公元393年六月，壬子，孝武帝追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。大臣们认为宣太后应该配食晋元帝，太子前率徐邈说：“宣太后平常的时候，并不受宠于先帝。至于子孙，怎能随便为祖上立配！”国学明教东莞人臧焘说：“如今既然明确了尊号，那么就申明了无限的情思。如果再建一所寝庙，那么就更彰明了严父的大义。再加上系子（死后追赠皇后名号）的称呼，那么就既明朗又高贵。这样一举而达到三义，不是很好吗？”朝廷于是在太庙路西为郑太后修建了一座寝庙。
公元394年八月，西燕君主慕容永被后燕君主慕容垂的军队围困，情况紧急，便派儿子常山公慕容弘等人向东晋雍州刺史郗恢求救，并献上玉玺一枚。郗恢上奏说：“慕容垂如果吞并慕容永，他的为患会更为加深。不如想办法让两方同时生存，以后可以趁机双毙他们。”晋孝武帝觉得有理，便下诏给青兖二州刺史王恭和豫州刺史庾楷，让他们派兵相救。庾楷是已故中书令庾亮的孙子，会稽内史庾羲的小儿子。他最初拜侍中，后来取代兄长庾准成为西中郎将兼豫州刺史、假节，出镇历阳。
慕容永担心东晋不肯出兵，又让太子慕容亮作为人质派到东晋去，但在路上被后燕军队在高都俘获。慕容永又向北魏告急。但在东晋和北魏救兵来到之前，后燕就消灭了西燕。九月，慕容垂从长子抵达邺城，然后东巡阳平和平原，命令辽西王慕容农渡过黄河，和安南将军尹国入侵东晋的青兖二州。慕容农进攻廪丘，尹国进攻阳城，先后都将它们攻拔了。东晋东平太守韦简战死，高平、太山、琅邪等郡守都弃城逃跑。慕容农接着进军临海，在那一带普遍安置地方守宰。
同时，晋孝武帝尊皇太妃李氏为皇太后，让她居住在崇训宫。
公元395年二月，东晋尚书令陆纳去世。三月初一，有日食。同时，皇太子出就东宫，朝廷任命丹杨尹王雅为少傅。
当时会稽王司马道子专权奢纵，他宠幸的嬖人赵牙本来是个歌舞杂技的艺人，茹千秋本来是钱唐县的一个捕贼小吏，都因为很会拍马屁和贿赂受到宠幸。司马道子任命赵牙为魏郡太守，任命茹千秋为骠骑咨议参军。赵牙为司马道子修建东府别墅，修筑假山穿凿水池，花了好几万金钱。孝武帝曾经临幸他的别墅，跟司马道子说：“府内有山，很不错。然而修饰得太过分。”司马道子无言以对。孝武帝离去后，司马道子跟赵牙说：“圣上如果知道山是人工制作的，你必死无疑！”赵牙说：“明公在，我怎么敢死！”便更加变本加厉地营作别墅。茹千秋利用职权卖官，聚敛了几亿钱财。博平县令吴兴人闻人奭上疏揭发他们，孝武帝于是日益嫌恶司马道子，然而碍于太后，不忍心废黜他，便提拔当时的名望以及自己所亲信的大臣，诸如王恭、郗恢、殷仲堪、王珣、王雅等人，让他们身居朝廷内外要任，以防备司马道子。司马道子也启用王国宝及其堂弟琅邪内史王绪，作为心腹。于是朝廷两派结党营私，再没有以前那种互相友爱的气氛。太后多次试图和解他们。中书侍郎徐邈从容地跟孝武帝说：“汉文帝是位明主，还因为淮南王（汉文帝弟弟）的事件后悔；世祖（晋武帝）是位明达的帝王，也觉得愧对齐王（晋武帝弟弟）。兄弟之间，实在应当非常谨慎。会稽王虽有酗酒放纵的毛病，但也应当加以宽容，消除化解大家的议论，对外是为了国家的利益，对内则是为了安慰太后的心情。”孝武帝采纳了他的建言，重新像以前一样对待司马道子。
