公元396年八月底，拓跋珪大举伐燕，并很快攻占并州以及除了后燕都城中山，邺城，和信都以外的大部分地盘。
公元397年春正月，守卫邺城的慕容德向后秦求救，后秦不肯出兵，于是邺中人心惶惶。贺赖卢自以为是拓跋珪的舅舅，便不肯接受拓跋仪的节度，因此和拓跋仪有矛盾。拓跋仪的司马丁建暗中和慕容德通款，于是趁机更加挑拨离间他们，同时还将这情报用箭射进城里。几天后，有大风阴霾，白天也一片昏暗。贺赖卢军营着火，丁建便跟拓跋仪说：“贺赖卢烧了军营，看来要反叛了。”拓跋仪信以为真，便带兵退走。贺赖卢听说后，也跟着退兵。丁建于是带领他的部众前往投降慕容德，并且声言拓跋仪的部队已经疲惫不堪，是攻击他们的时候了。慕容德便派桂阳王慕容镇和南安王慕容青率领七千骑兵追击并大破魏军。
同时慕容宝也派左卫将军慕舆腾进攻博陵，杀了北魏安置的地方官吏。
王建等将领攻打信都，六十天了都打不下来，士兵伤亡的很多。不久，拓跋珪亲自率军进攻信都。第三天夜里，后燕守将宜都王慕容凤爬出城逃到中山去了。次日，信都就投降了北魏。
慕容宝听说拓跋珪攻打信都，便进驻深泽，派慕容麟进攻杨城，杀了守兵三百人。慕容宝拿出宫里的珍宝以及宫女用来招募周围郡县的男丁，君子也好盗贼也好，一同来抗击北魏。
二月初一，拓跋珪回到杨城。没根兄长的儿子丑提时任并州监军，听说他叔父降燕，害怕受到牵连，便率领自己的部众回国作乱。拓跋珪于是打算北归，便派他的相国涉延向后燕求和，并且请求送自己的弟弟为人质。慕容宝听说北魏有内难，便不肯答应，反而派冗从仆射兰真前去谴责拓跋珪忘恩负义，同时发动所有的十二万步兵和三万七千骑兵进驻曲阳的柏肆，埋伏在滹沲水北岸准备伏击魏军。初九，魏军来到，在滹沲水南岸扎营。慕容宝暗中率军夜渡，招募了一万多名勇士偷袭魏营，慕容宝在魏营的北面布阵为之声援。这些勇士乘风纵火，急速进击魏军。魏军大乱。拓跋珪从床上惊起，丢弃了军营赤脚逃走。后燕将军乞特真带领一百多人来到他的帐下，获得拓跋珪的衣服靴子。但是这些招募来的士兵无故自惊，互相砍杀射击。拓跋珪在军营外见状大喜，便击鼓召集部众，于是左右随从以及中军将士相继集中过来，让士兵在营外高举火炬，然后骑马向燕军猛冲过去。招募来的燕兵因此大败，逃回到慕容宝的阵容里，慕容宝只好带着他们渡过滹沲水往北退走。次日，魏军重整旗鼓，又浩浩荡荡地到来，和燕军相持，于是燕军士气一落千丈。慕容宝率军往中山退却，魏兵跟踪追击，燕兵屡次战败。慕容宝害怕了，便抛下大军，自己带上二万骑兵奔回中山。那时有大风雪，冻死的将士到处都是。慕容宝怕被魏军追上，便命令士兵全都抛弃战袍兵仗，轻装快跑进城，结果损失了几十万件兵器，后燕的大臣和将士投降北魏以及被北魏俘虏的不计其数。
先前，拓跋珪亲信大臣张衮常跟他称赞后燕秘书监崔逞的才能，拓跋珪这时得到他，非常高兴，当即任命崔逞为尚书，让他负责三十六曹的事务，将政事委托给他。
北魏军士中有人从柏肆逃回，到处扬言说大军已经失败散亡，魏王也不知去向。消息抵达晋阳时，晋阳守将封真因而趁机起兵攻打并州刺史曲阳侯素延。素延打败并杀了他。
北魏南安公拓跋顺守卫云中，也听说了这传言，便打算自摄国事。幢将代人莫题劝道：“这是件大事，明公可不能轻率，应当打听清楚再作决定。不然后祸不浅。”拓跋顺这才作罢。拓跋顺也是拓跋什翼犍的孙子。但贺兰部大人附力眷、纥邻部大人匿物尼、纥奚部大人叱奴根都趁机举兵反叛。拓跋顺讨伐他们，但无法战胜。拓跋珪派安远将军庾岳率领一万骑兵回去讨伐这三个部落，平定了内乱，国人因此得以安宁。拓跋珪想抚慰新来归附的民众，深深后悔两年前参合陂的滥杀无辜，所以觉得素延在平定反叛过程中杀戮过多而将他免职，任命奚牧为并州刺史。可怜的奚牧因为在给后秦王姚兴书信里称“顿首”，以同等地位称呼他，导致姚兴愤怒地将这事转告拓跋珪，拓跋珪居然因此杀了奚牧。
二月十一夜里，后燕尚书郎慕舆密谋弑杀慕容宝，立赵王慕容麟为帝。但阴谋未遂，慕舆斩关出奔北魏。慕容麟因此感到提心吊胆。
