关于毛远新退出，王飞、江腾蛟替补
总政林彪案办公室报告：陈伯达罪行主要与江青案有关，建议移交江青案。江青案起诉组表示难办，经过协调，还是接受了陈伯达。考虑到“两案”平衡，一案5人，江青案是王张江姚陈，林彪案是黄吴李邱毛（远新）。
张耀祠回忆：1976年9月29日晚，华国锋主持中央政治局会议，江青要求安排工作。华国锋在会上念了毛远新写给他的信，大意是我是主席联络员，是从辽宁来的。主席现在去世了，我没事可做，是留在北京还是返回辽宁，我觉得返回辽宁好。华国锋、叶剑英都同意，王张江姚则说他应该留下。10月6日20点30分，我（张耀祠）和武健华闯进毛远新在中南海的办公室，对正在看电视的他宣布：“华国锋总理电话指示，党中央决定对你‘保护审查’。为了你的安全，要换一个房间。现在你把文件柜钥匙和手枪交出来，……”毛远新说：“主席尸骨未寒，你们就……”我们强行收缴了他的钥匙和手枪，才去逮捕江青。
毛远新被囚四年后得知成了主犯，他给华国锋写了两封信，强调他连十大候补中央委员也不是，只是1975年取代王海容（毛泽东侄孙女、外交部副部长）、唐闻生（外交部美大司副司长），被毛主席指定为中央政治局联络员。“你们为什么不审判路线制定者？我只是路线执行者，不应该由我担责。如果一定要把我列为主犯，我要在法庭上说明一切。” 这是特别法庭不愿意看到的，主犯名单中删去了毛远新。
1979年10月17日，根据中央“两案”领导小组指示，鉴于在侦查中没有发现黄吴李邱与《“571工程”纪要》、“两谋”有关的罪证，需要从“小舰队”中定一个主要人物受审。经总政林案办商议，在主犯中增加王飞（空军副参谋长兼空司办公室主任）。
1971年5月，毛泽东叫与他跳舞的刘素媛（空政文工团歌唱演员，后任空政文工团革委会主任）捎给王飞三句话。大意是：时局不稳，风雨飘摇，以后就好；掏干池中水，最后抓大鱼；文化大革命还是搞的，继续革命，（跟林家）划清界限。王飞没有表态。王鲁宁（王飞大儿子、空13师飞行员）回忆：父亲心里很不是滋味，他请示空军领导，多管别的工作，计划把全国各地机场跑一下（躲开北京这块是非之地）。在林立果商量攻打钓鱼台时，王飞百般推托，明显往后缩，并提出要林副主席召集会议。叶群发火了，专门给王飞打电话“抽鞭子”。王飞是山东人，抗战干部，而江腾蛟是湖北黄安人，红小鬼，11岁就当了红军机要员，1955年被授予少将军衔。无论资历，还是“积极性”，江腾蛟在林立果眼中都排在第一位，“杀毛”的几种办法就是他想出来的。可是特别法庭为什么不把江腾蛟列为主犯，而把“往后缩”的王飞当主犯呢？
1980年6月，秦城监狱紧急报告，王飞出现精神病症状，念叨空军某某贪污卖报纸的公款……。经诊断，王飞患上精神分裂症。史洪义（吴法宪预审组组长、空司办公室副主任）审过王飞一次，问了一个钟头，他一句话也不说，脸变了形，好像有精神病，被关进安定医院。王飞说他确实出现过幻听幻视，感觉满屋苍蝇一下子全飞到痰盂里，耳朵里有两个小人吵架……。他被绑在安定医院的床上三个月，以后又被关进监狱，直到2014年他去世，取保候审超过33年。王飞不认为自己有精神病，他得知自己成为主犯后，与毛远新一样，也表示要在法庭说出真相。林案办公室再次紧急换人，将由军事法院审理的江腾蛟“升”为主犯，以此造成集团犯罪的效果。
