龙朔三年即公元663年春正月，左武卫大将军郑仁泰再次出讨铁勒反叛的残余，把他们全平定了。
正月十一（乙丑，通鉴作乙酉为误），朝廷任命司列太常伯李义府为右相，仍负责选拔官员事务。
二月，朝廷将燕然都护府搬到回纥，改名为瀚海都护，并将原来的瀚海都护搬到云中古城，改名为云中都护。以大沙漠为境，漠北的州府全都隶属瀚海，漠南的则隶属云中。
二月初二（丙戌），朝廷下诏，为了修建蓬莱宫，向陇、雍、同、岐等十五州的民众征收额外税赋。二月初九（癸巳），朝廷添置太子左右谕德以及桂坊大夫等官员，改司经局为桂坊馆，崇贤馆不再隶属左春坊。二月十三（丁酉），朝廷决定减少京官一月的俸禄，用以资助修建蓬莱宫。二月二十六（庚戌），唐高宗李治下诏，觉得虽然对囚犯常有哀怜，但依然担心未免还有冤枉或被滥用刑罚的；所以要求被判处流放和死刑的在京囚犯，每天他将亲自为二十人过堂。于是他亲临审讯他们，原宥了不少人，没有处理完的则让皇太子继续审讯。他还下诏让书学（即学习书法）隶属兰台，算学隶属秘阁，律学隶属详刑寺。这期间，太子李弘撰写的《瑶山玉彩》书成，共五百卷。
三月，许圉师再次被贬为虔州刺史。杨德裔被指控为他的党羽，也被流放到庭州。许圉师的儿子许文思和许自然都被免官。
三月二十二（乙亥），驸马都尉韦正矩因罪被处死。
右相河间郡公李义府负责官吏选拔。他仗恃中宫（即武后）的权势，专门以卖官鬻爵为能事，铨用官员毫无秩序，结果怨声载道。唐高宗听说了不少有关传闻，私下跟李义府说：“爱卿的儿子和女婿很不谨慎，有很多非法行为，还得朕出面为爱卿掩饰。爱卿应当引以为戒！”李义府勃然变色，脖子和脸颊都涨得通红，问道：“谁告诉陛下的？”唐高宗说：“朕说了就算数，何必向我追问从哪里听来的！”李义府毫无引咎自责的意思，慢慢走出宫去。唐高宗为此很不高兴。
风水大师杜元纪觉得李义府居住的府第有一股狱气，劝他花钱二十万串去做法事镶灾。李义府信了他的，便更加不择手段地聚敛财富。李义府当时正为母亲服丧，每月初一和十五朔望日朝廷都给他哭丧的休假。李义府趁机微服和杜元纪出城，到城东登上一座古冢，寻找风水宝地。有人因此告发李义府秘密窥探灾祸，暗中打算图谋不轨。他又派儿子右司议郎李津去召长孙无忌的孙子长孙延，接受了他七百串钱，然后任命长孙延为司津监。右金吾仓曹参军杨行颖也把这事告了。
夏四月初二（乙酉，史书作乙丑，疑有误，四月没乙丑），朝廷将李义府关进监狱，下令让司刑太常伯刘祥道和御史共同立案认真调查，还命令司空李世勣监察，结果证据确凿。四月初五（戊子），唐高宗下诏将李义府除名，流放巂州；将李津除名，流放振州；李义府的其他几个儿子以及女婿也都除名，流放庭州。朝野无不为此称庆。
有人搞了个河间道行军元帅刘祥道大破铜山大贼李义府的露布捷报，在交通要道张贴。李义府经常强取豪夺别人的奴婢。当他垮台后，朝廷让她们全都回家，所以露布捷报上说：“放出来的奴婢乱哄哄的，但各人都认得自家家门，竞相回家。”
四月十二（乙未），朝廷在新罗国设置鸡林大都督府，任命金法敏为大都督。
四月二十三（丙午），蓬莱宫的含元殿建成，唐高宗开始搬到那里居住，并将原来的寝宫改名为西内。四月二十五（戊申），唐高宗开始在紫宸殿听政。
五月三十（壬午），柳州蛮人酋长吴君解反叛。朝廷派冀州长史刘伯英和右武卫将军冯士翙征发岭南兵马前往讨伐。
吐蕃与吐谷浑互相攻打，各派使者上表辩解曲直，并且求援。唐高宗两边都没答应。
