俄罗斯在覆灭西伯利亚汗国之后，1591年西伯利亚汗古楚汗在塔拉城被塔拉城的俄罗斯将军马萨尔斯基击败，南下逃入额尔齐斯河宰桑湖卫拉特准噶尔的领地，盗走卫拉特准噶尔的马匹，被卫拉特准噶尔跟踪追击，经过交战，古楚汗差点被俘，再度逃入诺该人的领地。这样俄罗斯和新兴的准噶尔逐渐接壤。开始了近200年的战史。
1586年俄罗斯人在西伯利亚原有的小镇上建立秋明城，1587建立托博尔斯克城。俄罗斯在1594年修筑了塔拉城。然后那些罪大恶极的罪犯，以及受到宗教迫害的虔诚的“守旧派”一批一批到达这里。成批的波兰人，瑞典人，立陶宛人战俘也被弄到这里。随后军士和行政人员也到来了。山峦的那一边，是另一群狂野又虔诚，严谨又疏放的人。早期的准噶尔俄罗斯战争，是围绕这准噶尔进攻俄罗斯的，托博尔斯克，塔拉城等展开的。当时的卫拉特准噶尔还是一个小部落联盟，受到喀尔喀札萨克图汗属下的今天蒙古国西北乌布苏湖附近的阿勒坦乌鲁斯的辖制。臣属于这个小公国。卫拉特准噶尔经常和他们的宗主---阿勒坦乌鲁斯交战，媾和。1587年卫拉特准噶尔的盟主是和硕特的拜巴噶斯汗。
在反击阿勒坦乌鲁斯的征伐中，卫拉特准噶尔能出动的军队为：和硕特3万，杜尔伯特8000.绰罗斯6000，辉特4000，土尔扈特2000人。可见和硕特在这个阶段实力最强。1587年卫拉特振兴，恢复了昔日的荣光。击败了阿勒坦乌鲁斯。开始了他们振聋发聩的历史的又一页。此时准噶尔卫拉特出现了两个权利中心和硕特的拜巴噶斯汗。和绰罗斯的哈喇忽剌。1596年俄罗斯从塔拉城派人侦查。此时卫拉特准噶尔在和古楚汗在伊克塞湖交战。
准噶尔和俄罗斯的战争开始于17世纪早期
1604年俄罗斯修建了托木斯克堡，在向南推进的时候，遇到声称是向卫拉特准噶尔和阿勒坦汗进贡的“贡民”1605年卫拉特准噶尔接触到俄罗斯。1606年9月卫拉特准噶尔告诉俄罗斯，阿拉兵鞑靼是他们的贡民。俄罗斯人击退了他们。1607年200人的俄国部队遭遇了5000卫拉特。俄军突围逃脱。
俄罗斯相继向这两个集团派出使者。
1607年俄罗斯使者出使卫拉特，俄罗斯方面声称卫拉特臣属于俄罗斯了。也可能是准噶尔不愿意四面受敌，先稳住北边的俄罗斯。卫拉特准噶尔也在1607年9月21日向塔拉城派出使者。此时的卫拉特遭到东边的阿勒坦汗和哈萨克的联合攻击。
1608年卫拉特准噶尔在东西两线全部获得胜利，将阿勒坦汗驱逐到东南很远的地方，将哈萨克的进攻部队歼灭。
此后原先向阿勒坦汗纳贡的贡民，转向准噶尔。但是俄罗斯也向他们收取贡赋。
第一阶段的战争是贡民争夺战。
1610年准噶尔和塔塔尔袭击了塔拉城，斩获俄罗斯殖民点居民。
1611年准噶尔控制了塔拉城的一口赖以生存的盐水井，禁止哥萨克通过。占领了这些贡民的动物资源丰富的游牧地，宣布俄罗斯在此地统治无效。
1612--1613年俄罗斯和准噶尔交战，双方互有俘获，1614年大雪灾，准噶尔牲畜死伤无数，东边的阿勒坦汗再度回来要求准噶尔进贡。双方缔结和平。1616年俄罗斯派出使者。得知达来台吉是最大的台吉，准噶尔可出动10000士兵。