公元396年五月，东晋任命散骑常侍彭城人刘该为徐州刺史，出镇鄄城。不久，又任命谢安的儿子望蔡公谢琰为尚书左仆射。七月，孝武帝纳已故中书令王献之的女儿为太子妃。王献之是王羲之的儿子。
晋孝武帝嗜酒如命，总是呆在内殿。他酒醒的时间很少，所以外人罕得进见。张贵人在后宫中最为得宠，后宫嫔妃都害怕她。九月，孝武帝在后宫举行宴会，乐妓都来侍奉。当时张贵人年近三十，孝武帝跟她开玩笑说：“以你这年纪也应当被废掉了。我喜欢更年轻的。”张贵人心中暗暗发怒。到黄昏时，孝武帝醉了，就睡在清暑殿。张贵人将他身边的宦官全部灌醉后，把他们都遣散了，然后让宫里的婢女用被子蒙住孝武帝的脸，把他弑杀了。张贵人接着用重金贿赂左右随从，说孝武帝“因为梦魇而暴毙”。当时太子弱智无能，会稽王司马道子又昏乱，因此也不追问。王国宝当夜要进入禁门，想入宫假造遗诏。侍中王爽把他拒在门外，说：“皇上崩驾，皇太子还没到，敢随便入宫者斩！”王国宝只好作罢。王爽是王恭的弟弟。
不久，太子司马德宗即皇帝位，成为晋安帝，当即宣布大赦。有司上奏朝廷说：“会稽王司马道子应当进位为太傅、扬州牧，假黄钺。”朝廷下诏，命令所有事情都必须咨询司马道子后才能进行。
晋安帝幼年时弱智，不会说话，冷热饥饱也不能辨认，饮食和起居都不能自理。他母弟琅邪王司马德文，禀性谦恭谨慎，经常侍奉在晋安帝身边，非常周到地照顾他。
当初，王国宝依附会稽王司马道子，骄纵不法，屡次被御史中丞褚粲所纠察。王国宝盖书斋，规模居然比得上清暑殿，让孝武帝感到厌恶。王国宝怕了，便改去讨好孝武帝而疏远了司马道子，孝武帝便又宠幸他。司马道子大怒，曾在内省当面指责王国宝，还用剑向他扔去，旧日的友好关系再不存在了。当时王雅也受到宠幸，还趁机将王珣推荐给孝武帝。孝武帝夜里和王国宝以及王雅喝酒，孝武帝稍微有点喝醉，令人召王珣进宫。王珣快到时，王国宝知道自己的才干要比王珣差得多，担心王珣来后，会把自己的宠幸都抢走，便趁机说：“王珣是当今的名流，陛下不可以酒色和他相见。”孝武帝便作罢了，反而以为王国宝出于忠心。孝武帝还准备娶王国宝的女儿为儿子琅邪王的王妃，但事情还没成时孝武帝就死了。孝武帝死后，王国宝又去讨好司马道子，和堂弟王绪一同成为他的佞臣。司马道子再次被他们迷惑，把他们当作心腹，于是参与朝政，威震朝廷内外，成为当时弊政的问题所在。
王恭每次入朝，总要正色直言，司马道子非常害怕他。王恭下朝时，叹道：“屋椽栋梁虽新，却已经有了国家残破的感叹！”王绪劝说王国宝，要他趁王恭入朝的机会，劝会稽王伏兵把他杀了，但王国宝不肯。司马道子想和解朝廷内外，便安排自己的心腹在王恭的身边，希望消除他对自己的敌意。但王恭每次谈及时政，总是严肃而且声色俱厉。司马道子知道自己和王恭无法妥协，便有对他下手的打算。
有人劝王恭趁机入朝带兵诛杀王国宝。王恭因为豫州刺史庾楷的军队很强大，而他又和王国宝朋党，有点担心，所以不敢这么做。王珣跟王恭说：“王国宝虽然终究将成为祸乱，但毕竟罪逆尚未彰明。现在如果匆忙起事，必定会让朝廷内外大失所望。何况拥有强兵却用在京师，谁说不是叛逆！王国宝如果终不改悔，恶布天下，然后才顺着众人的心意将他除掉，那样不是更好吗？”王恭便作罢了。王恭后来又跟王珣说：“近来觉得使君越来越像胡广了。”胡广是东汉的权臣，为人圆滑，四面玲珑。王珣答道：“王陵廷上抗争，而陈平慎重沉默，只问年景如何这样无关紧要的话！”言外之意就是叶可以用平和的手段达到目的。