吐谷浑的大臣素和贵有罪，逃跑到吐蕃，详细透露了吐谷浑的虚实。吐蕃于是出兵攻击吐谷浑，击溃了他们。吐谷浑可汗曷钵和弘化公主带领数千帐篷弃国逃走，前去依附凉州，请求迁居内地。六月，唐高宗任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独孤卿云和辛文陵等人分别进驻凉、鄯二州，以防备吐蕃。六月二十六（戊申），朝廷又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，节度各路大军，作为吐谷浑的声援。
吐蕃的禄东赞进驻青海，派使者论仲琮到长安入见，上表历数吐谷浑的罪状，并请求和朝廷和亲。唐高宗没有答应。朝廷派左卫郎将刘文祥出使吐蕃，还降下盖有御玺的诏书责让他们。
秋八月二十一（癸卯），彗星出现在左摄提（古星名）。八月二十七（戊申），唐高宗下诏让百官尽情直言，提出正谏。他因为渤海辽东一带连年用兵，租调和兵役给百姓带来很大负担，士卒战死和淹死的很多，所以下诏停止三十六州的造船，并派司元太常伯窦德玄和司刑太常伯刘详道等九人为持节大使，分别前往十道了解民间的疾苦，全权贬黜和提拔官吏。窦德玄是窦毅的曾孙。唐高宗还命令朝廷内外五品以上官员各自举荐自己了解的人才。
九月初八（戊午），熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等人在白江打败百济的剩余部众以及倭兵，攻拔了百济的周留城。
当初，刘仁愿和刘仁轨攻克了真岘城后，唐高宗下诏让孙仁师带兵跨海去帮助他们。百济王扶余丰往南引来倭人抗拒唐兵。孙仁师与刘仁愿和刘仁轨合兵，势力大振。将领们觉得加林城是水陆要冲，想去先攻占它。刘仁轨说：“加林城十分险固，猛攻会造成很大的士卒死亡，缓攻则会造成旷日的持久战。周留城是敌虏的巢穴，那帮凶恶之人聚集的地方。除恶务必除掉根本，所以应当先攻周留。一旦周留城被攻下，其他城池自然就下来了。”于是孙仁师和刘仁愿与新罗王金法敏率领陆军向周留推进，刘仁轨与别将杜爽和扶余隆则率领水军以及粮船从熊津进入白江，去会合陆军，一道直趋周留城。他们在白江口和倭兵遭遇，四战皆捷，并烧了他们的四百艘战船，结果烟炎灼天，海水皆赤。百济王扶余丰脱身逃往高丽，王子扶余忠胜和扶余忠志等人都率众投降。百济因而全部平定，只有别帅迟受信占据任存城，一时无法攻下。
最初，百济西部人黑齿常之，身高七尺余，骁勇而有谋略，在百济出任达率兼郡将，相当于中国的刺史。苏定方打败百济时，黑齿常之率领所部随众投降。苏定方捉了百济国王及其太子，纵兵劫掠，百济壮年人死了很多。黑齿常之怕了，和身边的十来个随从跑回到自己的本部，收集散兵游勇，坚守任存山，结栅自固，结果个把月间就有三万多人前来归附。苏定方派兵攻打，黑齿常之拒战，唐兵出师不利。黑齿常之接着重新收复了二百多城池，苏定方无法攻克，只好撤军回来。黑齿常之后来与别部将领沙吒相如各自据险响应福信。百济败了之后，他们都相继率领部众前来投降。刘仁轨让黑齿常之和沙吒相如各自率领自己的部众，前往攻取任存城，并送军粮援助他们。孙仁师说：“这帮人人面兽心，怎能信赖！”刘仁轨说：“我观察他们二人，都是忠勇有谋的将领，而且看重信义。只是以前他们投靠的人不对而已。今天正是他们感激朝廷，愿意立功报效的时候。用不着怀疑。”于是送给他们军粮和兵器，分兵跟随着他们。黑齿常之他们果然攻拔了任存城，迟受信抛弃妻儿，投奔高丽去了。
