神龙元年即公元705年冬十月，唐中宗李显命令唐休璟留守京师长安。
十月十七（癸亥），唐中宗巡幸龙门香山寺，并于两天后到新安狩猎，接着回东都。他还将弘文馆改名为修文馆。
十月二十五（辛未），他任命魏元忠为中书令，杨再思为侍中。
十一月初二（戊寅），群臣为唐中宗上皇帝尊号为应天皇帝，皇后为顺天皇后。十一月初六（壬午），唐中宗和韦后到太庙拜谒和致谢，告诉祖宗接受徽号的意义，并赐给文武官员不同的阶位和勋爵，赐百姓大酺三日，同时大赦天下。他还为相王李旦和太平公主增加封邑，都满一万户。
十一月十三（己丑），唐中宗登上洛城南楼，观看泼寒胡戏（即乞寒胡戏，本出于西域康国，在十一月鼓舞乞寒，以交相泼水为乐）。清源尉吕元泰上疏认为：“为政适宜应时，寒冬自然来临，何必要让人裸体泼水，在街头打鼓跳舞来所求寒冬！”疏奏上呈后，唐中宗没有采纳。
十一月二十五（辛丑），唐中宗任命儿子卫王李重俊为左卫大将军，遥领扬州大都督；温王李重茂为右卫大将军，遥领并州大都督。
十一月二十六（壬寅），武则天在上阳宫的仙居殿驾崩，终年八十二岁。她的遗制说：“去掉帝号，称则天大圣皇后。王、萧二族（唐高宗的王皇后和萧淑妃）以及褚遂良、韩瑗、柳奭的亲属全部赦免。”武则天曾召文学人士周思茂、范履冰、卫敬业，让他们撰写《玄览》以及《古今内范》各百卷，《青宫纪要》和《少阳政范》各三十卷，《维城典训》、《凤楼新诫》、《孝子列女传》各二十卷，《内轨要略》和《乐书要录》各十卷，《百僚新诫》和《兆人本业》各五卷，《臣范》两卷，《垂拱格》四卷，并文集一百二十卷，收藏在宫廷秘阁。
旧唐书的史臣这样评价武则天：“治乱，时也，存亡，势也。使桀、纣在上，虽十尧不能治；使尧、舜在上，虽十桀不能乱；使懦夫女子乘时得势，亦足坐制群生之命，肆行不义之威。观夫武氏称制之年，英才接轸，靡不痛心于家索，扼腕于朝危，竟不能报先帝之恩，卫吾君之子。俄至无辜被陷，引颈就诛，天地为笼，去将安所？悲夫！昔掩鼻之谗，古称其毒；人彘之酷，世以为冤。武后夺嫡之谋也，振喉绝襁褓之儿，菹醢碎椒涂之骨，其不道也甚矣，亦奸人妒妇之恒态也。然犹泛延谠议，时礼正人。初虽牝鸡司晨，终能复子明辟，飞语辩元忠之罪，善言慰仁杰之心，尊时宪而抑幸臣，听忠言而诛酷吏。有旨哉，有旨哉！”
大意是，治乱和存亡靠的是时势。如果掌权的是夏桀和殷纣那样的昏君，即使有十个唐尧那样的贤臣也不能为治。如果掌权的是唐尧和虞舜那样的明主，即使有十个夏桀那样的奸臣也不能乱政。即使懦夫或女子因为时势得以掌权，也足以坐着决定群生的命运，肆行不义的淫威。看看武氏临朝称制的那些年，英才比比皆是，谁不为家破人亡而痛心疾首，不为朝廷危难而扼腕长叹？然而最终都无法报答先帝的恩典，保卫君主的子嗣。不久他们就被无辜陷害，引颈就戮。天地成为牢笼，哪里可以安身？太悲惨了！当年郑袖向楚怀王进的掩鼻谗言（见《战国策-楚策四》），连古人都称作毒辣。吕后用酷刑将戚夫人变成人彘的事，世人都觉得无比冤枉。武后实行她夺嗣的阴谋时，卡死糨褓中的婴儿，害死内宫中的后妃，她着实惨无人道，也算是奸人和妒妇常做的事。然而她毕竟还能广泛听取忠谠的议论，礼遇正人君子。最初虽然是牝鸡司晨，妇道干政，但最终还能恢复太子，让李氏复辟，并飞马辩白魏元忠的冤屈，善言宽慰狄仁杰的心意，尊重宪法而抑制佞臣，听从忠言而诛杀酷吏。还算不错，还算不错！