林立果身边有两位军级干部，一位是王飞，一位是江腾蛟。毛泽东对这两个人都很关注，但态度截然不同，“拉”王飞，“打”江腾蛟。据知情人说，江腾蛟担任空4军政治委员时，基本不管军里工作，专门跑上层关系。1965年吴法宪陪叶群在江苏太仓县搞“四清”，江腾蛟借看望吴法宪为名，与叶群拉上了关系。林彪在苏州疗养，江腾蛟每逢周日就去苏州、太仓送礼。1966年冬，叶群托江腾蛟照看林豆豆和还是北京大学物理系学生的林立果。1967年2月8日，江腾蛟亲自把林豆豆、林立果送回北京，不久他升任南空政治委员，带头造许世友（南京军区司令员）的反，并给聂凤智（南空司令员）戴上“反党野心家”的帽子。毛泽东派张春桥接躲进深山的许世友回南京，江腾蛟则受到毛泽东的严厉批评。1968年4月29日，中央军委改组南空党委，江腾蛟被免去职务。刘素媛与毛泽东跳舞时说：我在空军大院看见江腾蛟，他说是你叫他来北京的。毛泽东说：我没叫他来，这个人很坏，不能重用。刘素媛立即报告吴法宪。毛泽东当面对林彪、吴法宪也讲过“江腾蛟不能重用”。吴法宪不敢让江腾蛟出任空政主任，给他一个空政党委书记的头衔，这个党内职务不用上报毛泽东。江腾蛟给林彪一家先后写了20多封效忠信，一再表示“是首长和主任救了我。”“没有首长，就没有我的一家和我的一切。”
表面看合情合理，但蹊跷的是，毛泽东为什么对一个少将军官如此憎恨，至今仍是一个谜。律师为江腾蛟辩护了四条，说他与主犯林立果有一定区别，且交代罪行较早。1971年9月14日，他在还不知道林彪摔死的情况下领导找他谈话时就主动交代了自己的罪行，写了“谋害毛主席阴谋案件”的交代，也主动地揭发了其他案犯的罪行，对查清本案起到了一定的作用，请求法庭在量刑时予以从轻考虑。公诉人沈家良表示没有异议。
“杀毛”只是议论，并未付诸行动，但在那个年代仍是重罪，有十个头也要砍下来。宣判江青死刑时，邱会作注意到旁边的江腾蛟脸变了色，有些慌张，当听到他只有18年有期徒刑时，紧张的神情松弛了。鲁珉（空司作战部部长）因为不愿意接受“杀毛”的任务，由当医生的妻子用眼药点红了眼睛，住进空军总院，且最先揭发。李德生（中央政治局候补委员、总政主任、北京军区司令员）说：鲁珉的交代是对清查的一个重大突破。但鲁珉仍被判刑11年，而积极出主意“杀毛”的江腾蛟仅比他多判了7年，这不是很奇怪吗？
1981年7月15日，公审后的吴法宪、邱会作、江腾蛟、王洪文合监，允许他们交谈。邱会作单独与江腾蛟在一起时曾质问他：为什么做出伤害天理的事，谋害毛主席？还往我们身上栽赃！死有余辜，应当判死刑，立即执行。江腾蛟说：“我只在预审阶段说了一次瞎话，把林立果要我搞张春桥、姚文元，被他们逼得说成是要搞毛主席。搞专案的人说，这样承认下来可以有两方面的解释，也可以解释是对‘四人帮’的。即使承认了想对毛主席，也不要怕，专案组有权力为我说清楚问题，这样可以宽大处理我。我被逼得走投无路，不得不那样啊，他们好厉害呀……我要把那个‘供认’改过来，但现在毫无信心，因为那个东西就是办案人搞的。以后我会说出真相，好在我的事情，王飞、胡萍、李伟信都是证人。”邱会作是“两案”主犯中第一个保外就医的，他临走叮嘱江腾蛟一定要把“谋害”的问题说清楚，把真实历史留给后人。江腾蛟承诺一定能做到，但是他食言了。