朝廷下诏让刘仁轨带兵镇守百济，召孙仁师和刘仁愿回朝。百济经过兵荒马乱，房屋凋残，僵尸遍野。刘仁轨开始令人掩埋骸骨，籍理户口，清理村落，署任官长，开通道路，修建桥梁，填补堤堰，修复陂塘，劝课农桑，赈济贫乏，养育孤老，还建立大唐的社稷，颁布正朔的历法以及皇家宗庙名讳。百济百姓心悦诚服，全境民众无不安家乐业。刘仁轨然后修缮屯田，储蓄军粮，训练士卒，准备对付高丽。
刘仁愿回到京师，唐高宗问他道：“爱卿在渤海辽东时的前后奏事，全都很合机宜，奏折也很有文理。爱卿本是武将，怎能做得这么好？”刘仁愿说：“这都是刘仁轨所为，并非臣力所能及。”唐高宗非常高兴，给刘仁轨进了六阶，正式任命他为带方州刺史，并在长安为他修建府邸，厚赐他的妻儿，并派使者带上盖有御玺的诏书前去慰劳和勉励他。上官仪说：“刘仁轨遭到黜削之后，还能如此尽忠。刘仁愿掌握大权而能推举贤人。他俩都算是真君子！”
冬十月初一（辛巳），唐高宗下诏，让太子李弘每五日到光顺门内听取朝廷各司奏事，小事全由太子决断。
十月十六（丙申），绛州的介山据说出现麒麟。十月二十六（丙午），含元殿前也出现麒麟趾印。十一月二十四（癸酉，《新唐书》作次日甲戌），长安下冰雨。十二月二十一（庚子），唐高宗下诏在来年正月一日改元为麟德元年，并将京师和雍州诸县的死刑犯降低一等。
十二月二十三（壬寅），朝廷任命安西都护高贤为行军总管，派他带兵出击弓月部落，以此救助于阗。这年，大食国出击并打败了波斯和拂菻，接着南侵婆罗门，吞并并消灭了周围诸胡，有精兵四十多万。
麟德元年即公元664年春正月十六（甲子），朝廷将云中都护府改为单于大都护府，并任命殷王李旭轮为单于大都护（《旧唐书》说任命是二月丁亥作出的），官品同大都督一样。
当初，李靖攻破突厥，迁徙了三百帐篷到云中城，并任命阿史德氏为他们的酋长。到这时，部落人数逐渐增多，阿史德氏前来宫阙，请求按照以前对待胡人的法则立亲王为可汗，统领他的民众。唐高宗召见了他，跟他说：“今天的可汗，就是古代的单于。”因此将云中都护府改名为单于都护府，而让殷王遥领大都护。
二月初十（戊子），唐高宗临幸万年宫（《新唐书》作福昌宫，癸卯才到万年宫）。三月初四（辛亥），唐高宗举行大射礼。三月二十（丁卯），唐高宗追封已故长女为安定公主，谥名思，赐给她的卤簿（仪仗）和鼓吹以及葬礼的所须，都按照亲王的规格。葬礼也从德业寺搬到崇敬寺。
夏四月初五（壬午，通鉴作壬子为误），卫州刺史道孝王李元庆去世。
四月二十九（丙午），魏州刺史郇公李孝协因为贪赃被赐死。司宗卿陇西人王博义上奏，觉得李孝协的父亲李叔良为国而死，而李孝协没有兄弟，担心他的家门因此绝嗣。唐高宗说：“统一的律法，不能因为亲疏改变。凡是危害百姓的人，即使皇太子也在所不赦。李孝协有个儿子，何必担心他缺乏后人为他祭祀！”李孝协最终还是在自己的府第自尽了。
五月初一（戊申），唐高宗二儿子遂州刺史许悼王李孝去世。五月初八（乙卯），朝廷在昆明的弄栋川设置姚州都督府。五月十九（丙寅），唐高宗因为干旱避免在正殿上朝。
秋七月初一（丁未），唐高宗下诏定于麟德三年正月到岱宗泰山封禅。
八月初一（丙子），唐高宗离开万年宫回京师，路上经过旧宅，停留了七日（《新唐书》说他在己卯才到旧宅，所以没停留那么多天），并将万年县死罪以下的囚犯降罪一等，并顺便去了大慈恩寺。八月初七（壬午），他回到蓬莱宫。八月十三（戊子，通鉴作丁亥），唐高宗任命司列太常伯城阳县侯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校（代理）左相。
