（注：“桓玄篡位”系列基本上紧接“淝水之战”，主要描述东晋的故事，很多事情是和上个系列“秦燕混战”在时间上并行的。前秦和东晋的淝水之战是五胡乱华时期最重要的战役，相当于三国时期的赤壁之战。但淝水之战的后果影响更为巨大。因为战前鼎盛的前秦战后马上开始四分五裂，直接导致了两秦两燕等混战局面，最终走向曾是中原霸主的前秦的灭亡。然而，东晋并未很好利用这一大捷去收复失地，而是逐渐走向内乱，最终导致桓玄篡位）
公元383年十二月，东晋大赦，庆祝肥水大捷。朝廷任命肥水之战的功臣谢石为尚书令；提升肥水之战的主帅谢玄的名号为前将军，但谢玄坚决辞让不受。
谢安的女婿王国宝，是王坦之的儿子。他少年时就没有操行，不注意品行。谢安讨厌他的为人，所以总是压抑他，只让他担任尚书郎。王国宝自以为出身望族，所以除非到吏部，其他职位他都没看在眼里，因此坚决推辞不拜，也因而很怨恨谢安。王国宝的堂妹是会稽王司马道子的妃子。晋孝武帝和他弟弟司马道子都嗜酒如命，关系过分亲近，也喜欢听信谗言。王国宝便在司马道子面前大讲谢安的坏话，想离间晋孝武帝和谢安的关系。谢安这时的名望正如日中天，而那些一心想当官的人，都到处讲谢安的坏话，所以孝武帝开始对他有点疏远和猜忌。
这时，朝廷刚开放酒禁，同时增加民间的税收，每口人要交纳五石大米。
公元384年正月，东晋鹰扬将军刘牢之进攻并占领了前秦的谯城。权臣江州刺史桓冲派上庸太守郭宝进攻并占领了前秦的魏兴、上庸、新城三郡。前秦魏兴太守褚垣和上庸太守段方都投降了，而新城太守麹常则逃走，于是三郡全都平定。朝廷下诏赏赐桓冲钱币一百万，锦袍面料一千端。
东晋将军杨佺期进据成固，击败并赶走前秦梁州刺史潘猛。杨佺期是弘农华阴人，汉太尉杨震的后裔，曾祖父杨准官至太常。从杨震到杨准，杨家七世都有名望。他父亲杨亮，年轻时曾在后赵那里任职，后来归依东晋，最终担任梁州刺史，以忠贞干练知名。杨佺期少年时代就经历了军旅生涯，很早就率领过部众驻扎在成固。这时，杨佺期击败潘猛，吞并了他的部队，朝廷便拜他为广威将军、河南太守，卫戍洛阳。
当初，丰城公桓冲西镇江陵时，认为前秦非常强盛，所以移镇到上明。他以为江东军事弱小，因此只想保住自己的封疆而已。桓冲又认为将相的职责各不相同，知道自己的德才和名望都不如谢安，所以把在朝内辅政的大任交给谢安，而把镇守四方保卫边疆当作自己的责任。他和朱序关系密切，但后来朱序又被秦兵俘虏，桓冲深感愧疚惋惜。苻坚倾全部军力入侵时，桓冲感到非常焦虑。当时谢安已派谢玄和桓伊等各路大军出去抵御，桓冲却以为力量不足，晋师必败无疑。待到桓冲听说肥水大捷，而谢玄等人立有大功后，觉得自己失言，因而逐惭悔恨成疾。二月，桓冲发病去世，终年五十七岁。朝廷追赠他为太尉。
桓冲生性勤俭简朴，谦虚爱兵。曾经在一次洗浴后，他妻子送他一件新衣。桓冲很生气，让她拿走。他妻子又送了过来，跟他说：“没有新衣，哪来的旧衣！”桓冲这才笑着穿了起来。他曾经聘请处士南阳人刘邻之当他的长史。刘邻之不肯就任，桓冲亲自前往迎接，很尽礼数。他又聘请处士长沙人邓粲当他的别驾，也是十分谦恭并尽了礼数。邓粲为他的好贤感动，便启身应命。当初，朝廷重臣郗鉴、庾亮、庾翼临终前都有上表，要求树置自己的亲戚，而桓冲却只写信给谢安说：“妙灵（估计是桓温儿子桓伟的小名）、灵宝（桓温小儿子桓玄的小名）还小，亡兄寄托我照管，现在却没能做到，这是唯一的遗恨！”除此之外，一点也没谈到自己的私事。人们都对他非常赞许。比及他的棺柩运下江陵，当地的男女老幼无不临江瞻仰相送，号哭尽哀。
