乾宁二年即公元895年八月二十七，外出逃难的唐昭宗李晔在河东节度使李克用的大军帮助下回到京师。
九月初三（丙辰），唐昭宗下制，任命光禄大夫、守尚书左仆射、门下侍郎、同平章事、监修国史、上柱国、东莞郡公徐彦若为司空、门下侍郎、同平章事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使，出任诸道盐铁转运等使；任命正议大夫、中书侍郎、同平章事王抟为金紫光禄大夫、户部尚书门下侍郎、监修国史、判度支；任命正议大夫、中书侍郎、同平章事崔胤为金紫光禄大夫、户部兼礼部尚书、集贤殿大学士、判户部事；还赐给他们三相“扶危匡国致理功臣”的名号。
九月初十（癸亥），司空、门下侍郎、平章事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使、上柱国、鲁郡开国公孔纬去世，唐昭宗追赠他为太尉。孔纬字化文，山东曲阜人，孔子的后裔。他曾祖父孔岑父在秘书省著作佐郎位置上去世，是谏议大夫孔巢父的兄长。他祖父孔戣在礼部尚书的位置上去世，自有传记。他父亲孔遵孺官至华阴县丞。孔纬少年时就成了孤儿，依靠叔父孔温裕和孔温业，居住在藩镇。因为经常和名人交往，所以孔纬很早就出名。大中十三年（859），他进士及第后出任秘书省校书郎。崔慎由镇守梓州（东川）时，聘他为从事。他又跟从崔铉成为扬州支使，得到协律郎的头衔。崔慎由改镇华州和河中时，孔纬也都跟他，历任观察判官。宰相杨收奏请他为长安尉，并让他在弘文馆当值。御史中丞王铎奏请他为监察御史，后转他为礼部员外郎。宰相徐商奏请他兼任集贤直学士，改考功员外郎。母亲去世时他丁忧免职，服丧后作为右司员外郎入朝。宰臣赵隐欣赏他能写文章，便推荐他为翰林学士。后来他转考功郎中兼知制诰，朝廷赐给他绯色官服。不久他正拜中书舍人，经累迁出任户部侍郎。谢恩那日，皇帝当面赐给他金紫官服。唐僖宗乾符年间，他被罢免翰林学士，出任御史中丞。
孔纬器量方雅，嫉恶如仇。在御史台负责宪法纲纪时，朝廷内外自然清肃。他历任户部、兵部、吏部三侍郎，也曾位居选官大任，办事总是遵循朝廷格令。因为权要有所请托，所以私人的信件满桌几都是；但他都不省阅，因此得罪了执政大臣，被改任太常卿。黄巢之乱时，他跟从唐僖宗到西蜀避难，改任刑部尚书兼判户部事。宰臣萧遘在翰林时，跟孔纬颇有矛盾。这时，因户部供给不足，萧遘便改任他为散官太子少保。光启元年（885），他跟从御驾回京。当时，田令孜的禁军战败，沙陀大军紧逼京师。唐僖宗只好又跑到凤翔避难。邠帅朱玫带兵来迎驾，结果田令孜劫持了唐僖宗跑到山南。当时半夜出逃，百官都来不及扈从，而随驾的只有黄门卫士数百人而已。唐僖宗停留在宝鸡（凤翔）等候百官，下诏授孔纬为御史大夫，派中使传诏，让他率领百官赶赴唐僖宗的行在。当时京师事变紧急，跟从御驾的官属到了盩厔时，被乱兵劫掠，资装几乎全被抢光。孔纬奉诏去见宰相，要他们赶赴行在，但萧遘和裴澈都因为田令孜在唐僖宗身边，很不想去，便称病不见孔纬。孔纬派御史台官吏催促百官上路，但他们都用官袍和牙笏被抢走为借口不去。孔纬无可奈何，便召来三院御史跟他们说：“我们世代承蒙国恩，身居宪职。虽然如今六飞御驾奔波流离，但主上的天颜近在咫尺。陛下累次下诏征召，都没人应承，这并非臣子的大义。即使是布衣平民的旧交，急了时也会互相救恤，何况君亲？当时朝廷为你们策名委任，怎能如此轻易就背叛！”说完泪流满面。三院御史们说：“哪里是我们不懂感恩，只是经历了盩厔的劫掠，没了盘缠。现在如要上路，至少也得准备一天的路费。再过两晚也许可以。”孔纬拂衣而起，愤怒地说：“我的妻子已经病危，旦不保夕。大丈夫岂能因为妻子的缘故，而怠慢君父的急需？你们好自为之吧，我的去意已决。”