冬十月，东晋将孝武帝安葬在隆平陵。王恭准备回到藩镇京口，临行时跟司马道子说：“主上暗弱，就靠大王了。又是至亲又是宰辅的重任，即使对伊尹和周公都是难事。希望大王亲理万机，采纳直言。放弃那些低俗的音乐，远离那些奸佞的小人。”王国宝等人愈发感到恐惧。
公元397年正月初一，晋安帝加元服亲政，改元，任命左仆射王珣为尚书令；任命领军将军王国宝为左仆射，加后将军、丹杨尹。会稽王司马道子将东宫的兵马全部配给王国宝，让他统领。
三月十七，晋安帝尊皇太后李氏为太皇太后。三月二十一，立皇后王氏。
仆射王国宝和建威将军王绪依附会稽王司马道子，收受贿赂，穷奢极侈，无视纲纪。他们还厌恶王恭和殷仲堪，劝司马道子裁减他们的兵权，闹得朝廷内外惶惶不安。四月，王恭等人各自动员军队，上表请求北伐。司马道子怀疑他们的用心，便下诏借口说，现在正值盛夏，用兵会妨碍农事，让他们全部解严。
王恭派使者去和殷仲堪商量讨伐王国宝等人的事宜。桓玄因为长期不得志，想借殷仲堪的兵势趁机作乱，便劝说殷仲堪道：“王国宝和使君等人历来作对，生恐不能马上除掉你们。如今他们既然执掌大权，和王绪狼狈为奸。他们要干的事，没有不如意的。孝伯（王恭字）身为国舅，他们必不敢相害。使君是先帝亲手提拔的，超常地被授予方镇重任。人们都认为使君虽然颇有才华，但却并没有方面大员的才干。他们如果发诏书内征使君为中书令，用殷觊为荆州刺史，使君将如何处置？”殷仲堪道：“我已经担忧这事很久了，该怎么办呢？”桓玄说：“王国宝的奸逆，天下人都知道。孝伯嫉恶如仇，每次入朝都会挺身仗言。这次的朝会，以理推断，必定也很得罪了他们。使君如果秘密派遣一人，写信去说服王恭，让他发动晋阳（即王恭的兵马，并非山西 晋阳）的部队，和使君东西一齐起兵，这样就可以清除君主身边的恶人，进而匡护朝廷。我虽然不肖，但愿意率领荆楚一带的豪杰，手执兵器作为先驱，顺流而下，推王恭为盟主。我们大家也都挥袖而起，这里的民众全都会响应。如果这事成功了，将是齐桓公晋文公那样的壮举。”
殷仲堪觉得很有道理，便外结雍州荆史郗恢，内结堂兄南蛮校尉殷觊和南郡相陈留人江绩，请他们到府上共同谋划。但殷觊不同意，说：“作为臣下，我们应当各守本职。朝廷的是非，岂是我们藩镇大臣可以插手的！晋阳的事，我不敢卷入。”殷仲堪再三要求，殷觊怒道：“我进不敢苟同，退不敢称异。”江绩也一再说这事不能做，和殷仲堪争吵得很凶。殷觊担心江绩惹上祸事，便在座上和解他们。江绩说：“大丈夫何至于以死相威胁？我江仲元已经六十岁了，只是没有死得其所而已！”殷仲堪害怕他的坚正，便以杨佺期取代他。
当年杨佺期从湖城进入潼关，累战皆捷，斩获数以千计，投降他的多达九百余家。回到洛阳之后，朝廷进号他为龙骧将军。杨佺期后来因病，改为新野太守，领建威司马。不久后升迁为唐邑太守，负责石头城的军事。殷仲堪起用他时，杨佺期正因病离职。杨佺期成为殷仲堪的司马兼南郡相后，他的堂弟杨孜敬也跟随了他。杨孜敬为人剽悍勇锐，敢于行事。他便和杨佺期一道劝殷仲堪杀了殷觊，但殷仲堪不肯。杨孜敬拔刀而起，打算自己出去取了殷觊的性命，被殷仲堪苦苦拦住。
