（笔者注:这是五胡乱华大系列的最后一个系列，从故事性角度应当紧接“桓玄篡位”系列，因为它们的大事都集中在江南的东晋。南宋著名词人辛弃疾有首永遇乐词叫京口北固亭怀古，描述了刘裕的故事。词的前半阙是这样的：“千古江山，英雄无觅，孙仲谋处。舞榭歌台，风流总被，雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。”这里的寄奴就是南北朝南朝宋武帝刘裕的小名。京口即今天的扬州，东晋时的重要城镇，也称北府。取得肥水之战大捷的东晋名将谢玄在这里打造训练了一支所向无敌的精兵，称作北府兵，而刘裕可以算是北府兵中最勇敢善战的将领。同时他也是在这里长大的。在古今多次北伐战争中，刘裕的北伐是最了不起的一次。他的金戈铁马，所向披靡，先后征服了山东的南燕和西北的后秦。他是史书上唯一记载过的一位力敌千人的猛将，也是极少数武功盖世的开国皇帝。所以用金戈铁马来命名他的故事是很恰当的。）
公元405年三月十三，在桓玄篡位之乱基本平定之后，晋安帝从江陵抵达建康。次日，百官前往宫阙请罪。晋安帝下诏让他们全部复职。
尚书殷仲文因为朝廷的音乐尚未备齐，便请太尉刘裕下令备齐音乐。刘裕说：“现在没时间整这东西。而且我生性对音乐也不理解。”殷仲文说：“如果喜好则自然会理解。”刘裕说：“正因为你理解了才喜欢。所以我一点不懂。”
三月十九，东晋任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保。同时任命刘裕为侍中、车骑将军、负责朝廷内外的军事，徐、青二州刺史不变；刘毅为左将军；何无忌为右将军、负责豫州和扬州五郡军事兼豫州刺史；刘道规为辅国将军、负责淮北军事兼并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史。刘裕坚决辞让不肯接受。朝廷又给他加负责尚书事务，他又不接受，反而屡次请求回归藩镇。朝廷下诏让百官敦劝，晋安帝还亲临他的府第劝他。刘裕惶恐惊惧，便再次前往宫阙陈诉请求，朝廷这才同意他回归藩镇。朝廷接着任命魏咏之为荆州刺史，代替司马休之。
当初，刘毅曾担任刘敬宣的宁朔参军。当时有不少人把刘毅当作英雄豪杰，十分赞许他。刘敬宣却说：“非常的人才会自然出现，哪里能随便称这人或那人为人杰！这位先生的秉性，外示宽仁而内心猜忌，喜欢自我夸耀还看不起人。如果一旦飞黄腾达，也可能会欺陵上头而自取灾祸。”刘毅听说后怀恨在心。当刘敬宣成为江州刺史时，他推辞说自己没什么大功，不应当受任在刘毅等人的前面，但刘裕不答应。刘毅让人跟刘裕说：“刘敬宣不胜任对他的任命。勇猛的将领和辛劳的大臣，正须要被叙用报备。像刘敬宣之流，应当放在后头考虑。如果使君忘不了他先前的好处，正可以封他为员外常侍这样的闲职。听说已被授为郡守，我觉得实在太过优越了。不久竟然又被提升为江州刺史，太让人惊骇了。”刘敬宣听说后，愈益心不自安，便上表请求解除职务。朝廷便将他召回，改为宣城内史。
夏四月，刘裕匆匆地回到镇所京口。朝廷改授他负责荆、司等十六州的军事，加领兖州刺史。
四月，孙恩余党卢循派使者上朝贡献。去年九月，卢循入寇南海，进攻番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守了一百多天。冬十月，卢循夜袭城池，攻陷了番禺。他然后烧了府舍和民房，城里一片废墟。他还活捉了吴隐之。卢循于是自称平南将军，摄理广州的政事。他又将所有死人的骨头放在一块烧了，堆在一起埋葬在洲，收集了髑髅三万多枚。卢循接着派徐道覆进攻始兴，活捉了始兴相阮腆之。
