随着宋教仁遇刺案证据的公布，以及善后大借款违法签字，袁世岂与国民党之间已经势同水火，武力对抗已经不可避免。袁世凯在当政之初即着手与革命派武力对决的军事准备，此时更加快了备战的步伐；而国民党则内部意见分裂，一度举棋不定，在斗争中陷入被动局面。
袁世凯对革命派向来心存戒心，而且信奉实力政治，将军队视为安身立命之本。因此，他在民初当政后，就十分注意扩充军事实力。
1912年8月，袁世凯为了整补北洋各军，一方面密令各军统制，要“一律招足十成，不准缺少一名”；同时为加强对军队的控制，通过总统府军事参议处，传谕镇以上军官：“一、袁总统为北方各军之父母，无论何人，有与袁总统反对者必出死力与之抵抗；二、大总统为统辖海陆军全权，凡我军人，只知有总统，不知其他；三、凡我军人当绝对的服从总统命令”。通过自上而下的控制与灌输，袁世凯进一步树立了在北洋军中的绝对权威。
袁世凯还大量购置军火，充实军备。据海关统计，天津一口输入的军火，1912年为白银272万两，1913年则增加80％，达到490万两。1913年的瑞记第3次借款30万英镑，以及陆军部捷成借款28.8万余元，全部用于订购军火。
与此同时，袁世凯还作了具体战争部署。他将北洋军第6师部署在河南信阳，以嫡系李纯师长任豫南镇守使。并不顾南方革命党人的抗议，将溃退衮州的张勋所部江防军扩编至1万多人，改称武卫前军。又将辛亥时招募的武卫军左翼倪嗣冲部扩充为10营，于1913年初改编为武卫右军，屯兵颖州。精心布置的这3支部队，成为袁世凯监视南方革命派的第一线部队。
随着南方革命党人反袁情绪高涨，袁世凯更明目张胆地作用兵的准备。1913年4月30日，袁世凯在中南海海宴堂召集秘密军事会议。
5月2日，袁世凯任命陆军总长段祺瑞代理总理，内阁成为战时内阁，更增添了战争气氛。
5月3日，袁世凯借西方报纸报道革命党人备战消息为由，发布总统令，矛头直指孙中山、黄兴：“倘如西报所言，奸人乘此煽诱，酿成暴动，则是扰乱和平，破坏民国，甘冒天下之不韪。本大总统一日在任，即有捍卫疆土、保护人民之责，惟有除暴安良，执法不贷。”
5月6日，袁世凯又召开第二次秘密军事会议，决定了作战总方略，将重点首先放在江西、江苏、安徽、湖南一带。5月12日，李纯奉密令开始行动，派遣其所部第6师全数开至湖北蕲春、武穴、田家镇、兴国一带分段驻扎，以控制九江、安徽方面。随后，北洋第2师于5月底自保定南下，进驻湖北孝感，作为第6师的后援，并监控湖北形势。同时命令段芝贵、冯国璋率部南攻。另外，驻上海一带的海军舰队被北调烟台。至此，完成了作战的兵力调配。
袁世凯还深谙合纵连横之道，他通过各种手段，争取到东北、西北、西南各省的支持；原先革命派占一定优势的浙江与四川，在袁世凯的软硬兼施之下，逐渐倾向于袁。
武汉作为战略要地，鄂督黎元洪的态度至为关键。袁世凯于5月拨给湖北“军饷”100万元，进行拉拢收买。黎元洪一再表示“唯知服从中央”，向袁世发出效忠电。从而在对革命派动武的前沿地带撬开了一个重要缺口。
在摆好阵势后，袁世凯开始摊牌，5月21日，他让梁士诒、段芝贵传话，恶语指责孙中山、黄兴：“现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。”并威胁说：“彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。”
面对袁世凯的步步进逼，国民党内部却意见分歧，步调不一。
1913年3月25日，孙中山自日本返上海，连续召集国民党领导人开会，讨论形势及应对之策。
孙中山坚决主张诉诸武力，认为“袁氏手握大权，发号施令，遣兵调将，极称自由。在我惟有出其不意，攻其不备，迅雷不及掩耳，先发始足制人。且谓宋案证据既已确凿，人心激昂，民气愤张，正可及时利用”。
孙中山的武力讨袁意见，虽然得到国民党内如戴季陶等部分激进派的支持，但以黄兴为代表的相当一部份人却有所顾虑，认为“袁世凯帝制自为的逆迹尚未昭著，南方的革命军又甫经裁汰，必须加以整备才能作战”，因而“主张稍缓用兵，以观其变”，认为“法律讨袁”更切实际。
而在国民党实际控制的南方各省中，江苏都督程德全、福建都督孙道仁本系旧官僚，政治态度依违不定；广东都督胡汉民、湖南都督谭延闿主张慎重行事。只有江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚主战。
由于国民党从中央到地方，意见分歧，因而无法做出武力讨袁的决断，难以形成整体力量。4月、5月，孙中山在上海先后召集两次秘密军事会议，虽然皖、赣两省在军事上有所布置，但毕竟力量有限。
而黄兴等人主张的“法律讨袁”，在袁世凯的强权之下，则根本不起任何作用。
袁世凯调兵布阵，老谋深算，因而有恃无恐；国民党虽据道义的优势，却对袁世凯无可奈何。而且国民党内部意见不一，面对袁世凯咄咄逼人的进逼，完全处于被动地位。两相对比，也就决定了“二次革命”的失败命运。