当天他去见凤翔节度使李昌符，告诉他说：“主上下了两道诏命，催促百官赶赴行在。我看大家的意思，好像没有打算上路的样子。我愧为宪臣，不该居后。道路十分艰险，还希望明公借给我五十名骑兵，送我到陈仓。”李昌符很嘉许他的义气，便跟孔纬说：“路上没有馆驿，裹着干粮上路行吗？”于是送给他五十缗钱，并派骑兵护送孔纬抵达散关。孔纬知道朱玫一定有野心，便上奏说：“陈仓是个小邑，不足以驻扎禁卫六师，请陛下尽速西幸梁州。”次日，御驾离开陈仓。唐僖宗一行刚进入散关，邠、岐的兵马就包围了宝鸡，接着进攻散关。要不是孔纬的建议唐僖宗就危险了！
到了汉中，他改任兵部侍郎和同中书门下平章事，很快又改任中书侍郎和集贤殿大学士。邠将王行瑜杀了朱玫和平定京城后，孔纬升迁门下侍郎和监修国史。他跟从御驾回京，在岐阳停留，进阶为特进，兼吏部尚书，领诸道盐铁转运使。御驾回宫后，他又进位为左仆射，被赐予“持危启运保乂功臣”，食邑四千户，食实封二百户，还赐给铁券，宽恕十次死罪。唐僖宗赐给他天兴县的庄园和善和里的宅第各一区，让他兼领京畿营田使。
唐僖宗驾崩时，他出任山陵使。唐僖宗的牌位搬进太庙时，孔纬依照惯例，没有上朝。唐昭宗派中使召他到延英殿，让孔纬照常处理政事，进加他为司空。因为国学学堂被盗匪焚毁，唐昭宗下令孔纬负责修复，所以又让他兼领国子祭酒。蔡州叛逆秦宗权伏诛后，唐昭宗又给孔纬进阶为开府仪同三司，进位司徒，封鲁国公。同年十一月，唐昭宗拜谒郊庙，两中尉和内枢密请求穿戴朝服。所司部门根据先例，认为宦官中贵人没有穿戴朝服助祭的礼制，少府监也没有素制的冠服。中尉非常愤怒，立即下令制作，把这事交给太常礼院。礼官根据惯例，也说从未有过中尉穿戴朝服助祭的名文规定，谏官也表示反对。孔纬奏称：“中贵不穿戴朝服助祭的确是国家的规定。陛下如果要表示对内臣的宠爱，可以根据他们所兼的官职穿戴朝服。”唐昭宗于是召谏官们劝谕道：“郊祭的大礼日益靠近，不应节外生枝，你们还是为朕包容包容。”于是内官最后还是穿戴朝服助祭。郊礼完毕后，唐昭宗为孔纬进位为兼太保。
大顺元年（890）夏，幽州和汴州请求出讨太原。宰臣张浚请求亲自担任招讨使，率领禁军出讨。唐昭宗迟疑未决，于是征求孔纬的意见。孔纬也赞成出讨。那年秋季，张浚军被太原的河东军打败，溃散而归。张浚罢相贬官，孔纬也因为附和张浚，被贬为检校太保、江陵尹、荆南节度观察等使。但还没离开京师时，朝廷又把他贬为均州刺史。孔纬和张浚暗中派人向汴州求援，汴帅朱全忠于是上表为他们说话。孔纬路经商州时，朝廷下诏让他随便决定去哪里，孔纬于是在华州寓居。
这年即乾宁二年五月，三镇藩臣入京杀了宰相韦昭度和李磎。唐昭宗因为崔昭纬等大臣朋党，勾结藩镇，便想起用骨鲠正人，因此派中使到华州召孔纬入朝，但他因病不能上路。六月，唐昭宗授他为太子宾客，当天晚上又改吏部尚书。次日，朝廷拜他为司空，兼门下侍郎、同平章事、太清宫使，修奉太庙、弘文馆大学士、延资库使。官阶爵位、功臣名号、实封食邑都和先前一样。十来天里，唐昭宗不断派人去催促，以致路上驿骑络绎不绝。孔纬带病勉强来到京师。在延英殿谢恩时，他上奏说：“臣先前位居宰相，却因智慧不足和目光短浅，辜负了辅弼与和谐的寄托。陛下特意宽贷，曲法保全了臣的腰身和颈领（腰斩和斩首）。臣当时只期望在九泉之下报答厚恩，没想在活着时还能磕叩玉阶。再拜陛下的龙颜，实在是臣的荣幸。然而臣近来体弱多病，长年躺在床上，形骸虽然还在，但早没了求生的欲望。平时过日子还能勉强，但要处理政事那就生疏了。何况臣如此瘦弱，岂能胜任重负？国家的皇祚正安泰兴隆，英气的才俊满庭都是，陛下岂能让朽腐之人，再次玷污朝政！臣拼着老命前来叩拜殿庭，还乞求陛下让臣自便。”说着说着鸣咽流泪。孔纬因为久病，下拜舞蹈都非常困难。唐昭宗让中使拦住他，感到十分难过，但还是下令阁门使护送孔纬到中书省处理政事。没多久，李克用的沙陀大军进驻河中，同州的王行约到京师作乱，唐昭宗逃往石门避难。孔纬跟从御驾到了莎城，因病情转危，只好先回京城。这时他在光德里的府第病故。
