马里亚纳群岛陷落后，日本“绝对国防圈”已被冲破，海空军实力基本耗尽。此时日本海军主要军舰仅165艘，88万吨；而太平洋上美军却有791艘，352万吨。但日军大本营仍负隅顽抗，将精锐的关东军6个师团调往菲律宾，并调集海军全部主力，企图在菲律宾与美军决战，代号“捷1号”作战。 1944年8月，日军大本营将在菲律宾的第14军升格为第14方面军，将号称“马来之虎”的山下奉文大将调去担任司令官。同时，从关东军、中国派遣军和朝鲜军调遣精锐师团进驻菲律宾。除第16师团驻防莱特岛外，1944年7月，日军将关东军第8师团（原驻黑龙江绥阳）和第2坦克师团调往菲律宾吕宋岛。同年7月，将中国派遣军驻山西大同的第26师团派往吕宋岛，驻马尼拉附近（后前往莱特岛）。此外，日军在菲律宾还先后组建了第30、100、102、103、105师团。至8月山下奉文接任时，在菲律宾的第14方面军已有9个师团、3个旅团，23万人。此外在吕宋岛还有第4航空军6万人，海军7.5万人，补充兵员3万人，合计约40万人（《马来之虎——山下奉文》，第216－217页）。 但这还不是在菲律宾的日军全部。1944年9月22日，关东军第1师团（驻黑龙江北部的孙吴）调往菲律宾。11月，关东军第10、23师团和朝鲜军第19师团也调往菲律宾（朝鲜军的第19师团也参加了“关东军特别大演习”，与第20师团一样，也被视为关东军部队）。第10师团就是1938年进攻台儿庄的部队；第19、23师团是日军中仅有的与曾与苏军作战的师团（第19师团在张鼓峰，第23师团在诺门坎）。第19师团是驮马编制，2.8万人；第1、10师团是摩托化编制，2.44万人；第23师团是日军中唯一的机械化师团，2.6万人。加上这4个关东军师团，以及其他特种部队，从东南亚返回本土途中滞留菲律宾的人员，日军正规军在菲律宾共57万人。连同动员的武装日侨，在菲律宾的日军总计达63万人，是日军在太平洋上最大的一个战略集团。 进攻菲律宾的美军，是麦克阿瑟指挥的西南太平洋部队，陆海军总计达50万人。登陆莱特岛的部队为第6集团军，下辖5个师，20万人。海军第3舰队主力是第38特混舰队，有17艘航空母舰、6艘战列舰、17艘巡洋舰和58艘驱逐舰；第7舰队有738艘舰艇，包括18艘护航航空母舰、6艘战列舰、11艘巡洋舰、86艘驱逐舰、25艘护航驱逐舰。10月20日，美军登陆莱特岛，在岛上的日军开始仅有第16师团，根本无法抵挡，被迫退往内陆（根据日本厚生省的资料，第16师团共有13778名官兵参加了莱特岛战役，其中战死13158名，幸存者仅620名。师团长牧野四郎中将也被击毙）。 日本海军倾其全力，出动64艘、66万吨军舰（4艘航空母舰、9艘战列舰、20艘巡洋舰、31艘驱逐舰），从10月23－26日，以莱特岛为中心与美军第3、7舰队进行了长达4天的激战。 莱特大海战，世界上最大的一次海战，战场以莱特岛为中心南北达1000多海里，东西500多海里，双方投入航空母舰39艘、战列舰21艘，巡洋舰47艘，仅驱逐舰以上大型军舰就有300多艘，舰载和岸基飞机2000多架。日军被击沉航空母舰4艘，战列舰3艘（含7万吨级的超级战列舰“武藏”号），巡洋舰9艘，驱逐舰9艘，计30.6万吨；美军损失航空母舰3艘，驱逐舰3艘，3.7万吨，不及日军损失1/8。 尽管海战惨败，日军大本营仍不改决心，重兵增援莱特岛。适逢菲律宾正是台风季节，连下40日暴雨（860毫米雨量），尽管美军在岛上已夺取5个机场，仍由于山洪暴发和泥浆遍地而无法使用。日军趁机将第1、26师团和第68旅团等部通过南部的奥莫克湾送上莱特岛。这个第68旅团并非等闲之辈，而是关东军以陆军公主岭学校教导队为基干编成的精锐部队（服部卓四郎：《大东亚战争全史》，商务印书馆第3卷，1277页），堪称精锐中的精锐。