马丁路德宗教改革以后在欧洲兴起多种不同的教派。以前由于文盲多，大多数信徒没有文化，所以圣经解释有受到过神学训练的神父等来解释圣经，漫漫天主教就形成一个标准的解释圣经的文本，形成一个相对统一的解经，不符合这个解经的就是异端或邪教。随着信徒文化的提高，学习圣经的深度进一步加强，时代的变迁，以前的解经可能不符合现实了，这就带来解释圣经的问题。宗教改革以后信徒可以解释圣经，这就产生不同的教派。
重洗派(Anabaptist)；信义宗(路德宗Lutheran)；圣公会(piscopal)；归正教(Reformed)；加尔文宗(Cavin)；长老会(Presbyterian)；浸信会(Baptist)；公理会(Congregational church)；清教徒(Puritan)；无旬节派(Pentecostal)；卫理会(Methodist)；还有一些在欧洲和美洲产生的偏离正统较远的教派：科学基督教会，摩门教；耶和华见证会等等。这些教会后来又分裂，形成不同地区，不同教派，它们各自独立。
同时天主教本身为适合宗教改革也成立了许多新的修会，这些新的修会直接归教皇管理，比如耶稣会(Jesuits)，由於耶穌會站在皇室與教庭之間，故在政治宗教之間常面臨矛盾。在18世紀中間，耶穌會教士突被葡萄牙、法國、西班牙驅逐出境，至1773年，革利免十三（Clement XIII）出了一文告“Brief”正式宣佈耶穌會解體。耶稣会的许多教士在明朝进入中国传教，为中国带去现代数学，天文，科学。比较有名的教士利玛窦等等。天特會議（The Council of Trent 1545-1563）是天主教针对宗教改革的一次重要会议，以后的梵帝崗第一次會議（Vatican I）也是针对改革。
