，跑起来快如奔马。他的武功和击刺骑射，当时都没人比得上他。在太子苻苌去世后，强后想立小儿子晋王苻柳。但苻健因为从前得到过一个谶文，上头写有“三羊五眼”，便决定立苻生为太子。他还任命司空平昌王苻菁为太尉，尚书令王堕为司空，司隶校尉梁楞为尚书令。
六月初六，苻健重病不起。六月初十，平昌王苻菁带兵进入东宫，准备杀了太子苻生自立。当时苻生在西宫照料苻健。苻菁以为苻健已死，便进攻东掖门。苻健听说发生事变，便抱病登上端门，率领士兵自卫。苻菁的部下见到苻健，无不惊慌失措，纷纷丢下兵仗逃散。苻健于是让人拿下苻菁，数落了他的罪状后杀了他，其他的从犯一无所问。
两天后，前秦任命大司马武都王苻安负责朝廷内外军事。六月十四，苻健召太师鱼遵、丞相雷弱儿、太傅毛贵、司空王堕、尚书令梁楞、左仆射梁安、右仆射段纯、吏部尚书辛牢等人接受遗诏辅政。苻健私下跟太子苻生说：“这六位执政的夷人酋长和师傅以及两位大臣，如果他们不听从你的命令，应当逐渐把他们除去。”
第二天即六月十五，苻健去世，死时三十九岁，在位四年。前秦谥他为景明皇帝，庙号高祖。次日即六月十六，苻生即位，大赦，改元寿光。
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