经增援，岛上日军已达7万人。但到了11月中旬天气略有好转，美军破译日军密码，获悉日军有一支运输船队从马尼拉驶向奥莫克湾。11月11日拂晓，载运日军第35军直属部队和第26师团一部共1万人的5艘运输船遭美军347架飞机的袭击，炸沉全部运输船和4艘驱逐舰，日军1万人几乎全部淹死，军用物资也全部损失。莱特岛上的日军在海上运输线被切断的情况下，尽管顽强奋战，特别是第1师团第57联队在利蒙附近高地50天的战斗中重创美军第1骑兵师和第24师（我们在朝鲜战争中很熟悉美军这两支部队），以致美军称为“断颈岭”，但日军弹尽粮绝下终于崩溃，第57联队仅余200多人。第1师团是日军中最老的师团之一，号称精锐的“玉”师团，共有1.5万人登陆莱特岛，生还者仅743人。1945年1月中旬，莱特岛战役结束，岛上日军死亡6.8万，美军仅死亡3500人（总伤亡1.2万人），只有日军1/20。日军在莱特岛上的第35军所属的第1、16、26师团和第68旅团全军覆没，这是太平洋战争以来日军第一次在一场岛屿战中就被歼灭3个师团兵力。日本首相小矶国昭曾宣称“莱特岛之战是日美战争中的天王山”（天正十年，军阀羽柴秀吉和明智光秀在山崎交战，占领天王山为胜败关键）。至战败后，小矶故作镇静，又宣称“天王山之战已由莱特岛向吕宋岛转移”。日本民众因此嘲笑说：“听说没有败，只是天王山移动了”。一时传为笑柄。 1945年1月9日，美军第6集团军19万人登陆吕宋岛仁牙因湾，掩护舰艇达850艘。由于日军顽强抵抗，美军进展缓慢。麦克阿瑟于1月底将第8集团军投入战斗，并投入第11空降师断敌后路，很快就将掩护仁牙因湾至马尼拉的日军第19、23、103师团、第2坦克师团和第58旅团等部击溃，于2月4日冲入马尼拉。防守马尼拉的是日本海军人员约2万人，经一个月巷战全部被击毙。日军主力退入山地丛林，病死饿死者超过战死者10倍以上。据幸存的日军回忆，当时患上登革热、烂脚病的人，就等于被宣判了死刑。“回归热”更是热带丛棘中最可怕的一种疾病。患者周期性地持续高烧，初次发烧一般七天，又歇七天；然后第二次发烧五六天，又间歇五六天；再第三次发烧……周而复始，将人折磨得死去活来，同时间歇时间越来越短，发烧越来越频繁，故名“回归热”。不知有多少日军被“回归热”反复折磨，熬干气血，在已无人形时悲惨地死去。饥饿，是更大的敌人。渗入丛林的数十万日军官兵，成为与丛林中的动物竞食的一股可怕力量。他们似一群大蝗虫，所过之处，树皮、草根皆遭殃，飞禽走兽纷纷落荒而逃。日军甚至还自相残杀，吃掉战友的尸体！据士兵荻原长一回忆，他曾来到某个岩洞，受到3个军士的 “款待”，给他吃了一种味道独特的熏肉。获原等人狼吞虎咽地吃完那些熏肉后，好奇地询问这是什么肉。那个伍长淡淡地说：“我们在同类相食呢！”曹长补充道：“把不能行走但还有一口气的战友的躯体就那么扔在那里，让蛆虫、野兽暴食，怪可惜的……所以我们自己享用了！”荻原一行听罢，不禁翻肠倒肚。后来才知道，被这几个人吃掉的，并不是他们所说的与他们素不相识的海军人员，而是与他们同一分队的朝夕相处的战友，而且都是同乡。在一个已经塌顶的小窝棚里，还横陈着5具士兵的尸体。尸体的大腿肉已被剔去，仅剩下白森森的股骨和肱骨。窝棚不远处，有四个士兵围坐在篝火旁烤食着人肉。一名少尉带领一个分队路过这里时，这四个士兵加入了这支队伍。几天后，这四个士兵杀掉了熟睡中的少尉，除骨头外，包括脚掌底下的皮都吃得干干净净（以上见《骷髅的证词：52万大军化作白骨》）。这就是日军在菲律宾失败的惨状。 如前所述，据《日本陆海军事典》统计，日军在菲律宾就战死陆军36.87万人，海军11.79万人，合计48.66万人。加上军属，共计死亡51.8万人（而据大冈升平所著的《莱特战记》称，日军在菲律宾的战斗人员死亡总计达55万人，非战斗人员死亡4万人）。