那时朝廷刚刚安定，没有闲暇征讨卢循。四月二十二，朝廷只好暂时任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循送益智粽（用益智叶包的）给刘裕，刘裕则回送他续命汤。卢循请前琅邪内史王诞担任平南长史。王诞劝说卢循道：“我本来就不是戎伍出身，在这里没有用处。我历来深受刘镇军的器重，如果得以北归，必然会受到重用。这样在公私之间，我一定找机会报答将军的厚恩。”卢循觉得很有道理。刘裕写信给卢循，让他将吴隐之送回朝廷，但卢循不肯。王诞又劝说卢循道：“将军今天留下吴公，于公于私都不是办法。孙伯符（孙策）难道不想留住华子鱼（华歆）吗？只是因为一个地方不容许有两个君主而已。”于是卢循让吴隐之和王诞一块回建康。
五月，东晋桂阳太守章武王司马秀和益州刺史司马轨之谋反，事情败露后被杀。司马秀的妻子是桓振的妹妹，所以司马秀自己疑心而造反。桓玄的余党桓亮和苻宏等人拥众在十来个郡县作乱，结果被刘毅、刘道规、檀祗等人分兵消灭了。于是荆、汀、江、豫四州全部平定。朝廷下诏因功任命刘毅为抚军将军。
当时刁预等人作乱，驻扎在湘中。刘毅派部将分别前去讨伐i，先后把他们都消灭了。到这时，桓玄之乱算是全面平定。
当初，刘毅丁忧（因父母亲去世回家守丧）在家。当刘裕举起义旗时，他带着守孝的麻绳跟着起事。到这时，战争基本结束，刘毅便上表回到京口，继续服丧。朝廷不许，下诏任命刘毅为负责扬州的淮南、历阳、庐江、安丰、堂邑等五郡军事、豫州刺史，持节、将军，同时保留常侍的职位。但刘毅原来兖州刺史府上的文武官员则留在任上。朝廷也封何无忌为负责江东五郡军事的会稽内史。
同时，北青州刺史刘该反叛，引来北魏军队作为援助。清河和阳平的二郡太守孙全聚众响应。六月，北魏豫州刺史索度真和大将斛斯兰入寇徐州，包围了彭城。刘裕派他弟弟南彭城内史刘道怜和东海太守孟龙符带兵去救。东晋军队打败并杀了刘该和孙全，北魏军队也败走了。孟龙符是孟怀玉的弟弟。
七月，刘裕派大参军衡凯之去拜诣后秦的司隶姚显，请求两国通和。姚显派他的谋士冯翊人吉默回报，从此两国经常互通来使。刘裕同时还要求后秦归还南乡等郡县，后秦君主姚兴答应了。后秦大臣都认为不应该答应，姚兴说：“天下的好事是一样的。刘裕出身贫微，却能够成功地讨诛桓玄，兴复晋室。他内理庶政，外修封疆，政绩斐然。我何必为了几个郡县，不成人之美呢！”于是割让了南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡回归东晋。
九月，魏咏之去世。魏咏之字长道，是任城人。他家世贫寒，亲自从事农耕，而且好学不倦。他生来嘴上就有兔缺。有善相的人跟他说：“先生将来会富贵。”他十八岁那年，听说荆州刺史殷仲堪帐下有名医能治疗兔缺，但因为家贫没钱治理行装，便跟家人说：“我残缺丑陋到如此地步，活着还有什么意思！”于是自己带上几斛米西上，去找殷仲堪。到了荆州后，他登门自报姓名。殷仲堪和他交谈，被他的决心感动，便把医生叫来看他。医生说：“可以割开再补回去。但必须一百天里只能喝稀粥，也不能说话谈笑。”魏咏之说：“即使半生都不说话，不是还有半生可以说话吗？就那样我也要治疗，何况只需一百天！”殷仲堪于是腾出一个房间让他住，叫医生好好帮他治疗。魏咏之于是闭口不说话，只吃稀粥。义熙元年（405），魏咏之提升为征虏将军、荆州刺史、持节、都督六州，领南蛮校尉。魏咏之当初只是平民时，不以贫贱为耻。后来身居显位后，他也不以富贵骄傲。他开始时是殷仲堪的门客，没几年后竟然身居其位，被当时人们称许。