桓冲去世后，荆江二州刺史的职位空缺。朝廷大臣们都提议让谢玄担任荆江二州刺史。但谢安认为他们谢家的名位已经太盛，担心被朝廷猜疑，又担心桓氏失去这一职位会很不高兴，便考虑让桓石虔接任。但又怕他因为在沔阳的功勋，再加上他的骁猛，让他处在这么要害的地方，最终也许很难抑制。想来想去，便决定让梁郡太守桓石民担任荆州刺史，让河东太守桓石虔担任豫州刺史，让豫州刺史桓伊担任江州刺史。谢安任用这三桓占据三州，他们彼此便不会猜疑而各得其所。谢安考虑问题的周到和全局性，基本都是这样。
三月，晋孝武帝任命卫将军谢安为太保，谢安上疏辞让太保以及爵位，但朝廷不肯。
不久，东晋竟陵太守赵统进攻襄阳，前秦荆州刺史都贵逃到鲁阳去了。
这一时期，前秦面临重重危机，鲜卑和西羌人纷纷反叛。五月，前秦洛州刺史张五虎在丰阳投降东晋。
东晋梁州刺史杨亮率领五万大军伐蜀，派巴西太守费统等人带领水陆士兵三万作为前锋。杨亮驻扎在巴郡，前秦益州刺史王广派巴西太守康回等人去抗拒。
六月初一，东晋崇德太后褚氏去世。
这月，东晋将军刘春进攻鲁阳，都贵逃回到长安。东晋荆州刺史桓石民接着进据鲁阳，派河南太守高茂北卫戍洛阳。
前秦巴西太守康回多次败给杨亮，只好退回到成都。梓潼太守垒袭则在涪城投降了东晋。
七月底，东晋将康献皇后也就是崇德太后安葬在崇平陵。
八月底，东晋南昌文穆公郗愔去世。同时，太保谢安上奏请求趁前秦苻氏的颓败开拓中原。朝廷便任命徐兖二州刺史谢玄为前锋都督，率领豫州刺史桓石虔等人伐秦。谢玄来到下邳，前秦徐州刺史赵迁放弃彭城逃走，谢玄于是进据彭城。
九月，谢玄派参军刘袭到鄄城进攻苻坚的兗州刺史张崇，张崇放弃鄄城去投奔刚由鲜卑人领袖慕容垂建立的后燕。谢玄便派刘牢之守卫鄄城，河南的许多城堡都来归附东晋。兗州平定之后，谢玄担心水道艰险造成的粮运困难，便用了督护闻人奭的计谋，堵住吕梁的水，在那里树立栅栏，修筑了七个土坝，把河流分成七道支流，人为地加深原来两岸之间的水流，以便利水上运输，从此国家和民间都得到了好处。
太保谢安这时正想统一中原，便上疏请求亲自北伐。朝廷于是让他负责扬、江、荆、司、豫、徐、兗、青、冀、幽、并、宁、益、雍、梁十五州的军事，加黄钺，原来官职不变，还为他加了从事中郎二人。
十月，谢玄又进伐青州，后来跟随他这次出征的主要部将被称作青州派。谢玄派淮陵太守高素带领三千人进逼广固，进攻苻坚的青州刺史苻朗。大军抵达琅邪时，苻朗来投降。苻朗字元达，是苻坚堂兄的儿子。他禀性宏达，神气爽迈，幼年时就怀抱远大志向，不屑于一时的荣耀。苻坚曾看着他称赞道：“这是我们家的千里驹。”苻朗后来征拜镇东将军兼青州刺史，封乐安男。他因为不得已而出来就任，所以即使担任了方面大员，还跟平常人士一般，喜欢经典书籍，手不释卷。每谈起虚幻的玄学，他总有说不完的话，不知不觉太阳就下山了。他还经常登山涉水，不知道自己很快就要年老了。苻朗在任上很有值得称贺的政绩。
