《四库总目提要》评价颜元：“其说于程、朱、陆、王，皆深有不满。盖元生于国初，目击明季诸儒，崇尚心学，放诞纵恣之失，故力矫其弊，务以实用为宗。然中多有激之谈，攻驳先儒，未免已甚。又所称打诨猜拳诸语，语气亦叫嚣粗鄙，于大雅有乖。”虽然有失公允，但也道出了部分事实。
现代人研究颜李学派，常常要探索其哲学思想，大概是想把颜元的思想提高层次。但是根据颜先生的思想，他应该是反对哲学的，不可能同意从哲学角度分析他。纵览颜元一生形迹，是一个充满原始勇武精神能量的社会中下层人，在试图融入传统的文化圈时，痛苦地发现其中蕴含的高度弱质文明与自己本身的精神世界格格不入，便转而批判那个曾经让他非常尊崇的文化高峰，并竭力在身心各方面与旧文化圈彻底划清界限，以干粗活、拉粪车、练拳脚、走四方的苦力形象，在自命清高的学术界中凸显另类。他仿佛故意要把一缕不协调的泥土气息吹进封闭的熏香圣殿，以粗豪鄙视文雅，就像穿着破衣傲然出席豪门盛宴一样，从而创立了一种保留质朴情感精神的新文化思想。他由孤苦身世和豪侠情结导致思想激进，向当时学术界的主流全面发动猛烈攻击，是思想史上的猛士，是明末清初特立独行的学者。这也是他的魅力所在。
任何一个时代，都面临着三大问题：如何评价前代，如何看待当下，如何展望未来。一般人（相当于现在的网民）多会倾注较多的感情色彩，而能够理性分析论述的往往是更加敏感的学者。颜元属于融入了大量感情因素的后者。
明清时期，皇帝需要的是能够麻痹人心的武器，所以钦定程朱理学为统治思想，以便掌控人心。朱元璋一上台，就要求太学以朱熹学说为标准，非四书五经不读，非宋儒理学不讲。朱棣时，有人上书，批评理学，逐侄篡位的恶人竟然大怒，斥为“此德之贼也！”，下令痛打一顿，悉焚其书，令“无误后人。”由于朱熹的思想是科举考试的依据，所以对缺乏独立性的大多数读书人影响极大。据记载，连明末农民起义的首领之一琉璃滑听到秀才念文章没有把朱熹的名字避讳，都会断为假秀才，足见朱熹的影响力是何等深入。
明末清初的社会环境，在中国历史上不算特殊，和宋末元初相似。主流民族和文化的政权被颠覆，代之以异族更为严酷的统治。那时的学者主要采取不合作方式消极抵抗，并没有把矛头直接对准专制制度，顶多顺带提出限制君权（黄宗羲），或推出近似现代的国家观念（非一家一姓的天下），主张“众治”（顾炎武）。更多的学者避免涉及社会政治，如李二曲就告诫弟子不要评点官吏。颜元也不例外，除了提出“天地间田，宜天地间人共享之。”认为行政的第一义是“均田”，有向满清圈地暴行挑战的意味外，其思想锋芒主要指向社会中坚士大夫文人以及道统、学统。
汉代以来，中国的学术传统主要有两条：“其一，记诵古典而加以注释或考证，谓之汉学；其二，从道家言及佛经一转手，高谈心性等哲理，谓之宋学。”（梁启超）宋学也叫理学，分为程、朱和陆、王两派，程朱主张读书格物穷理，陆王则进一步向内发展心学，强调认识“良知本体”。两派都以静坐收心为基本功。宋明学者非属程朱，便归陆王，还有企图调和两派的。明末清初的有识学者，大多从当时知识界中看到，本应肩负救世拯民重大责任的士大夫阶层空谈误国，腐朽无能，不是在内外交困的危局中依然昏头胀脑地争论“闲是闲非”，“但营门户，不恤国是”，就是“愧无半策匡时难，唯有一死报君王”。所以对主宰人们思想的程朱理学多有批判。
颜元自小失怙，性格独立，曾要求学生“坚定骨力，流言不惧，笑毁不挫，方能有成。”“立论但言是非，不论同异。是，则一二人之意见，不可易也；非，则虽千万人之所同，不随声也。岂惟千万人，虽千百年同迷之局，我辈亦当以先觉觉后觉，竟不必附和雷同也。”这其实是他自己性格的写照。这种独立精神或性格，是他创立新学派的重要条件。
习斋反对理学，其勇气之大，相当于文革时高叫“去毛化”。他不仅深恶程朱，而且对陆王也不满，并向从汉学和宋学衍生出来的三大学术领域：考据、义理、词章全面发起猛烈抨击，连带着对整个士大夫阶层失望透顶。他所使用的批判语言溅血透骨，振聋发聩，极具挑战性，不但当时无出其右者，今天仍然可以感受到其犀利程度削铁断金。所以，他的学生说，颜先生“开二千年不能开之口，下二千年不敢下之笔。”
颜元的作法，有点像文革中说的“打着红旗反红旗”，或“批判修正主义”。他认为理学不是真正的孔孟之道，而是混合佛道的旁门。“丝毫之礼乐不行，全幅之僧道自任，而犹腼（原本为左面右见，无字，故代）然以孔子自居。”必须“去一分程朱，方见一分孔孟。”骂得相当解气，摈弃得十分决绝。