邱会作看过李德生、鲁珉等人的回忆以及“两案”报道，发现江腾蛟说了谎话。江腾蛟并不是在预审中，而是在特别法庭亲口承认他要“杀毛”，且没有公开纠正。所以，邱会作在回忆录中，详细记述了王洪文的“痛苦难忍”，吴法宪的“假交代”，而对江腾蛟，只有一句“有苦难言”。邱会作知道很快会放自己，但并没有把握，只有到放的那一天才能算数。他想无论如何不会放了江腾蛟，他是凶手嘛。但江腾蛟却表示他出去没问题，邱会作很是疑问，好像对他早有承诺，显得胸有成竹。有意思的是，空军涉及“九一三”事件的14名案犯中，12人承认有罪，但强调上当受骗。只有江腾蛟和李伟信不承认有罪。在押犯中，也只有江腾蛟、李伟信等人供出若干情况。
1980年李燕平（江腾蛟妻子）携8名子女给总政“两案”办公室负责人写信，认为“关于对江腾蛟的处理，最后到了这样的地步，的确出乎我们的意料之外，而且我们相信，也完全出乎江本人的意料。”同时强调“对党的政策比较相信”，“他主动坦白交代自己的一切罪行，积极检举，协助中央审查工作的进行……”此信被收入《审判工作简报》第40期，军委主席、副主席均可以看到。对李燕平信的重视程度令人吃惊，江腾蛟和家人怎么可能对审判结果出乎意料呢？“杀毛”本是重罪，在那个年代没有枪毙就谢天谢地了。看来只有一种解释，江腾蛟的立功行为不仅仅是坦白交代。
负责公诉江腾蛟的检察官图们也不可思议，毛泽东下令对江腾蛟不可重用，为什么对一个少将如此忌讳？图们的面色很难看，这几乎影响了江腾蛟的情绪，他不断变换坐姿。江腾蛟是5名主犯中唯一的实际参与“两谋”的组织领导者，他无法辩解，但又不能不说曾有的委屈。他两次供认“林彪手令”字体不像，并辩解林立果、周宇驰（空司办公室副主任）提出“杀毛”时，他是不赞成的，有时提出反面意见……江腾蛟似乎还想说什么，但他实在没什么可说的，嘴嗫嚅半天，只说“希望早点处理，交来出去好为党工作。”江腾蛟没有想到成为主犯，他对律师王舜华、周奎正说他认罪，并相信党中央和最高人民法院会作出恰如其分的结论……不知道为什么，图们认为江腾蛟犯罪内容单一。更有奇怪之处，江腾蛟是被公安部列为“政策的兑现者”保外就医的，安排在太原市，房子、生活、医疗都享有特别待遇。据知情人说，江腾蛟对林彪好，对毛泽东更好。江腾蛟后人说，历史将证明江腾蛟是忠于毛主席的，为党中央、毛主席受什么冤枉都可以。
成立“两案”审判指导委员会
1980年1月25日，第三次全国“两案”审理工作会议召开，根据邓小平“判刑要少，开除党籍、军籍要严”的指示，把第一次会议拟定的108名中央直管干部，减到43人，又减到38人。在彭真主持下，反复审议依法审判的人数。王鹤寿提议，彭真同意，最后报请中央决定，特别法庭只审判10名主犯，其他案犯由各地方法院和军事法院审判。
3月17日，胡耀邦在中央书记处会议上说：我同意王鹤寿同志说的这个案子要多从历史的角度去考虑。判谁不判谁，书记处定不了，报政治局才能定。彭真同志挂帅……