武则天死后，朝廷废除了祭祀武氏祖先牌位的崇恩庙。
唐中宗在为武则天守丧谅阴期间，让魏元忠摄理吏部三日。魏元忠历来盛负忠诚正直的名望，朝廷内外都很依赖他。武三思忌惮他，便伪造太后的遗制，慰劳晓谕魏元忠，赐给他封邑一百户。魏元忠捧着遗制，感动得老泪纵横。见到的人们都说：“没戏了！”意思是他靠不住了。
十二月二十二（丁卯），唐中宗开始在同明殿上朝接见群臣。
朝廷准备把太后和唐高宗合葬在乾陵。给事中严善思上疏认为：“乾陵的玄宫用石头为门，用铁水铸封了门缝。现在要想开启石门，必须经过钻凿才能办到。供奉神明通常注重幽静安玄，如果因此而惊师动众，花费巨功，臣担心会惊动和冒犯神灵。况且合葬并非古人的做法。汉朝时的许多皇陵，皇后大多并不合葬。魏、晋以来，才开始有合葬的事。还希望陛下在乾陵旁边另外选择一处吉地，作为太后的山陵。如果神灵有知，在阴间自然会相通会面。如果神灵无知，合葬又有什么裨益！”唐中宗不听。
这年，户部上奏，全国有六百一十五万户籍，三千七百一十四万多人口。
神龙二年即公元706年春正月二十一（丙申），朝廷派人护送武则天的灵驾回西京长安。正月二十三（戊戌），唐中宗任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，任命中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰正月初一（丙午），他下制说：“太平、长宁、安乐、宜城、新都、定安、金城七位公主一同封为开府，并为她们设置属吏。”
武三思因为敬晖、桓彦范、袁恕己还在京师，十分忌惮，便于闰正月初十（乙卯），将他们支出朝廷，分别去担任滑、洺、豫三州刺史。同时，唐中宗还赐给乡僧万回法云公的法号。闰正月二十九（甲戌），朝廷封突骑施酋长乌质勒为怀德郡王。
二月二十二（乙未），朝廷任命刑部尚书韦巨源为同中书门下三品，还把他列入皇后的宗族。
二月二十三（丙申），朝廷给僧人慧范等九人加授五品官阶，赐爵郡公或县公；给道士史崇恩等人也加授五品官阶，任命他们为国子祭酒或同正；还给叶静能加授金紫光禄大夫。唐中宗赏赐他们的原因是因为他们经常到他为母亲修建的圣善寺作善功。
同时，朝廷选用左、右台以及朝廷内外五品以上官员二十人，作为十道巡察使，派他们去各地考察官吏，安抚百姓，举荐贤良，清断刑狱。巡察使每二年替换一次，根据他们的政绩决定官场的进退。易州刺史魏县人姜师度、礼部员外郎马怀素、殿中侍御史临漳人源乾曜、监察御史灵昌人卢怀慎、卫尉少卿滏阳人李杰都在其中。
三月初一（甲辰），中书令韦安石罢相，改任户部尚书；朝廷任命原户部尚书苏瑰为侍中兼西京留守。苏瑰是苏颋的父亲。次日，东都到处都是黄色浓雾。同时唐休璟请求退休致仕，唐中宗于三月初五（戊申）批准他致仕。