北魏长期包围后燕京城中山，城中将士都盼着出战。三月，高阳王慕容隆多次向后燕主慕容宝要求出城决一死战，但慕容麟每次都坚持反对意见，致使慕容隆准备出战了尔后又不得不作罢，前后共有四次。
慕容宝派人向拓跋珪请求，要将他的人质弟弟拓跋觚送回去，然后割让常山以西的所有地盘给北魏以求和。拓跋珪答应了，于是撤了中山之围。但后来慕容宝又追悔。四月初，拓跋珪又回到卢奴（今河北定州），两天后，再次包围中山。后燕将士数千人全都主动请求慕容宝要出城决战，慕容宝终于答应。慕容隆于是披甲上马，率军前往城门待命出发。慕容麟再次固执地劝止慕容宝，大家无不忿恨，但也无计可施，慕容隆只好哭着作罢。
当天夜里，城里发生内乱。慕容宝于是召集慕容隆和慕容农来，商量是否离开中山，退保老家龙城。最后还是决定离开中山。
第二天夜里，慕容宝与太子慕容策、辽西王慕容农、高阳王慕容隆、长乐王慕容盛等一万多人骑马出城去投奔这时已经从龙城来到蓟城的慕容会大军。慕容会是慕容宝的儿子。中山城中没有了主人，百姓惶恐困惑，东门大开。拓跋珪想连夜进城，冠军将军王建一心想劫掠民众财产，便借口说士兵可能会盗窃府库财物，请求等到天亮，拓跋珪这才没马上进城。后燕开封公慕容详没来得及跟上慕容宝，城中军民便立他为主，闭门坚守。拓跋珪率领全部兵马猛攻，但好几天都攻不下来，便派人登上顶上有瞭望楼的巢车，对着城里晓谕道：“慕容宝已经丢弃你们逃走了，你们小百姓凭白自已取死，到底为谁呢？”城上百姓回喊道：“我们小百姓的确无知，但我们怕又变成参合陂的士兵那样，因而只想苟延个把月的性命而已。”当年正是王建劝拓跋珪活埋了在参合陂被俘的后燕官员和将士，所以拓跋珪气得吐口水在他脸上。拓跋珪派中领将军长孙肥和左将军李栗带领三千骑兵去追赶慕容宝，但一直追到范阳都没赶上，最后只是击溃了后燕的新城卫戍后回到中山。
四月，还包围着中山的魏王拓跋珪因为军粮接不上，便命令拓跋仪前往邺城，在巨鹿驻军，在杨城储蓄粮食。保卫中山的开封公慕容详派出六千士兵，趁隙袭击北魏的一些军营，但被拓跋珪打败，阵亡了五千人。拓跋珪生擒了七百人，但把他们都放了。
后燕西可公库傉官骥进入中山，不但没有帮助慕容详，还和他发生内讧，结果被慕容详杀了。慕容详还杀了所有库傉官家族的人，又杀了中山尹苻谟，夷了他的家族。中山城里没有固定的主人，百姓担心魏兵趁机攻入，便互相结盟，人各为战。五月，拓跋珪因为军粮不继，只好罢了中山之围，到河间郡找粮食去，并督促各个郡县征收义租。十天后，拓跋珪任命拓跋仪为骠骑大将军、兖、豫、雍、荆、徐、扬六州牧、左丞相，封卫王，负责朝廷内外军事。慕容详自以为打退了魏兵，威德已经足够，便即皇帝位，改元建始，安置百官。他任命新平公可足浑潭为车骑大将军兼尚书令，把北魏人质拓跋觚杀了想以此巩固人心。
邺城的官员这时也都劝镇守那里的范阳王慕容德自称尊号。适逢有人从龙城过来，知道后燕皇帝慕容宝还在，慕容德也就打消了这一念头。
秋七月，慕容详杀了可足浑潭。慕容详嗜酒奢侈，而且为人虚浮，不体恤军民，刑杀无度，被他杀死的王公以下有五百多人，因此臣下无不离心离德。城中饥荒严重，慕容详不许百姓出城摘野菜野谷，因此饿死的人比比皆是，于是全城百姓都商量着怎样把赵王慕容麟接回城来。慕容详派辅国将军张骧带领五千多人在常山收租，慕容麟从丁零人那里混入张骧的部队，然后偷袭中山，捉住慕容详并把他杀了。慕容麟接着自己称帝，听任百姓四出摘取野谷充饥。军民饱了肚子，便请求出去和魏兵作战。慕容麟不肯，想稍微恢复更多些后再说。拓跋珪驻军在鲁口，派长孙肥率领七千骑兵袭击中山。长孙肥攻破外城，慕容麟进军到泒水，被魏军打败，不得不又回到城里。
八月初一，拓跋珪把军队搬迁到常山的九门。军中发生大规模瘟疫，士兵和牲畜死了很多，将士都期盼回归西土。拓跋珪询问部将们瘟疫的严重程度，他们都答道：“活着的才什之四五。”拓跋珪道：“这是天命，有什么办法？四海之内的百姓，到处都可以是自己的国家，只不过靠朕来驾御而已，所以用不着担心没有了臣民！”大家便不敢多说了。拓跋珪又派抚军大将军略阳公拓跋遵袭击中山，再次打进外城后撤兵回来。