准噶尔人在和诺盖人交战，杀死了诺盖人，占领了诺该人的领地。这是土尔扈特西征的前奏。
这一期间准噶尔俄罗斯双方互有攻掠。准噶尔俘虏不少哥萨克。
1600年---1606年，刚兴起的准噶尔大败阿勒坦汗，哈萨克和吉尔吉斯。吉尔吉斯在俄罗斯，阿勒坦汗的吞并压力下，加入了准噶尔集团。
此时的准噶尔的精力主要在对付东边的阿勒坦汗。
哈喇忽剌时期
1619年，准噶尔在著名的哈喇忽剌领导之下，
1619年俄罗斯派出使团，要求互换战俘，要求释放伊西木公，释放准噶尔在袭击乌法时候俘虏的俄罗斯人。
1619年，卫拉特一些部落向北，向西北迁徙，据俄罗斯明秋，乌法城很近。
俄罗斯相继下令俄罗斯禁止出售任何武器给准噶尔。
1613年，准噶尔袭击俄罗斯，以及已经臣属于俄罗斯的塔塔尔人。双方一切使团贸易活动取消。
1620年俄罗斯人发现准噶尔在命令鄂毕河附近的铁匠之族，铁匠鞑靼缴纳铁，制造火炮，火器，盔甲武器。
1620年原来向俄罗斯纳贡的吉尔吉斯人转向准噶尔，因为无论俄罗斯还是阿勒坛汗都无法提供有效的保护，接连几年吉尔吉斯以准噶尔为后盾，攻打俄罗斯城镇。
1623年准噶尔俄罗斯关系恢复。
1633年希瓦的使臣传话给俄罗斯，希望和俄罗斯联合，对占据商道的准噶尔采取联合军事行动。
1633年到1635年俄罗斯派出使者，恢复贸易，互换战俘。
显然准噶尔又要有行动了，这一期间双方相安无事。但准噶尔却向青海，伏尔加河下游采取了大规模的行动，建立了土尔扈特汗国，和青海藏地的和硕特汗国。在他们采取行动的时候火枪兵以大量的被记载。1620年是准噶尔自主制造火器的最早记录，1630年准噶尔军大量使用火器，说明此时火器进入准噶尔的军士序列。至于伏尔加河的土尔扈特汗国和俄罗斯的摩擦冲突，在此省略。
期间乌布苏的阿勒坦汗多次要求和俄罗斯一起进攻卫拉特准噶尔。阿勒坦汗和卫拉特准噶尔的战争有时胜利有时候失败，一些卫拉特移居到亚梅什盐湖，这个盐湖为俄罗斯军民提供着食盐。此时察哈尔的林丹汗败亡，在进入喀尔喀和进入青海的问题上徘徊，阿勒坦汗很害怕林丹进入喀尔喀，林丹的军队配有弓箭和火枪。
巴图尔洪台吉时期
1635年哈喇忽剌死后，巴图尔洪太吉成为准噶尔领袖，准噶尔进入强盛时代。巴图尔洪台吉召集全蒙古确立联盟，法典。因为关注生产被称作“羊倌王子”
巴图尔洪台吉注重发展和喀尔喀的友好关系。打击西部的哈萨克，中亚国家。
在1652年的战争中杀死了哈萨克的杨吉儿汗，巴图尔洪台吉的对俄战争主要是“双重属民”战争。然后是“盐矿”战争。当时俄罗斯需要的食盐全在准噶尔手中控制。俄罗斯需要寻找食盐，1613年俄罗斯找到亚美什盐湖。用船装满食盐，顺额尔齐斯河回到俄罗斯居民点，1613---1620年俄罗斯每年的采盐没受到限制，1620年准噶尔占据盐湖，有时候帮着俄罗斯采盐，有时候会杀了这些俄罗斯人。1621,1623,1625双方围绕采盐发生冲突。准噶尔控制了双边贸易的重要商品：食盐。俄罗斯为保护自己生命线，盐。想在雅美什湖修建要塞。为让准噶尔人接受，希望把要塞修建成贸易点。同时兼顾准噶尔人的贸易需要。1634年2000准噶尔袭击了俄罗斯的采盐队。并且围困塔拉城，秋明城.巴图尔洪台吉以食盐为外交和贸易的重要筹码。顺了可以采，外交不顺就杀。1647年巴图尔洪台吉攻打了西伯利亚边城，1649年攻破托木斯克，1652年巴图尔洪台吉对俄罗斯说以后别派使者来了。