当初，少府监丞弘农人宋之问和他弟弟兖州司仓宋之逊都因为投靠张易之而被贬斥到岭南。他们后来逃归东都，躲在友人光禄卿驸马都尉王同皎家里。王同皎很嫉恨武三思和韦后的所作所为，每次和亲友谈到这事时，总是咬牙切齿。宋之逊在帘下听到后，暗地里派他儿子宋昙和外甥校书郎李悛去告诉武三思，想以此为自己赎罪。武三思便指使宋昙和李悛以及抚州司仓冉祖雍上书告发王同皎，说他与洛阳人张仲之、祖延庆、武当丞寿春人周憬等人暗中结交壮士，想谋杀武三思，然后趁机带兵前往宫阙去废黜皇后。唐中宗命令御史大夫李承嘉和监察御史姚绍之审理此案，又命令杨再思、李峤、韦巨源参与审核。张仲之在审讯中指控武三思的罪状，事情牵连到后宫的丑事。杨再思和韦巨源都假装打瞌睡没有听到。李峤和姚绍之令人将他反绑了送回监狱，张仲之还回过头来，继续指控不已。姚绍之令人狠打他，还折断了他的手臂。张仲之大声喊道：“我现在输给你，但死后一定会到天上告你！”三月初七（庚戌），王同皎等人全被处斩，籍没家室。周憬逃进一座比干庙里，大声说：“比干是古代的忠臣，知道我的这番心思！武三思和皇后淫乱，导致国家倾危。他们很快就会在都市被枭首示众，只可惜我不能亲眼见到那一天罢了！”说完自刭而死。宋之问、宋之逊、宋昙、李悛、冉祖雍都被授为京官，还加朝散大夫。
侍御史冉祖雍历来和已经退休的老臣朱敬则不和，因此趁机诬陷说他和王同皎关系亲善，于是将他支出京师去担任庐州刺史。几个月后，替代他的刺史上任，朱敬则回到乡里，没从淮南带回一件东西，除了所乘的一匹马以外。他的几个子侄也都步行跟他回乡。
朱敬则字少连，是毫州永城人。他家世代以孝义著称，自北周直到唐朝，得到三个朝代的旌表，门庭标榜六个帝王送的门匾，州里人为此感到自豪。朱敬则风流倜傥，很重节义，早年就以辞学知名。他和三位堂兄同居，财产从不分算。他又与左史江融和左仆射魏元忠关系特别密切。咸亨中年，唐高宗李治听说他的名声后召见了他，跟他交谈后感到惊奇，准备加以叙用，但被中书舍人李敬玄诽谤，因此只任命他为洹水尉。长寿中年（693），他经过累迁出任右补阙。朱敬则觉得武则天刚刚临朝称制时，天下人有不少流言异议，但到这时全国已经逐渐安宁，朝廷应当断绝告密和罗织罪名的那帮党徒，所以上疏说：
“臣听说李斯在秦国任宰相时，推行申不害和商鞅的刑法，注重刑名学派，杜绝私门，张扬公室，舍弃没必要的费用，取消不重要的官职，珍惜每时每刻，不浪费劳役，鼓励农耕，抓紧战备，因此导致国富民强，最终消灭了六国诸侯。这是拯救弊病的策略。所以有这样的说法：‘刻薄可施于进趋，变诈可陈于攻战。’兵马犹如大火，不加以控制将导致自焚。况且刀箭已经销毁，石城也已拆除，本来可以用宽松的法律取代苛刻，再用淳和加以润色；以八风的音乐予以柔和，用三代的礼仪加以引导。然而秦朝却不这么做，反而更加荒淫暴虐，在暴政的路上一直走下去，最终土崩瓦解。这是不知道变更带来的祸殃。
“陆贾和叔孙通侍奉汉王时，正当他被困在荥阳和成皋之间，粮食已经短缺，智者和勇士也都受困。因此他们不敢开创一门学说，不敢进献一个奇谋，只能推荐英豪和狡猾的将材，以及贪婪和残暴的过客。但一旦海内平定，干戈收敛，即使金鼓之声尚未停歇，伤痍之痛依然感受，他二人却顾眄自如，信心十足；于是向高皇帝（即汉高祖）陈述了《诗》《书》的重要，说明《礼》《乐》的至理，开创王道，谋图帝业。高皇帝愤怒地说：‘我在马上得到天下，要《诗》《书》干吗！’陆贾和叔孙通说：‘马上得到天下，能在马上治理天下吗？’