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十六世纪初，准噶尔汗国灭叶尔羌汗国，统一新疆。
清与东扩的准噶尔汗国征战七十多年，历经康熙、雍正、乾隆三朝。
1755年乾隆趁准噶尔汗国内乱之机，出兵击溃准噶尔汗国收复新疆。设伊犁将军节制天山南北。1864年，中亚浩罕国阿古伯入侵，占领南疆并北越天山侵占迪化。
收复新疆的功臣 左宗棠
1877年左宗棠率军收复新疆，于1883年建省，取左宗棠奏折中“他族逼处，故土新归”之意，定名新疆。然而在维吾尔文译意中是“新边疆”，所以解放后维吾尔文使用的是音译“新疆”，避免岐义。无论这块广袤辽阔的土地民称有何变迁，其于两千多年前的西汉就属于中原王朝的管辖。其后漫长的历史岁月，活动于这块土地上的许多少数民族后来也都成为中华民族的成员。这是无可置疑的历史。
1933年，包尔汉在苏联的中共党员的影响下，开始参加革命工作，回新疆后，
又与中国共产党在新疆工作的俞秀松（化名王寿成，曾任新疆民众反帝联合会会长）同志建立联系。
二、解放初期对新疆名称的争议。
1944年9月，在伊犁暴发反对国民党统治的牧民起义，得到苏联军事支持，迅速蔓延到塔城、阿尔泰，史称“三区革命”。1945年在伊宁宣布成立“东突厥斯坦共和国”。一年多后经张治中斡旋改为伊犁地区参政会，与国民党组成联合政府。1948年联合政府破裂，三区代表返回伊犁。国民党军与三区革命民族军隔玛纳斯河对峙。
新中国建立初期，对这块占中国版图六分之一的国土名称出现争议。“西域”显然不可再用，古西域包括中亚。有人提出“天山省”，但也显然不妥，天山延伸至邻国。中央政府决定仍然沿用清未建省名称“新疆”。少数民族翻译用音译。
1951年3月，中央《关于民族区域自治试行条例（草案）》由西北局民委下达征询意见大纲。据三区革命亲历者;原博尔塔拉蒙古族自治州第一任党委书记葛尔夏所著《历史的回声》载：
工作组正要撤离伊宁的时候，突然市内传起一则消息：赛都拉·赛甫拉也夫主持在伊犁召开了“五十一个知识分子座谈会”，讨论新疆成立维吾尔斯坦共和国的问题，具体内容有：一、新疆成立维吾尔斯坦共和国；二、在中华人民共和国国徽下面加上维吾尔斯坦共和国国徽；三、中国人民解放军经过千山万水解放新疆很辛苦，应该回关内休息，新疆的治安由民族军负责；四、在联合国中华人民共和国全权代表下面设一个维吾尔斯坦共和国观察员等。并说座谈会纪要已上报，但不知报到了哪里。到三月中旬我们工作组回到乌鲁木齐时，已经听到不少人对这条“五十一人座谈会”的消息议论纷纷了。
包尔汉 和 毛泽东
所谓“五十一人座谈会”受到中共新疆分局及王震的严肃批判，其错误主张被理所应当地否定了。
三、毛主席曾主张在“自治区”前不冠少数民族的名称，其模式为地名十自治区而不是现在的地名十少数民族名称十自治区。
2010年中共中央文献研究室和中共新疆维吾尔自治区委员会合编的《新疆工作文献选编》载，1953年2月至3月，邓小平、习仲勋、李维汉向毛主席、党中央呈送《关于审批新疆民族区域自治实施计划草案的两份报告》。其中披露两种意见：1、新疆维吾尔族自治区。2、天山维吾尔族自治区。毛主席一开始主张“新疆自治区”，请习仲勋等征求包尔汉、赛福鼎等意见。“包无表示，赛不同意。认为民族区域自治纲要规定民族自治区名称由民族名称冠以地方民称组成之。”后来，由于种种原因，毛主席同意了新疆自治区冠以维吾尔的名称。其初衷是中央给西北局的复电“维吾尔族在新疆如同汉族在全国一样，是其他各少数民族的主体民族。因此，必须使维吾尔族干部如同汉族在全国范围内团结；帮助和照顾各少数民族一样来团结；帮助和照顾新疆境内的其他民族。”
1957年8月4日，周总理在《关于我国民族政策的几个问题》中进一步解释了这个问题：“解放后，我们采取的是适合我国情况的有利于民族合作的民族区域自治制度。”“例如新疆，在解放前，有些反动分子进行东土耳其斯坦之类的分裂活动，就是被帝国主义利用了的。有鉴于此，在成立新疆维吾尔自治区时，我们没有赞成采用维吾尔斯坦这个名称。新疆不仅有维吾尔一个民族，还有其他十二个民族，也不可能把十三个民族搞成十三个斯坦。党和政府最后确定成立新疆维吾尔自治区，新疆的同志也同意。称为新疆维吾尔自治区，‘帽子’还是戴的维吾尔民族，因为维吾尔族在新疆是主体民族，占百分之七十以上，其他民族也共同戴这个帽子。” 其意明显是说民族区域自治的权利是给新疆十三个民族的（今天是四十六个民族）；不是也不可能是给某一个民族的。