总的来说，在对西边的伊斯兰势力进行战争的时候，想对会对俄罗斯和平些。巴图尔洪台吉时期，盐湖贸易搞的很好，每年都有一次重大的物资交流会，巴图尔洪台吉控制商路，将中国的丝绸，茶叶，烟草卖到俄罗斯，也控制着中亚和俄罗斯的贸易。巴图尔洪台吉俄俄罗斯的不和是双重贡民问题，巴图尔洪台吉指责俄罗斯袭击吉尔吉斯，阿勒兵鞑靼，铁良古特，要求返还俄罗斯境内的这些人。
僧格时期
巴图尔洪台吉1663年去世，僧格即位。
僧格时期也是索要托木斯克附近的铁良古特人。僧格说，巴图尔洪台吉返还了臣属于俄罗斯的那些阿尔兵鞑靼，俄罗斯理应返还臣属于准噶尔的托木斯克的铁良古特。但是俄罗斯不给。主要为这些属民，僧格的卫拉特和吉尔吉斯经常袭击托木斯克，克拉斯诺亚尔思科，库兹涅茨克。1665年---1667年期间准噶尔和吉尔吉斯烧毁这些地区的农村，杀死农民和哥萨克，将牲畜抢掠一空。
1667年僧格围困克拉斯诺亚尔斯克。
双方谈判，但是一直悬而未决，直到1671年僧格被谋杀。
噶尔丹时期
1671年正在拉啊萨学习的僧人噶尔丹接到哥哥的死讯，他坚持要留在拉萨学习佛法，成为一名大德高僧，但是他的老师D.Lam喇嘛劝他还俗。27岁的噶尔丹回到准噶尔，铲除了叛乱。继承汗位。噶尔丹一即位遇到的又是东西两线的压力，喀尔喀的土谢特汗野心勃勃的想吞并其他人，西边的中亚诸城酝酿着反叛。噶尔丹取消了僧格的禁令，允许俄罗斯通过卫拉特地区进入中原贸易。但是当噶尔丹巩固了汗位后，延续了僧格时期的历史问题。但是在1673---1674年噶尔丹的准噶尔和吉尔吉斯袭击了库兹涅茨克，和托木斯克。毁掉了那些村落，公职人员，掠走牛马。并袭击了俄罗斯的贡民部落。为解决边境事端。1674---1676双方各派使者谈判边境问题。1678年噶尔丹的使者去莫斯科谈判关税，边境问题。俄罗斯方面很不满噶尔丹在吉尔吉斯的军事存在。双方都说吉尔吉斯是自己的贡民。此时俄罗斯的收税官由于违法乱纪导致一些原来向俄罗斯交贡的吉尔吉斯转向准噶尔，也因为准噶尔的军事实力。南西伯利亚的大量的实物税贡民背叛俄罗斯转向噶尔丹。噶尔丹此时也注意到了俄罗斯和清朝的接壤。阿穆尔地区的对峙。结果喀尔喀的土谢特汗杀死扎萨克图汗和前去调停的噶尔丹的弟弟以及准噶尔400人这一意外。彻底撕毁了巴图尔洪台吉1640年苦心经营的喀尔喀卫拉特联盟。噶尔丹率军一击，喀尔喀土崩瓦解。清朝收留了土谢特汗。土谢特杀死扎萨克图汗和噶尔丹的弟弟，彻底改变了准噶尔，喀尔喀，布里亚特和俄罗斯的敌对状态。多米诺骨牌似的带给自己的灭亡，以及亚洲大形势的彻底改变。