高皇帝默然，无言以对。于是陆贾著作《新语》，叔孙通制定礼仪，高皇帝这才知道天子的尊严。这就是知道变更带来的好处。如果高皇帝排斥了他二人不用，置《诗》《书》而不顾，重新使用攻城略地的官吏，依赖能砍下首级的将材，导致众将争功，那么张良早己知道会发生事变，因而拔剑击柱，叹息说‘吾属不得无谋。’那样一来，汉朝将片刻难以支持，何况连绵了十二位帝王？那时他们将是亡秦的延续，怎能有二百年的江山？所以说：仁义是圣人的旅舍；礼经是先王的陈迹。祭祀完毕后，代替祭品的草编刍狗必须抛弃；淳酒已提炼出来后，糟粕也可以丢弃。仁义尚且可以暂时舍弃，更何况远比仁义来得轻的事物？
“文明元年（686），天朝草创，万物初生。当时三叔流言（指韩王和霍王以及鲁王三位唐高宗的皇叔），四凶构难（指徐敬业、杜求仁、唐之奇、骆宾王四人在扬州起兵反对武则天）。朝廷如果不派大兵，就无法应天顺人；如果不用严刑，就不能摧奸息暴。所以陛下设置铜匦神器，首开告密的端倪，使曲直的影子必定呈现，让包藏的祸心暴露无遗。于是神道助直，无罪不除；人心保能，无妖不戮。陛下用这一妙算，极尽造化的幽深；靠这一神谋，得到天人的秘术。所以能做到制定政策不用离开席位，了解民情也不用走出宫闱。苍生晏然，天下易主。大哉伟哉，能不歌颂陛下的丰功伟绩吗！这跟制造攻城器械，鸣放战斗号角，大战牧野（周武王灭殷的战役），血变草木，头折不周（共工与颛顼大战，共工败后怒触不周山）那样靠血淋淋战争得来的改朝换代，能同日而语吗？然而急促的步伐不会有很好的足迹，短小的琴柱很少有优美的和声。拯救落水的人时无法考虑动作的规范，救济饥民时用不着钟鸣鼎食。因此那时绝妙的政策，就是今天的刍狗（祭祀用草扎的狗），用完就应当扔了。还希望陛下借鉴秦汉的得失，考察时事的合宜，去掉可以遗弃的糟粕，摧毁临时的蘧庐（驿站的房舍，不能久住），见机而行，何必要劳累终日？陛下真不需要藐视太平，徘徊在以前的道路上。还希望陛下更改法制，建立章程，下达恬静愉快的言辞，广播宽敞普遍的恩泽；除去花言巧语的伶牙俐齿，搓钝奸险歹徒的毕露锋芒；窒息罗织罪名的根源，横扫结党营私的劣迹；使天下苍生坦然大悦，这难道不令人快乐吗！”
武则天十分欣赏他的奏折。
长安三年（703），他经过累迁出任正谏大夫，不久又兼同凤阁鸾台平章事。当时御史大夫魏元忠和凤阁舍人张说被张易之兄弟诬陷，即将被处死，各个宰相都不敢仗义执言，只有朱敬则上疏为他们申辩，使他们得免一死。长安四年，他因年老多病请求罢相，武则天答应了。他后来经过累转任冬官侍郎，依旧兼修国史。张易之和张昌宗曾让画师画武三思以及纳言李峤、凤阁侍郎苏味道、夏官侍郎李迥秀、麟台少监王绍宗等十八人的图像，号为《高士图》。他们总想把朱敬则包括在内，但他坚决谢辞。他为人就是如此高洁。
朱敬则很看重承诺，善于和人交往，每次救助别人的急难，从不求回报。他曾和三个堂兄同居四十多年，从不区分财产。他还有知人的明鉴，凡是他举荐的人才，后来都正如他所预见的。景龙三年（709）五月，他在家去世，终年七十五岁。这是后话。
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