江陵县令罗修趁荆州刺史魏咏之去世，阴谋举兵袭击江陵，奉王绥的侄儿王慧龙为主。刘裕任命并州刺史刘道规为负责荆、宁等六州军事的荆州刺史。罗修阴谋没有得逞，只好带着王慧龙投奔后秦。
公元406年正月，益州刺史司马荣期在白帝攻打并击败谯明子。
桓玄叛乱时，河间王司马昙的儿子司马国璠和司马叔璠投奔南燕。二月，司马国璠等人攻陷弋阳。
八月，刘裕听说谯纵在蜀地反叛，便派龙骧将军毛修之带兵与司马荣期、文处茂、时延祖共同前往讨伐。毛修之抵达宕渠时，司马荣期被他自己的参军杨承祖所杀。杨承祖自称巴州刺史，毛修之只好退回到白帝。
十月，东晋尚书为平定桓玄的功臣论功行赏，上奏封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安城郡公，其他功臣的封赏也各有差别。
这时，梁州刺史刘稚反叛，刘毅派部将去讨伐并生擒了他。当初，桓玄在南州修建一所书斋，在里头画满了盘龙，把它称为盘龙斋。刘毅小字盘龙。到这时，他便得到这书斋，搬进去居住了。
不久，东晋任命左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，又任命何无忌为负责荆、江、豫三州八郡军事的江州刺史。
这年，桓石绥与司马国璠、陈袭聚众在胡桃山为寇。刘毅派他的司马刘怀肃讨伐并打败了他们。桓石绥是桓玄的江州刺史桓石生的弟弟。
公元407年二月十五，刘裕前往建康，坚决辞去朝廷新任命的官职，还威胁说自己因为抗命将前往廷尉待罪。朝廷无奈，只好下诏依从他的请求。刘裕于是回到他的镇所丹徒。
殷仲文历来既有才具又有名望，自以为应当执掌朝政，所以一直郁郁不得志。朝廷外派他为东阳太守，他更加不乐意。何无忌一贯仰慕他的名气，而东阳又是何无忌管辖的地方。殷仲文许诺顺道会去谒见，何无忌非常高兴并期望着这次的会面。然而殷仲文这期间精神恍惚，经过那里居然忘了去州府。何无忌以为他故意菲薄自己，非常生气。恰好这时南燕入寇，何无忌便跟刘裕说：“桓胤和殷仲文才是我们的心腹之患。北虏倒不足担忧。”闰月，刘裕的府将骆冰阴谋作乱。事情败露后，刘裕杀了他。何无忌趁机进言说，骆冰与殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖暗相连结，阴谋立桓宣的孙子桓胤为主。于是这些人全部遭到夷族。
七月，汝南王司马遵之犯罪被处死。司马遵之是司马亮的五世孙辈。
同时，龙骧将军毛修之和汉嘉太守冯迁合兵攻击杨承祖，把他杀了。毛修之打算进讨谯纵，但益州刺史鲍陋总觉得不行。毛修之上表说：“一个人之所以再生，实在有他再生的理由。臣的情况，陛下知道，是没有再活在世上的理由了（毛修之一家都被谯纵手下杀害）。臣之所以还活着的原因，就是希望仰凭天威诛夷仇人。如今多次有很好的机会，而鲍陋每次都误期不肯前来。臣虽然愿意战死在贼寇那里，但救援不来，我们又怎能成功！”刘裕于是上表让襄城太守刘敬宣率领部众五千伐蜀，任命刘道规为征蜀都督。九月，谯纵向后秦称藩。
十二月二十三，扬州刺史武冈文恭侯王谧去世。这年，西凉公李暠再次派沙门法泉走小路奉表前来建康。
公元408年正月初十，东晋任命琅邪王司马德文为司徒。