噶尔丹问康熙要战争罪犯土谢特，康熙说保证给，等喀尔喀是在饿困的不行，提出加入我大清如何，喀尔喀的蒙奸于是和满洲人多伦会盟。康熙口头说保证交还战犯，却派2万清军突袭噶尔丹，在乌尔会河2万清军被2万准噶尔全歼。此时康熙才知道准噶尔的战斗力。在乌兰布统康熙一边责怪阿尔倪，一边说保证交还，保证要和平，保证要友谊，土谢特确实不是东西。一边派10万清军精锐带着能着急的全部火器，结果4天的战斗，10万清军被打的失去战斗力，战不能战，退不能退，等待援军。康熙在阿尔巴津打成什么德行，我不说了。但是康熙在1689年9月签订了《中俄尼布楚议界条约》，把大量的土地献给俄国，勾结俄罗斯，换取俄罗斯支持清朝。而噶尔丹得知此事后，对俄罗斯沙皇说：“被割让的那些土地是我们蒙古人的，满洲皇帝说了不算”
1691年噶尔丹派使臣去俄罗斯但沙皇政府闭口不谈任何敏感事情。因为此时俄罗斯已经收到康熙割让的大量土地。俄罗斯使臣也和噶尔丹解释过，他们到达喀尔喀边境，是为了赶去年跑到这里的牲口，俄罗斯为什么要毁掉雅克萨要塞，以后要在远东建立很多要塞。1692年俄罗斯正式通告清朝，他不支持准噶尔
策妄阿拉布坦时期
策妄阿拉布坦是僧格的儿子，噶尔丹的侄儿。在噶尔丹出征喀尔喀和与清军交战的时候，占据伊犁和博尔塔拉，断了噶尔丹的后路。自立称汗，并和康熙结盟对付他叔叔噶尔丹。此后因为策妄阿拉布坦的统治合法性，把噶尔丹挤出科布多，导致只有5000战斗力量的噶尔丹向东迁徙，在昭莫多，噶尔丹失利，后病死，策妄阿拉布坦开始了自己对准噶尔的统治。在策妄阿拉布坦统治时期，进行改革增加鄂托克，昂吉等。1718年在藏地那曲策妄阿拉布坦取得对康熙的哈喇乌苏战役的重大胜利，全歼了企图染指藏地的清军10400---35000人。然而在北境。1710年准噶尔的属民巴拉巴人攻打了俄罗斯边城，俄罗斯要求严惩，策妄阿拉布坦说你们这些“斯克”建立在我的地盘上，要么撤走，要么我就拔除他们。1713年准噶尔人洗劫了巴拉巴和库兹涅茨克。1713年彼得看到准噶尔和清朝开战，并且得知叶儿羌有大量沙金。1715年7月带两团步兵，700骑兵，一支炮兵，70名工匠，2932（另一个说法是4500）人前往叶儿羌，该军被俘其中有瑞典军官列纳特，列纳特在准噶尔生活了17年，1733年回国。1716年彼得指示一定要进入雅美什湖。布赫果尔茨领命，也有可能列纳特等是这次被俘的。俘虏都在准噶尔的工厂担任技术人员。1716年2月，1万准噶尔包围这支军队。托博尔斯克俄罗斯派遣援军，被准噶尔消灭。围困三月，俄罗斯给脸不要脸，直接开打，该军撤走1718年准噶尔全歼企图染指藏地的清军，俄罗斯看见准噶尔，清朝激战正酣，在额尔齐斯河抓紧时间修建了鄂木斯克，乌斯季卡缅诺噶尔斯克，热列金斯克，等要塞城堡。害的准噶尔必须调集军队对付俄罗斯，导致清军吞并藏地。
1717年2月俄罗斯使者加加林被扣押5年。他被要求去问准噶尔一个说法，准噶尔杀死很多俄国兵，俘虏很多人抢劫了军方财政，带走了要塞所有的马。结果被扣留。
1718年准噶尔和清朝在哈密交战，没有顾及北方。