九月初十（乙卯，《旧唐书》作己卯为误），唐高宗下诏说：“周京兆尹、左右宫伯大将军、司卫上将军、少冢宰、广陵郡公宇文孝伯，忠亮存心，贞贤表志。淫刑既逞，方纳谏而求仁；忍忌将加，甘捐躯而徇节。年载虽久，风烈犹生，宜峻徽章，式旌胤胄。其孙左威卫长史思纯，可加授朝散大夫。”宇文孝伯是北周名臣，因为不满周宣帝宇文赟杀害忠臣齐王宇文宪而被赐死。这时唐高宗因此加授他的孙子宇文思纯为朝散大夫。
冬十月初六（庚辰），检校熊津都督刘仁轨上言说：“臣目睹了幸存的卫戍士兵，疲惫羸弱的居多，勇猛健壮的很少。他们个个衣服贫敝，唯思西归，无心为国效力。臣问他们说：‘以往在海西（指山东沿海）时，见到百姓人人应征，争着要来从军，有人还请求自备衣粮，称作义征。为何今日的士卒都成了这个样子？’大家都回答说：‘今日官府和以前不同，人心也不一样。从前东征西战，为国捐躯，都会得到朝廷敕使的吊祭，追赠官爵，或者用死者的官爵回授到他们的子弟；凡是渡过辽海的将士，全都赐勋一等。自从显庆五年以来，出征将士屡次渡过辽海，官府不再记录，死者也没人管他是谁或怎么死的。州县每次征发百姓为兵，那些壮实的有钱人，拿钱贿赂官吏，结果都躲起来避免了兵役。而那些甚至老弱的穷人，也被征役从军。前不久我们攻破百济，以及在平壤苦战，当时将帅号令，许诺给将士封赏，所以我们无所不至。但到达了西岸后，只听说官府用枷锁捉拿逃犯，夺走人家的赏赐或勋爵，州县追得又紧，百姓无以自存。官府和民间全都困弊，真是一言难尽。所以前不久大军离开海西时已有人逃亡或自残，并非到了海外才发生这样的事。又有，本来人们都以从军获得勋功为荣。然而近年出征，都让那些得到勋功的士兵牵船拉车，辛苦的程度跟白丁没有两样。百姓不愿从军，都是因为这些原因。’臣又问：‘以往士卒留镇五年，手头还有节余。而今天你们刚开始一年，为何就什么都没了？’他们都说：‘刚离家时，只叫我们准备一年的资装。如今已两年了，也没有确定的回家日期。’臣检查了将士现有的衣服，今年冬年还能对付，但来秋以后，就全拿不准了。陛下把兵马留在海外，想要殄灭高丽。百济和高丽，从前就曾互相支援。倭人虽远，也会帮助他们。朝廷如果不派镇兵，他们很快又会形成一个国家。今天既然动用资金派兵戍守，又安置屯田，靠的就是将士的同心同德。而大家现在有这样的议论，岂能期望成功！除非朝廷的政策有所更改，注重对将士的慰劳，明确奖赏，加重惩罚，鼓励士气，不然真成问题。如果就这样一直下去，恐怕部队更加疲老，也不知哪天能出力报效国家。逆耳的事情，也许没人会为陛下尽言，所以臣披露肝胆，冒死奏陈。”
唐高宗觉得他讲得非常在理，便派右威卫将军刘仁愿带兵跨海，去取代原来的镇兵，并敕令让刘仁轨一道回来。刘仁轨跟刘仁愿说：“国家孤军深入在海外，想以此征服高丽，恐怕很不容易。如今屯田的收获尚未完毕，而军吏和士卒却全部换防，主将又要离去。夷人刚刚臣服，军心也还没安定，我担心会因此发生事变。不如暂且留下旧兵，让他们慢慢收获屯田的稻谷，同时具办回家的资粮，再分批遣返。主将也应该暂且留下镇抚，不能马上离开。”刘仁愿说：“我上次回西海岸，就遭到很多人的谗言诽谤，说我想留下很多部众，阴谋占据海东（指朝鲜半岛），几乎不免于祸。今天我只知道遵照敕令，岂敢擅自有所行为！”刘仁轨说：“作为人臣，只要对国家有利，就应当知无不为，岂能只想到自己的私利！”便上表陈述理由，自己请求留下镇守海东。唐高宗答应了，并仍然任命扶余隆为熊津都尉，让他招抚剩余部众。
要想知道刘仁轨和唐高宗后来的情况，请看下篇文章。