刘毅等人不想让刘裕入朝辅政，便提议以中领军谢混为扬州刺史。有人则想让刘裕在丹徒领扬州刺史，把朝廷内的事交付孟昶。朝廷派尚书右丞皮沈带着这两道建议去咨询刘裕。皮沈先去见刘裕的记室录事参军刘穆之，详细告诉他朝廷的建议。刘穆之假装上厕所，暗地里去跟刘裕说：“皮沈的话明公不能答应。”刘裕见了皮沈后，暂且请他到外面去，然后叫刘穆之进来商量。刘穆之说：“晋朝失政日久，天命已经更移。明公兴复皇运，功高位重。今天的形势，明公岂能过于谦恭，只当个守藩的将领！刘毅和孟昶等诸位公卿，和明公都是平民出身，你们共同建立大义以取富贵。因为起事有前有后，所以他们以一时的原因推举明公，其实并非对明公心悦诚服，甘心确定臣下和主人的关系。如果今后你们势均力敌，终将互相吞噬。扬州是根本的关键所在，不可以让给别人。先前将它授予王谧，只是权益之计。今天如果再将它授予他人，今后便将受制于人。一旦失去权柄，就没有理由重新得到。将来的危险，将很难预料。现在的朝议既然如此，明公就应当想好了再答复。我们如一定要得到扬州，措辞又有点为难。我看可以这么说：‘治理神州的关键，是选择恰当的辅佐宰相。这事既然如此重大，那就不是通过信件来往能说的清楚。我准备暂时入朝，共同商讨，求同存异。’明公到了京邑后，对方必然不敢越过明公而将扬州授给他人。这点是很明确的。”刘裕听从了他的建议。朝廷听了刘裕的回音后，明了了他的意图，便内征刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、负责尚书事务，徐兖二州刺史不变。刘裕上表请求解除兖州，任命诸葛长民为青州刺史，出镇丹徒；任命刘道怜为并州刺史，出镇石头（因为青州和并州都在外族统治之下，所以基本是虚职）。
正月二十六，武陵忠敬王司马遵去世。夏四月，尚书左仆射孔安国去世。五月初二，以吏部尚书孟昶取代他。
谯纵派使者向后秦称藩后，又和卢循暗通。谯纵上表向后秦要桓谦，想和他共同出击刘裕。后秦王姚兴征求桓谦的意见，桓谦说：“臣世世代代，在荆楚一带广著恩惠。堂弟桓玄末年虽然篡位，却是被逼迫的，民众和神祗都可以见证。现在臣和焦纵顺流东下，如果得到巴蜀的资源，士大夫和民众必然都会欣然响应。”姚兴说：“小池塘里容不下大鱼。如果谯纵自己的才力足够办事，也不会借助使君以为羽翼。使君这次出去应当小心，自求多福。”便让他去了。桓谦来到成都，虚怀若谷，招引了很多士人。谯纵对他起了疑心，于是将他安置在龙格，派人看守他。桓谦哭着跟弟弟们说：“姚主的话真神了！”
司马叔璠从蕃城入寇邹山，东晋鲁郡太守徐邵弃城逃走。车骑长史刘钟把司马叔璠击退。
刘敬宣伐蜀进入三峡之后，派巴东太守温祚带着二千人兵出外水，自己带领益州刺史鲍陋、辅国将军文处茂、龙骧将军时延祖从垫江转战而前。谯纵求救于后秦，后秦王姚兴派平西将军姚赏和南梁州刺史王敏带兵二万前去相救。刘敬宣的大军来到黄虎，离成都五百里。谯纵的辅国将军谯道福率领他的所有部众据险抵御，和晋军相持了六十多天，刘敬宣无法前进。最后晋军粮食耗尽，军中又发生疾疫，死了大半。刘敬宣只好带兵退回。刘敬宣因此被免官，削去封邑的三分之一。荆州刺史刘道规作为伐蜀都督也因此被降号为建威将军。九月，刘裕因为刘敬宣的失利，自己请求逊位。朝廷下诏降他为中军将军，开府不变。刘毅想用更严重的军法处置刘敬宣，但刘裕保护了他。何无忌跟刘毅说：“为何因为自己的私怨损害公家的大事！”刘毅这才作罢。
东晋讨伐谯纵失败后，后秦王姚兴派遣使者册封谯纵为大都督、相国、蜀王，加九锡，承制封拜，都像一个王者一样。
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