1720年3月李哈罗夫带着440人被赶走，赶走他们他们在北边修建了两个要塞。
策妄阿拉布坦时期之准噶尔最困难时期，经历了策妄阿拉布坦和噶尔丹的分裂，经历了剧烈的天花，同时和清朝和俄罗斯作战，而且西边的哈萨克也在不老实的进攻准噶尔，1716年雅美什湖战役后，俄罗斯西伯利亚总督告诉彼得，利用哈萨克对付准噶尔。和俄罗斯建立反准噶尔联盟，哈萨克受到鼓动不断挑衅准噶尔西部，策妄阿拉布坦在1723年之后给了中亚致命一击。臣服了大玉兹和中玉兹，哈萨克历史上所谓的“大逃亡时期”。俄罗斯对此并不理会。在这个时期，由于在拉啊萨，中亚，西伯利亚，等广阔的地域三线同时开战，策妄阿拉布坦对1720年修筑的城堡保持了隐忍的态度。
噶尔丹策凌时期
1729年策妄阿拉布坦去世
噶尔丹策凌即位。对待下属亲密无间，继续延续了发展生产的策略。据说噶尔丹策零每次徙牧时, 要用上百头骆驼驮载各种书籍跟着迁移,喜好文化知识。科学技术。此时雍正在1727年《布连奇条约》中再度送给俄罗斯大量土地。换取勾结俄罗斯。噶尔丹策零即位后，雍正依旧像敌对准噶尔，在1730年到1731年之间三次击败清军，1730年岳钟琪的损失应该十分巨大，俄罗斯方面记载是1万人被杀。清朝隐瞒了这个消息，但是重惩了岳钟琪。1731年和通诺尔被2万准噶尔全歼了4万清军后，与准噶尔划定界限。划定界限后，针对西边的哈萨克采取了军事行动。1741年哈萨克盗马，噶尔丹策零派15000军打击了小玉兹。
俄罗斯奥伦堡要塞司令宣布，哈萨克的阿布莱和阿卜杜拉·莫哈默德。臣属于俄罗斯。有问题要向俄罗斯申诉。噶尔丹策凌没理他们，让武力和怀柔哈萨克臣属了自己。尽力发展一个和哈萨克的反俄罗斯同盟。此时噶尔丹策凌终于要解决策妄阿拉布坦时期的1720年，准噶尔三线开战时期俄罗斯修筑的要塞群了。1737年，1742年噶尔丹策凌派人写信给沙皇说：你那些要塞建在我的地上，我可以驱走你的人，但还是请你下令让他们走，否则我不让他们活。1743年3 月17 日, 西伯利亚长官苏哈廖夫和奥伦堡省长涅普柳耶夫就如何对付噶尔丹策零举行会晤。双方经过讨论最后商定:( 一) 从黑卢茨卡亚镇溯额尔齐斯河上航到塞米巴拉丁斯克一段增建一些多面堡。从塞米巴拉丁斯克经捷米多夫斯克( 科雷万、沃斯克列先斯克) 到捷列茨湖重建起一道防线, 使与萨彦岭相连。为了安全起见, 在新防线上拟派一万名正规军驻守, 发动哈萨克人和卡拉卡尔帕克( 黑帽子) 人起来反对噶尔丹策零。17 4 4年, 西伯利亚当局又大力扩充各城市哥萨克人员的编制, 把人数增加至六千人。其中三千人被调到准噶尔边界。金杰尔曼少将率领三个龙骑兵团和一千雅伊茨克哥萨克驻守于西伯利亚防线1744年噶尔丹策零武力讨伐额尔齐斯河沿岸的堡垒，效果不大，但是准噶尔却大量俘获了俄罗斯人塔塔尔人，发展了克雷孚沃斯克列谢手工厂。大规模的冶炼制造提高自己的军事实力。俄罗斯要求归还战俘，准噶尔要求归还实物税贡民。俄罗斯于是极力接近哈萨克中玉兹的苏丹，并和霍集占的结盟。1745年霍集占占领了准噶尔手中的塔什干，突厥斯坦。