朝廷听说之后，便内征江绩为御史中丞。殷觊于是称病辞职。殷仲堪前往探省他，跟殷觊说：“兄长的病实在叫人忧虑。”殷觊说：“我的病不过身死，你的病可是要灭门的。你应当深深自爱，不用挂念我！”郗恢也不肯听从殷仲堪的建议。殷仲堪犹疑未决，刚好王恭的使者带着王恭的信件前来。殷仲堪答应了王恭的要求，王恭非常高兴。
四月初七，王恭上表罗列王国宝的罪状，举兵讨伐他。王恭的抗表说：“后将军王国宝以姻戚的关系，常常位居要职，却不能感恩效力，以报皇恩，反而专门依仗宠幸，放肆发威，危及社稷。先帝升天，他居然当夜窜犯宫门，打算假造遗诏。幸赖皇太后的英明，相国大王的神武，因此他叛逆阴谋未能实现。王国宝又占据东宫的禁兵作为自己的府卫，敌视自己的两位兄长甚于仇敌。他和堂弟王绪狼狈为奸，互相煽动。他的不忠不义昭然天下。他知道臣的忠诚，为了国家不惜献身，所以到处大讲臣的坏话。幸赖先帝的明鉴，王国宝的阴谋无法得逞。当年赵鞅起兵，诛杀君主身边的恶人。臣虽然迟钝拙劣，但却怎敢忘了这一大义！”
当初，孝武帝非常信任王珣，但当孝武帝暴亡时，来不及下遗诏让他接受顾命。王珣因而失势，只能保持沉默而已。四月十一，王恭的抗表抵达京师，朝廷震动，急忙对外戒严。司马道子请教王珣道：“两个藩镇起兵作逆，爱卿预先知道吗？”王珣说：“朝政的得失，我从不干预，王、殷作难，我又何从得知！”
王国宝惶恐惊惧，不知所为，只派了几百人去保卫竹里。夜里遇到风雨，这些人都各自散走回家了。王绪劝说王国宝假造相王司马道子的命令去把王珣和车胤召进宫杀了，以除去当时的名望，然后趁机挟持晋安帝和司马道子，发兵去讨伐两个藩镇。王国宝答应了。王珣和车胤来到后，王国宝不敢加害他们，反而向王珣询问对付的办法。王珣说：“王、殷二人和你并没有深仇大恨，所争的不过是势利之间的事情而已。”王国宝说；“他们会不会像对待曹爽那样对我？”王珣说：“这是什么话！你哪里有曹爽的罪过，王孝伯又岂是宣帝（司马懿）那样了不起的人物？”王国宝又征求车胤的意见。车胤说：“当年桓公（桓温）包围寿阳时，花了很长时间才攻了下来。如今朝廷如果派军队去讨伐他们，王恭必然坚守城池。如果京口尚未攻拔，而上游殷仲堪的大军突然来到，使君将怎么对付？”王国宝越来越害怕，便上疏请求解职，并前往宫廷待罪。但他很快又后悔了，便伪造诏书恢复他的官职。
司马道子既没有把握，又十分懦弱，一心想姑息容忍，便把所有罪过都推到王国宝身上，然后派遣骠骑咨议参军谯王司马尚之将王国宝逮捕交付廷尉。司马尚之是司马恬的儿子。四月十八，朝廷赐王国宝死，将王绪在东市处斩。司马道子接着派遣使者去见王恭，为自己的过失深为道歉。王恭于是罢兵回到京口。
王国宝贪污腐败，放纵聚敛。他的后房伎妾数以百计，天下的珍玩充满了他的房间。王国宝的兄长侍中王恺和骠骑司马王愉一道请求解职。司马道子因为王恺和王愉与王国宝是异母兄弟，平时关系也不好，便放了他们而不问罪。四月二十二，宣布大赦。
殷仲堪虽然答应了王恭，却还犹豫不敢起兵。听说王国宝等人死了之后，他才开始抗表起兵，派杨佺期进驻巴陵。司马道子写信请他退兵，殷仲堪于是取消了进军的计划。
要想知道王恭和殷仲堪以后的情况，请看下篇文章。