九月，中山饥荒愈益严重，慕容麟只好率领二万多人出城进据新市。九月底甲子那天，拓跋珪进军攻打新市。太史令晁崇劝道：“这日子不吉利。昔日纣王在甲子败亡，所以叫做疾日，兵家忌讳这个日子。”拓跋珪道：“纣在甲子败亡，那么周武王不正好在甲子兴起吗？”晁崇无言以对。十月初二，慕容麟退到泒水。九天后，拓跋珪与慕容麟在义台大战，燕军大败，阵亡了九千多人。慕容麟带着几十随从骑马回城里带上妻儿逃入西山，接着投奔邺城。
十月二十，北魏攻克中山，后燕公卿、尚书、将吏、士卒投降的有二万多人。张骧和李沈等后燕将领起先曾经投降北魏，后来又逃回去。拓跋珪进城后都赦免了他们。拓跋珪还得到了燕的玉玺以及数以万计的图书和府库珍宝，全用来不同程度地奖赏群臣和将士。拓跋珪追谥弟弟拓跋觚为秦愍王，同时发掘慕容详的墓穴，将他的尸体斩首；又收捕了杀害拓跋觚的高霸和程同，将他俩全夷五族，并用大刀将他俩砍剁而死。十月二十三，拓跋珪派三万骑兵增援卫王拓跋仪，准备攻打邺城。
十二月，慕容麟来到邺城，恢复了赵王的封爵。他劝慕容德带兵南渡，占据滑台，集聚兵马，积累谷粮，伺机而动。那时慕容垂弟弟的儿子鲁阳王慕容和镇守滑台，也派遣使者去迎接慕容德，慕容德便答应了。
公元398年春正月，慕容德带领四万户人家，二万七千车辆，从邺城南迁到滑台。拓跋仪于是进入邺城，收取了那里的仓库，然后派兵追赶慕容德，但直追到黄河边也没赶上。慕容德接着在那一带建立了南燕政权。至此，北魏已经占领了后燕原来的大部分地盘，成为函谷关以东最大的割据势力。
正月初七（庚子），魏王拓跋珪自中山南巡来到高邑，得到王永的儿子王宪，很高兴地说：“这是王景略（前秦丞相王猛）的孙子啊！”便任命他为本州中正，负责选拔功曹办事人员，并兼掌门下。他抵达邺城后，安置了行台，任命龙骧将军日南公和跋为尚书，和左丞贾彝率领将吏五千人镇守邺城。
拓跋珪自邺城回到中山后，便打算北归回到云中。他发动一万士卒去修一条直道，从望都凿通恒岭直到原来的代国共五百多里。拓跋珪担心自已离开中原后，太行山以东会发生变故，便再次在中山安置行台，命令卫王拓跋仪镇守。他还任命抚军大将军略阳公拓跋遵为尚书左仆射，镇守勃海的合口。右将军尹国当时正在冀州一带收取谷租，得悉拓跋珪将要回去，便阴谋袭击信都。安南将军长孙嵩捉了尹国，并杀了他。
正月二十八（辛酉），拓跋珪离开中山，同时将山东六州的官吏和民众以及杂夷十多万人迁徙去代地，充实那里的人口。博陵、勃海、章武的群盗趁机大起，但都被略阳公拓跋遵等人平定了。
北魏广川太守贺赖卢，性格豪健，耻于位居冀州刺史王辅之下，便偷袭并杀了王辅，然后驱使强迫守军去劫掠阳平和顿丘诸郡，南渡黄河，跑去投奔南燕。南燕王慕容德任命贺赖卢为并州刺史，封广宁王。
拓跋珪回到繁畤的宫廷后，分给新迁来的民众田地和耕牛。拓跋珪在白登山打猎时，见到母熊带着几只小熊，便跟冠军将军于栗磾说：“爱卿的勇健远近驰名，能搏斗得过这些熊吗？”于栗磾说：“兽贱人贵。如果我真搏斗不过这些熊，岂不白白浪费了一个壮士吗！”便将这些熊驱赶到拓跋珪前面，然后将它们都射杀后猎取了。拓跋珪望着他向之致歉。秀容川酋长尔朱羽健跟从拓跋珪攻打晋阳和中山，立有战功，因而拜散骑常侍。拓跋珪还在他居住地方的周围，割地三百里封赏他。柔然数次入侵北魏边境，尚书中兵郎李先请求出击他们。拓跋珪答允，李先于是大破柔然后凯旋而归。
三月，离石的胡人领袖呼延铁和西河的胡人领袖张崇等人不愿意迁居到代地，便聚众反叛北魏，魏安远将军庾岳平定了他们。
拓跋珪召卫王拓跋仪入朝辅政，改派略阳公拓跋遵代他出镇中山。四月初一（壬戌），拓跋珪任命征虏将军穆崇为太尉，安南将军长孙嵩为司徒。
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