准噶尔不得不把军事力量调集到西南，从而错过了继续攻打俄罗斯要塞的时机。当噶尔丹策凌集结军队，沙俄也加强了西伯利亚军队，一场大帐开战在即的时候，噶尔丹策凌也死于天花这个盘旋在准噶尔很久的瘟神手中。期间哈萨克还有一个哈日萨赫勒的问题，噶尔丹策零的一个弟弟，军功显赫深受爱戴的舒努，因为反对噶尔丹策零逃到哈萨克。俄罗斯有一个巴什基尔起义领袖也逃到哈萨克。这样哈萨克有一个哈日萨赫勒的人，蒙语黑胡子的意思，对于准噶尔他是舒努，对于俄罗斯他是巴什基尔起义军领袖，双方在逮捕黑胡子的问题上一致。舒努深受准噶尔人爱戴，流传着很多他要回来了的传说。黑胡子后来死在哈萨克
1745年9月噶尔丹策零死于天花
内战
1745年噶尔丹策凌死于天花之后，准噶尔陷入内乱和天花的双重打击。
准噶尔人希望那个受人爱戴的舒努从哈萨克回来即位。不少人去哈萨克投奔了舒努。第一场内战：1747年噶尔丹策凌14岁的儿子策妄道尔吉那木吉勒即位，其兄喇嘛道尔扎与其争位。1750年取代了他。第二场内战：达瓦齐和阿睦尔撒纳拥立策妄达什，策妄达什被杀，达瓦齐，阿睦尔撒纳逃到哈萨克。第三场内战，喇嘛道尔扎带军队讨伐哈萨克，索讨达瓦齐，阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳和达瓦齐逃回，组织军队，袭杀了喇嘛道尔扎。第四场内战：杜尔伯特是喇嘛道尔扎的支持者，害怕被清洗，一部分逃入俄罗斯，一部分杜尔伯特的那穆赫吉日嘎拉自立为汗，和达瓦齐同时出现两个大汗，两部火并，实力相当，达瓦齐命令哈萨克的阿布莱派5000兵夹击杜尔伯特，杜尔伯特战败。降清。第五场内战，达瓦齐和阿睦尔撒纳不和，阿睦尔撒纳失败带2万人出逃。1755年乾隆，阿睦尔撒纳，杜尔伯特的萨拉尔，喀尔喀等讨伐达瓦齐，准噶尔汗国的人以为阿睦尔撒纳回来了，拥护阿睦尔撒纳和杜尔伯特的人很多。没什么战争，甚至夹道欢迎阿睦尔撒纳。连青海的反清领袖罗布藏丹增都欢迎了阿睦尔撒纳，达瓦齐逃到哈萨克边境，召集了3000哈萨克，不低阿睦尔撒纳，被俘。达瓦齐被俘后，乾隆要分割统治准噶尔，这与阿睦尔撒纳想建立朝鲜，缅甸那样的统一的附属国的愿望差的太远。阿睦尔撒纳提出，准噶尔的领导必须有能力抵挡西部的伊斯兰，北部的俄罗斯。乾隆不理睬，阿睦尔撒纳反清。1755年阿睦尔撒纳取得一些胜利，但是此时，准噶尔几代领导建立起来的工厂早已凋零，瘟疫横行，残余的人口减半，人心丧尽。阿睦尔撒纳逃入哈萨克，哈萨克的阿布莱汗是他的忠实盟友，阿布莱汗认为准噶尔如果存在，将是抵挡清朝，俄罗斯的坚实的墙。1757年6月，阿睦尔撒纳的2000准噶尔军最后一次展现了惊人的战斗力，于十几倍于自己的敌人交战，17天的时间多次进攻清军。最后剩下8个人。装作铡草工人，逃入俄罗斯。俄罗斯此时将堡垒延伸到准噶尔内境。1757年7月28日阿睦尔撒纳进入谢米巴拉金城堡，8月后到了托博尔斯克，9月死于天花。1759年今天新疆焉耆的余勒都斯山最后的准噶尔反清据点被攻破。准噶尔汗国灭亡。
