耶稣被钉十字架以后，基督徒经历了罗马皇帝尼碌(54-68)和多米田(81-96)两位皇帝的迫害。主后100年到300年是罗马帝国政策多变的时代，皇帝不断交替。有迫害基督徒的，也有采取宽容政策的皇帝。173年一些孟他努派的基督徒打着基督教名义，反政府。罗马皇帝奥勒留掀起大规模地反基督教运动，游斯丁(Justin Martyr)第一位护教者，原是异教哲学家，归信基督教后他奉献余生，用口和笔为基督教辩护。主张基督高于哲学，是最高的智慧。他亲自证明自己学哲学到头来一无所获，一直到信耶稣才得满足。皇帝奥勒留可不是一般人，他是一位哲学家，著有<<沉思录>>，奥勒留在一定范围内挑起了对基督徒的迫害。Justin就是在他在位时殉道的。爱任纽(Irenaeus)法国里昂主教这时创立了教会机构，他的名言“基督选了门徒，门徒选了主教，主教选了后续者”这时教会从组织上有原来的“个人魅力”方式，转变成有一定的组织结构。一世纪圣灵可以通过保罗说话，大家遵从。但是到了第二世纪信众听到主教的话和现实不复合时就静默了，教会组织起到统一作用。
奥利根(Orgen)一位北非亚历山大城的学者，从小立志跟随耶稣，为此自庵，专心探索隐藏的真理，提出了既然上帝爱人，那么人人最后都能得到上帝救恩的理论。这显然和圣经里教导的有些人要去地狱矛盾，晚年他被打成异教徒，254年殉道。另一位北非基督徒特土良(Tertullian)就极力反对基督教与属世相交，他认为基督徒不应该参与任何公共事务，基督徒经过洗礼，应该有更高的道德标准。他的基督的位格，三位一体论述为后来的教父提供了论证基础。晚年他成为孟他奴派。而罗马的基督徒Callistus认为，教会应该象诺亚方舟，保护信徒，帮助信徒成长，不能因为一点道德过失而驱除他们。只要真诚悔改，救恩不会失去。耶稣是三位一体(Trinity)的神的辩论将基督教变的更加复杂。
202-211，235-238罗马帝国经过两次大的镇压基督徒运动。256年北非迦太基的居普良(Cyprian)殉道，生前他倡导教会应收留那些在迫害中失落的基督徒，提出“教会之外无救恩”因为他自己也在迫害中受不了折磨烧毁经书。260年加里安努上台，默认基督教合法，渡过40年和平时期。280年戴克里即位，一开始采取怀柔政策，后期大肆迫害基督徒。基督教在迫害和护教中成长。
“殉道者的血是教会的种子”--特土良