谢玄派晋陵太守滕恬之渡过黄河去守卫黎阳，三魏地区望风而降。滕恬之是滕修之的曾孙。朝廷因为兖、青、司、豫四州现在已经平定，便加谢玄负责徐、兖、青、司、冀、幽、并七州的军事。
这时苻坚的前秦已经分崩离析。他儿子长乐公苻丕坚守在邺都，派人去召守卫晋阳的骠骑将军张蚝和并州刺史王腾前来相救，但张蚝和王腾因为兵力太少不能前来。苻丕进退无路，便和属下僚佐商议对策。司马杨膺请求归附于东晋，苻丕不答应。适逢这时谢玄派龙骧将军刘牢之等人进据碻磝，派济阳太守郭满进据滑台，派将军颜肱和刘袭驻军在河北。苻丕派将军桑据进据黎阳防备他们。刘袭夜里偷袭桑据，桑据战败逃走，东晋因而占领了黎阳。
苻丕大为惊惧，便派堂弟苻就和参军焦逵向谢玄求救，信上称他想借道求粮，要往西去救苻坚，共赴国难。如果谢玄的援军能来接应，他就把邺城交给他们。如果西路不通，长安陷没，他将请求谢玄率领他的部队保卫邺城。焦逵和参军姜让秘密跟杨膺说：“如今我们丧败到如此地步，又和长安隔绝，他们的吉凶难卜。敌寇就在眼前，三军的粮草也都罄绝。我们危险的程度，真是朝不保夕。即使屈尊降节去求人家的粮援，还怕得不到。但长乐公在信里依然豪气不除，首鼠两端，这样事情一定成不了。今日的形势，一定得有个转机，不容许他这样做什么假设，白费时间。我们应当正式地写一张奏表，表示我们的殷勤和真诚，答应说王师来到时，我们都会南归臣服。如果长乐公不肯，我们可以把他绑起来逼他就范。他真要不服，也只需要一人的力气而已。古人做事，讲的就是效果，何况先生对长乐公有长期的功德，您的祖先在晋朝也是有名的。今天再为他们建立这么巨大的功勋，使得功业相继，这将是千载一时的好事。先生不能错失这一机会。”杨膺历来看不起苻丕，认为凭自己的力气就能制服苻丕，便当即修改了苻丕的书信，然后让焦逵带走。
十二月，后燕君主慕容垂因为苻丕仍然占据着邺城，便率军包围邺城，但放开西面的道路让他出逃。焦逵见到谢玄后，把杨膺改写的信呈上。但谢玄要求苻丕送儿子给他当人质，然后才肯出兵。焦逵再三陈诉苻丕的真诚，并转告了杨膺的意思。谢玄这才派刘牢之和滕恬之等人率领二万大军救邺。苻丕告饥，谢玄便由水陆两道运米二千斛给他。
公元385年三月中旬，刘牢之抵达枋头。这时征东参军徐义和宦官孟丰向苻丕告密，于是杨膺和姜让的计谋泄露了。苻丕把他俩都杀了。刘牢之听说后，以为苻丕内部自相残杀，便盘桓着不想前进。
不久，刘牢之在孙就栅进攻后燕黎阳太守刘抚。慕容垂把他儿子慕容农留下负责对邺城的包围，自己带兵来救。苻丕听说后，出兵乘虚夜袭后燕军营，但被慕容农打败。刘牢之和慕容垂交战，不能取胜，只好退到黎阳。慕容垂便又回到邺城。
夏四月，刘牢之进兵来到邺城。慕容垂战败，只好撤围退到新城。不久，慕容垂又从新城北逃。刘牢之没告诉苻丕，自己就带兵追赶慕容垂。苻丕听说后，也发兵跟进。不久，刘牢之在董唐渊追上慕容垂。慕容垂说：“秦晋的联合，就像瓦片一样，互相依赖可能蛮强的。但一旦战胜，他们会一道骄豪；一旦失败，则会一道溃散，不会同心协力的。如今他们两军前后相继，势力还没有合并一道，我们应当趁机猛攻。”刘牢之的部队急行军二百里，到了五桥泽。他们看到燕军的辎重，便开始争相抢夺，队伍一下乱了。慕容垂趁机回击，大破晋军，杀了好几千人。刘牢之单骑纵马跳过五丈涧逃走，正好遇上前秦的救兵来到，才得免一死。