3月19日，中央书记处根据政治局常委的意见，提出审判方案，一、正式确定按“集团”进行审判。二、起诉书、证据要确凿，站得住脚，传到子孙后代也推翻不了。三、从现在起搞好预审，让被告讲话、申辩，从中摸清他们的思想情况，以便有的放矢。四、起诉前起诉书要发给被告，争取被告不仅自己服罪，而且出来作证。五、根据中央的建议，成立“两案”审判指导委员会，由彭真、彭冲（中央书记处书记、中央政法委第一副书记）担任正副主任，江华（最高人民法院院长）、黄火青、赵苍壁（公安部部长）及王鹤寿、杨得志（总参谋长）等同志参加。六、组织特别法庭进行审判，针对这些案犯掌握党和国家的最高机密，不公开审理。4、5月准备，6月初审判，7月底五届人大三次会议前结束。开庭审判时发一条简讯，审判后公布结果。由各界人士担任审判员。林彪案由军事检察院起诉，江青案由最高人民检察院起诉。怎么审判，中央书记处再讨论一次，交政治局审定。 “两案”审判指导委员会最终确定七人：彭真、彭冲、伍修权（总参副总长、特别法庭副庭长、第二审判庭庭长）、王鹤寿、江华、黄火青、赵苍璧。彭真最后说：“起诉书应当以证据做后盾，以预审做基础。四道程序把关，公检法是三道关，中央领导小组是第四道。现在的起诉书（草稿）不能拿出去，要把罪行列出来。……有不少是路线问题，我们是审理罪行的，路线问题我们管不着，公检法没有资格审查党的路线问题，也不应过问这件事……”
3月30日，全军“两案”审理工作会议召开。林彪案97名被告，其中空军37人。他们羁押时间长，材料分散在中央专案组、中纪委二办、军委办公厅各处，几经易手。经各单位查对，69人被处理出部队，3人下落不明，还有25人仍由部队管理。史进前紧急布置，4月底前形成审判方案初稿。一审终审，拟用“中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭”。建议军事法庭由13人组成，拟请杨得志或粟裕（军事科学院第一政委）、韦国清任庭长，史进前等四人任副庭长。审判人员拟在总参、总政、总后、海军、空军选定。拟以最高人民检察院的名义起诉。并由12人出庭支持公诉，建议由黄玉昆任首席检察员，曹广化、于克法（军事检察院副检察长）任检察员，其他检察员也从各大单位选定。林彪案被告拟定25人，一次审理或分两批审，考虑了两个方案。不会公开审理。最后宣布判决时，拟组织万余人参加大会……以上方案，在中央批准同意后，由有关单位报请全国人大常委会做出法律规定任命。
彭真指示：审判指导委员会下面设审判工作小组。这个工作小组既是“两案”审判指导委员会的办事机构，又是中央政法委员会的办事机构。审判工作小组下设两个办公室，凌云（公安部副部长）兼江青案办公室主任，郝苏（军事法院院长）任林彪案办公室主任。中央政法委员会、公安部、最高人民检察院、最高人民法院、总政治部、中纪委二办、司法部、中组部、中宣部、新华社、广播事业局、国务院机关事务管理局，以及各省、市有关负责人联合办公，召集人刘复之（中央政法委员会委员、秘书长）、凌云，后增加洪沛霖（江苏省副省长、江苏省公安厅厅长）。
彭真、彭冲审定审判工作小组成员为：刘复之、凌云、洪沛霖、于桑（公安部副部长）、朱穆之（中宣部副部长）、曾汉周（最高人民法院副院长、特别法庭副庭长）、江文（最高检刑事检察厅厅长、江青案起诉组组长）、冯基平（国务院副秘书长）、史进前、王芳（中共浙江省委副书记）、卫之民（黑龙江省人大常委会法工委副主任）、姚伦（公安部预审局局长）、王汉斌（全国人大常委会法制委员会副秘书长兼办公室主任）、郝苏、王照华（中组部秘书长）、陈卓（司法部副部长、“两案”律师组组长）、穆青（新华社副社长兼总编辑）、高富有（国务院机关事务管理局副局长）。公安部六个预审组，其中第五预审组负责审讯毛远新。