孔纬一家崇尚气节和大义，挺然不屈。即使对权势熏天的人，他也从未徇私。大顺初年，天武军都头李顺节仗恃恩宠十分专横，不到一年就成为浙西节度使，很快又加平章事。谢恩那天，台省官吏通知中书省，说天武相公（即李顺节）要来衙门谢恩，请求遵照惯例让两省官员站立班次得到接见。孔纬说：“没必要这么做。”李顺节是个粗暴小人，不熟悉朝廷法典。他穿戴得极为华丽，来到中书省，却没见到官员列班来见，心中怏怏不乐。另一天朝会时，李顺节稍微提到这事。孔纬说：“知道李公心里不太舒服。然而百官卿士是天子的朝臣，他们站立班次来见宰相，因为宰相作为辅臣身居班列之首，他们这是事奉长吏的大义。李公只是掌管天武军的健儿，而要在政事厅接受百官的班见，心里过意得去吗？如果一定要得到这一礼节，等到去掉‘都头’二字就行了。”李顺节不敢再说什么。他就是如此坚持礼数，百折不回；类似的事还不少。孔氏自唐宪宗元和之后，兄弟显贵，官至正卿和藩镇的多达六七人，但还没有成为宰辅的，直到孔纬才有人开始在中书为相。
九月十八（辛未），汴帅朱全忠亲自带兵出击郓帅朱瑄。两军在梁山交战，结果朱瑄败走，逃回郓州。
同时，李克用率军猛攻邠宁的梨园寨，邠帅王行瑜向凤翔的歧帅李茂贞求援。李茂贞派兵万人进驻龙泉镇，亲自带兵三万进驻咸阳的边上。李克用请求唐昭宗下诏让李茂贞回归凤翔，并削夺他的官爵，还想分兵讨伐李茂贞。唐昭宗因为李茂贞自己诛杀了李继鹏，先前已经下诏赦免了他，不好再削夺官爵和出兵诛讨，所以只下诏让他回归凤翔，并让李克用与他和解。同时，他任命昭义节度使李罕之为检校侍中，出任邠宁四面行营副都统。李克用部将史俨接着在云阳打败邠宁兵马，生擒云阳镇使王令诲等人献到宫阙。
这期间，西川节度使王建也派简州刺史王宗瑶等人带兵勤王，并于九月二十一（甲戌）进驻绵州。
再说，浙东节度使董昌向淮南主帅杨行密求救。杨行密派泗州防御使台濛攻打苏州以救董昌，并上表说董昌已经引咎自责，愿意重修职贡，请求朝廷恢复他的官爵。他又写信给苏杭主帅钱镠，声称：“董昌得了狂疾而自立为帝，已经因为害怕钱公的兵谏，将同恶分子绑送朝廷，所以钱公不应当再出兵讨伐。”
冬十月初三（丙戌），河东大将李存贞又在梨园寨北打败邠宁兵马，杀了千余人。此后梨园寨兵关闭壁垒，不敢出战。
十月初四（丁亥，《新唐书》作十二月初一癸未；此处以《旧唐书》为准），唐昭宗下制赦免在押囚犯，还专门颁布一道诏书说：“其中有的如同国家柱石，有的位重台省宰衡，有的朝廷委以军权，有的参与各项机密。他们竟然因奸邪的不断诽谤，最终横遭惨祸。伤痛朕的好生之心，嗟叹他们的冤屈之死。大顺（889）以来，所有无罪而被削夺官爵的，一并予以恢复。自杜让能、西门君遂、李周潼以下，全部平反昭雪，还其爵位和官秩。韦昭度前不久位居台司，总是兢兢业业。王行瑜要求成为尚书令，只有他敢于抑制。他沉冤而死，就是因为此事。李磎文章恢宏，出类拔萃，竟然被诬陷朋党，死于非命。凡是有见识的人，谁不为此嗟叹。必须一并予以平反昭雪，恢复官爵。”
唐昭宗接着下敕将太子宾客崔昭纬贬为梧州司马，水部郎中兼知制诰刘崇鲁贬为崖州司户。他又下诏给邠州行营都统说：“邠州节度副使崔鋋，破贼之时千万不要让他漏网。崔鋋和崔昭纬去年结党营私，勾结王行瑜。陷害贤良和忠臣，都是由于此贼。此事必须交付四面行营。”
魏国夫人陈氏才气和美色称冠后宫。十月初五（戊子），唐昭宗将他赐给李克用。
