老人接种后流行
CDC在本周《发病和死亡率周报》里报道了发生在肯德基州一家已基本完成了接种辉瑞疫苗的老人院里由一个所谓R.1变种新冠病毒引起的疫情。该院总共有83位老人，75位完成了接种，占总数的90.4%，116 医护人员，61人完成接种，占总数的52%。
疫情由一位没有接种的医护人员带进去的，该人并没有症状，是在定期检查时发现的，在他被检出后的将近一个月里，疫情在老人和医护人员中传播，先后有46人感染，其中老人是22人，16人完成接种疫苗已经有两周了，2人完成接种不到两周（未用于统计分析），6人未种。医护人员是20人，4人完成接种疫苗已经有两周了，16人未种。
CDC的科学家们对这些资料进行了的分析，将老人和医护人员分开计算接种和非接种人感染，有症状，住院和死亡的发生率（attack rate），相对风险（relative risk, RR)，和保护率（疗效, vaccine effectiveness）。结果发现，不管是老人还是医护人员，未接种人比接种人总得感染率不仅要高（3－4倍），还更易有症状出现（7－8倍），说明疫苗对感染和发病都有保护作用。
此外，在病情比较严重老人中，接种疫苗的老人需要住院治疗的比率也小于未接种的老人，分别为3%和50%，在死亡的3个人中，有1个是接种的，2个是非接种的，尽管这些人数比较少，但也和以前在大样本中观察到的疫苗能够保护接种者不患重症和免于死亡的的效果一致。
不过和在普通人群中观察到的效果相比，对发生感染的保护率似乎低了很多，只有70%左右，这可能和变种让疫苗效果下降，病毒的感染性更强以及在老人院这种比较容易发生交叉感染的封闭环境有关。
尽管如此，保护率还是相当高的，相当于AZ，JJ或者中国疫苗对没有特别突变的毒株的效果。在文中，CDC的科学家们强调了医护人员接种的重要性，因为接种可以大大降低感染率，如果首个感染的医护人员接种了，可能就不会有这场疫情。
这个R1变种最早是在2020年10月底在美国德州发现的，于2020年11月底在日本病人身上也测到了，在两个国家都不是主要变种，在美国仅占0.15%，在日本也只有1%左右。
这个变种的特征就是在关键的刺突蛋白里有几个突变。在日本和美国（CDC报道的）检出的有四个。另外，在其它三个区段也有一至多个突变：
刺突蛋白（美日）： E484K, D614G, G769V, and W152L
膜蛋白（美日）：F28L
核衣壳蛋白（美日）：S187L, R203K, G204R and Q418H
ORF1ab （美）: A2584T, P314L, G1362R, P1936H
ORF1ab （日）:T4692I，N6301S，L6337M，I6525T
总的来看，流行在美国和日本的两个病毒除了在ORF区段突变不同外，在刺突和其它两区的突变都一样，说明它们都是R1变种，但是两个不同的群（clusters），在系统发育树上处于不同的位置。
在所有的突变中，刺突上的突变最有生物学，医学或者流行病毒意义，这是因为刺突是病毒感染人细胞的关键部分，它是病毒和人细胞上的受体结合进入细胞的关键，因此，也是所有新冠疫苗的靶物，刺突上的突变很容易引起病毒感染力和对疫苗敏感性的改变。
有的突变譬如说E484K（在484位点上的谷氨酸E被赖氨酸K取代）也存在在其它变种即南非和巴西变种中，会让这些变种对疫苗产生耐受，还有一个D614G以前也在其它变种中出现，被认为可以提高病毒的感染力，这种突变的组合，除了能够加速病毒在人群中的传播外，还让疫苗的威力下降，让病毒更危险，
CDC说这个变种以前没有引起他们的注意，因为在美国比较少。 这次是他们第一次对这个病毒进行深入分析，从报告中可以感到他们已经知道其厉害，估计以后会更加留意，继续观察它是否会成为更大甚至主要的变种，或者是继续突变形成一个感染力特强，又能让疫苗无效的超级变种。据说德州有科学家发现了一个让疫苗失效的变种，不知是否和这个有关。
虽然在RNA病毒中新冠病毒突变算慢的，但毕竟是RNA病毒，也会频繁地发生突变。流行的时间越长，地域越广，治疗药物或者疫苗越多，突变就会越多，这会给控疫带来越来越多的麻烦。
现在最重要的是看人类能否在超级变种出现之前，在全世界范围内广泛接种疫苗，形成群体免疫，把这场烈火一样的疫情给彻底扑灭。不然，即使某个国家譬如以色列，智利或者美国能够建立群体，疫情会继续在其它地方泛滥，病毒会继续在那里突变，一旦形成了超级变种，疫情就会卷土重来，可谓是野火烧不尽，春风吹又生。
https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/pdfs/mm7017e2-H.pdf