邺中饥荒严重，苻丕便率领他的部众到枋头去食用晋军的军粮。刘牢之进驻邺城，收集逃散的将士，部队稍微得到恢复。然而因为五桥泽的失败，被朝廷征召回去。
同时，会稽王司马道子在朝廷喜欢专权，又受到奸谄小人的挑拨，便和太保谢安有了矛盾。谢安想回避他，正好这时苻坚来求救，谢安便请求亲自带兵去救。不久，谢安出镇广陵的步丘，在那里修筑一座叫新城的壁垒，然后住在那里避免和司马道子发生冲突。晋孝武帝则到西池去祭祀路神，一路上祝酒赋诗，其乐无穷。谢安虽然遭到排挤，然而他东山再起的愿望始终不渝，经常溢于言表。谢安出镇新城时，总是带着一家人出行，还预备了出海的行装，打算大体制定了出征计划后，再经过江道回到京城。然而在这些盘算实现之前，谢安却得了重病。
五月，东晋蜀郡太守任权攻拔成都，杀了前秦益州刺史李丕，因此收复了益州。
闰五月，朝廷任命广州刺史罗友为益州刺史，出镇成都。
七月，太保谢安一病不起，便上疏请求朝廷酌情允许他班师，并召儿子征虏将军谢琰解甲回家，同时命令龙骧将军朱序进据洛阳，命令前锋都督谢玄进驻彭沛一带，并将都督大任委托给他。谢安还说，如果秦燕二贼还继续苟延残喘，他将等待来年河水高涨时，东西齐举，水陆并进。谢安并请求回京。孝武帝下诏派侍中前去慰劳，并允许他回到京都。八月；谢安回到建康。听到自己乘坐的车舆进入西州门时，他觉得自己原本的志向未能实现，深感慨然若失，因而怅然地跟自己的亲信们说：“当年桓温在时，我经常害怕有一天被他杀害。方才忽然梦见乘坐桓温的车舆行走了十六里，见到一只白鸡后才停了下来。乘坐桓温的车舆，意味着取代他的位置。而十六里，正是我取代他至今的十六年。白鸡主酉，而今年是乙酉。看来我的病是不行了！”便上疏请求逊位。孝武帝下诏派侍中和尚书晓喻圣旨。先前，谢安从石头出发时，一座金鼓忽然破了。他说话很少失误，而那时却忽然说误了什么。所以大家都感到十分怪异。
九月底，东晋大赦。两天后，建昌文靖公谢安去世，终年六十六岁。朝廷下诏加给他特殊的礼仪，安葬仪式的规模和大司马桓温一样。谢安喜好音乐，然而自从弟弟谢万死后，十年都不听音乐了。待到谢安开始掌权之后，即使在服丧期间也不废除音乐。谢安又在土山上营造别墅，楼馆竹林，十分豪华，经常带着朝廷内外的子侄到这里聚会游玩，为了美味佳肴也经常花费上百金子，世人因此也多少有点批评，然而谢安毫不在意。谢安经常怀疑是否能够完全信任地让刘牢之独当一面，也知道王味之不能胜任地方大员。后来刘牢之最终因为叛乱而死，而王味之也因为贪腐而失败，所以有见识的人都佩服他的知人善任。
不久，朝廷任命司徒琅邪王司马道子为扬州刺史、负责尚书事务和朝廷内外的军事，任命尚书令谢石为卫将军。自此，东晋政权的谢安时代终结了，这一真空将很快被另一个崛起的权臣取代。
要想知道晋孝武帝以后的情况和这位权臣是谁，请看下篇文章。