李克用命令李罕之和李存信等人猛攻梨园。城中粮食用尽，守军只好弃城逃走。李罕之等人在路上邀击，杀了万余人， 并攻克梨园等三寨，还俘获王行瑜的儿子王知进及大将李元福等人。李克用于是进驻梨园。十月初七（庚寅），王行瑜的弟弟王行约和王行实烧毁宁州城逃走。李克用奏请任命匡国节度使苏文建为静难节度使，命令他立刻赴任去治理宁州和招抚投降的军民。
同时，唐昭宗从尚书省迁居到修复的大内皇宫。
朱全忠派都将葛从周出击兖州，自己率领大军继后，并于十月二十（癸卯）包围兖州。
同时，杨行密派宁国节度使田頵和润州团练使安仁义攻打杭州镇戍以救董昌，董昌派湖州将领徐淑会合淮南将领魏约共同包围嘉兴。钱镠派武勇都指挥使馀姚人顾全武救援嘉兴，攻破对方乌墩和光福两寨。淮南将领柯厚则攻破苏州水栅。
这期间，义武（即易定）节度使王处存去世。王处存是京兆万年县胜业里人，世代隶属神策军，是京师的富族，家产数百万。他父亲王宗起自军校，经累迁官至检校司空、金吾大将军、左街使，并遥领兴元节度使。王宗善于赚钱，很会利用机会做买卖，所以富比王侯。他也靠懂得花钱成为高贵仕宦，锦衣玉食，家里有书僮奴仆上万。王处存最初任右军镇使，经累迁官至骁卫将军和左军巡使。乾符六年（879）十月，他出任检校刑部尚书和义武军节度使。
翌年，黄巢侵犯宫阙，唐僖宗出逃。王处存号哭累日，也不等诏命，便立即率领本军入援。他派二千人抄近路前往山南卫从御驾。当时守卫河中的李都投降黄巢，而王重荣杀了黄巢派来劝降的使者，和王处存联系，于是二人同盟誓师，进驻渭北。黄巢僣号称帝时，各地的藩镇大多接受他的任命，唯有郑畋守卫凤翔，郑从谠守卫太原，抗拒黄巢。王处存和王重荣首倡义举，并去招太原的李克用一道勤王。很快郑畋就攻破黄巢的前锋，四面都统王铎又从唐僖宗的行在前来，所以各地藩镇翻然改图，纷纷派出勤王的军队。
中和元年（881）四月，泾原行军司马唐弘夫打败黄巢大将林言和尚让，乘胜进逼京师。王处存自渭北亲自挑选五千骁勇士卒，用白繻为记号，夜里进入京城。黄巢的军队已经遁逃。京师民众见到王处存，纷纷拦道恸哭，路上挤满了欢呼的人群。但军人都丢下兵器，争着占据富人的宅第，而很多街坊市井的少年也扎上白繻冒称官军。次日，黄巢侦察到实情，便率军从灞上突袭京师，市民还以为是王师，欢呼迎接。王处存被叛军所迫，只好收军还营。黄巢的叛军因市民欢迎官军而怒不可遏，居然将两市的丁壮七八万集中起来，全都屠杀了。长安城血流成渠。
王处存家在京师，世代深受国恩，因为贼寇未平，御驾出逃，所以每次言及时事，总不免黯然喑呜流泪，诸军都为他感动。他先后派出十批使者去迎接李克用，还和他联姻（他弟弟王邺是李克用的女婿），两人关系特别亲切。收复京师后，王铎评定大功，认为就勤王举义而言，王处存应居首位；就收城破贼而言，则李克用功居第一。王处存于是因功出任检校司空。他后来又派大将张公庆率领三千劲兵，会合诸军到泰山一带消灭了黄巢及其残余，因功成为检校司徒。
田令孜讨伐王重荣时，让朝廷下诏任命王处存为河中节度使。王处存上表为王重荣申辩说：“王重荣无罪，反而有大功于国，不应轻易改任。这样做只会动摇藩镇的军心。”最初，幽、镇两藩的兵甲强盛，而易定位于他们之间，因二镇的侵寇而疲于奔命。当幽州的李匡威得志以后，日益骄横，总想兼并易定。幸赖王处存和太原联姻友好，李克用随时予以救援。王处存也以睦邻为礼，安抚军民，礼贤下士，所以很多士人都来归附，以致有能力抗衡强大的邻镇。他经累加官至侍中和检校太尉。这时（《旧唐书-传记》说九月）他去世，终年六十五岁。唐昭宗追赠他为太子太师，谥号忠肃。
王处存死后，军中推举他儿子节度副使王郜为留后。
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