贞观九年即公元635年春正月，起先归降朝廷的党项部落纷纷反叛，前去归附吐谷浑。三月十四（庚辰），洮州羌人也反叛去归附吐谷浑，还杀害了刺史孔长秀。
三月十六（壬午，通鉴作壬辰为误，以其他史书为准），唐太宗李世民大赦天下，并规定每乡设置乡长一人，佐吏二人。
三月十九（乙酉），盐泽道行军总管高甑生出击并击溃了反叛的羌民。
三月二十四（庚寅），唐太宗下诏，觉得原先根据财富将民众分为三等的做法不够详尽，应当分为九等。
唐太宗跟魏徵说：“齐后主（高纬）和周天元（宇文赟）都征收百姓很重的租赋，奢侈地供养自己，最终因国力衰竭而导致灭亡。譬如口馋的人去吃自己的肉，肉吃光了自己命也没了，多么愚蠢！你看这两个君主谁更好谁更坏些？”魏徴说：“齐后主懦弱无能，政出多门。周天元骄横残暴，威福在己。虽然都是亡国的帝王，齐后主更差点。”
夏四月初七（壬寅），康国到长安进献狮子。闰四月初二（丁卯），日食。
闰四月初八（癸酉），任城王李道宗在库山打败了吐谷浑。吐谷浑可汗伏允把野草全烧了，只带了少数轻骑逃进大沙漠。将领们都认为“马匹没有草吃，既疲惫又消瘦，不能深入追击。”侯君集说：“不对。去年段志玄的大军凯旋归来时，才到鄯州，胡虏就已回到了城下。这都是因为胡虏依然保存着实力，部众愿意被他们驱使的缘故。如今他们失败之后，抱头鼠窜，候骑也都没了，君臣分离，父子相失。趁着这一时机打败他们将易如反掌。如果不乘胜追击，以后必定会后悔。”主帅李靖听从了他的建议，于是将大军分为两道：李靖与薛万均和李大亮走北道，侯君集和任城王李道宗走南道。闰四月二十三（戊子），李靖的部将薛孤儿在曼头山打败吐谷浑，杀了他们的知名王爷，还缴获了大批杂畜，以充实军粮。闰四月二十八（癸巳），大总管李靖带领侯君集、李大亮、李道宗等人在牛心堆打败吐谷浑，接着又在赤水源再次打败他们。侯君集和李道宗带兵行军在两千多里的无人地带，经历了盛夏下霜的地带，以及破逻真谷。这一带没水，人吃冰，马吃雪。五月初一（乙未），他们在乌海追上伏允可汗，和他们开战并击溃了他们，还俘获了他们的知名王爷，把伏允可汗赶到柏海。薛万均和薛万彻也在赤海打败慕容伏允的宠臣天柱王。
太上皇李渊自去年秋天得了风疾后，病情不见好转。五月初六（庚子），他在大安宫里的垂拱殿病逝，终年七十一岁。唐高祖李渊字叔德，是陇西成纪人。他七世祖李暠在晋朝末年占据秦、凉一带称王，成为凉武昭王。李皓的儿子李歆后来被沮渠蒙逊所灭。李歆的儿子李重耳曾任北魏弘农太守。李重的儿子李熙曾任金门镇将，卫戍武川，所以把家室搬到那里。李熙的儿子李天赐曾任幢主。李天赐的儿子李虎在西魏时被赐姓大野氏，官至太尉。他和李弼等八人辅佐北周取代西魏，因功被封为柱国，号称“八柱国家”。周闵帝接受西魏禅让时，李虎已经去世，北周追录他的大功，追封他为唐国公，谥号襄。李虎的儿子李昺，世袭唐公，出任隋安州总管和柱国大将军，去世时被谥为仁。李渊就是李昺的儿子，出生在长安，身上有三个乳房。李渊性格宽厚仁慈，袭封唐公。隋文帝杨坚的独孤皇后是他的姨妈母，所以隋文帝和李渊关系亲密友爱。杨坚在北周为相时，恢复李渊姓李，并任命他为千牛备身，后出任谯、陇二州刺史。隋炀帝大业中年，他历任岐州刺史、荥阳楼烦二郡太守，后来又被召回朝任殿内少监和卫尉少卿。唐高祖李渊后来的事都已细说，就不赘述了。
五月初十（甲辰），群臣请求唐太宗遵照太上皇的遗诰停止服丧，回朝处理军国大事，但唐太宗不答应。次日，他下诏让太子李承乾在东宫处理日常朝政。
在赤水源的战役中，薛万均和薛万彻轻骑先进，结果被吐谷浑包围。他兄弟俩都中了枪伤，失去战马，只好徒步作战；跟从他们的骑兵也都死了什之六七。左领军将军契苾何力带着几百骑兵前来相救，竭力奋击，所向披靡，薛万均和薛万彻才得免一死。李大亮接着在蜀浑山打败吐谷浑，俘获了他们的名王二十人。将军执失思力也在居茹川打败吐谷浑。李靖督领各路大军经过积石山河源，来到且末，到了他们西部边境的尽头。听说伏允在突伦川，将要投奔于阗，契苾何力想去追赶袭击，但薛万均因为先前死里逃生的教训，一再坚持不行。契苾何力说：“胡虏没有城郭，随着水草迁徙。如果不趁着他们聚居一块时去袭取，一旦他们散走了，哪还有机会再倾覆他们的巢穴！”于是自己挑选了一千多骁勇的骑兵，直驱突伦川。薛万均也带兵跟上。大沙漠中缺乏水源，将士只能刺了马血喝。他们袭击并攻破伏允可汗的牙帐，杀了好几千人，还缴获了杂畜二十多万。伏允脱身逃走，唐军俘虏了他的妻儿。侯君集等人穿越星宿川，来到柏海，接着回来和李靖的大军会合。
大宁王慕容顺，是隋炀帝的外甥，吐谷浑可汗慕容伏允的嫡子。他长期在隋朝担任侍中，无法回归吐谷浑。慕容伏允只好立经常侍奉身边的另一个儿子为太子。后来慕容顺回去了，为此经常怏怏不乐。刚好李靖击垮了他的国家，国人在穷途末路的情况下，开始怨恨天柱王。慕容顺趁机利用民心，杀了天柱王，举国请降。慕容伏允带了一千多随从骑马逃往大沙漠。十来天后，他的部众基本都散尽了，自己也被身边的人所杀。国人于是立慕容顺为可汗。五月十八（壬子），李靖上奏，报告说平定了吐谷浑。三天后，唐太宗下诏恢复他们的国家，并封慕容顺为西平郡王和故吕乌甘豆可汗。唐太宗担心慕容顺也许无法慑服他的部众，便命令李大亮率领好几千精兵作为他的声援。
六月二十五（己丑），群臣再次请求唐太宗回来听政，他总算答应了，但仍然将具体事务委托给太子处理。太子颇能听取和决断政事。因此以后唐太宗每次出京巡幸时，经常让太子留守监国。
秋七月初七（庚子），盐泽道行军副总管刘德敏出击并打败了反叛羌民。
七月十八（辛亥），唐太宗下诏：“国家新建不久，宗庙的制度尚未完备。现在准备搬迁，应当让礼官详细讨论具体措施。”谏议大夫朱子奢请求建立三昭三穆（帝王祭祖的七庙，太祖居中，左右各为三昭三穆），把太祖的位置空出。七月二十一（甲寅），朝廷增修太庙，扩大为六室：即弘农府君以及唐高祖，连同原来的四位旧神主。房玄龄等人建议以凉武昭王（李暠）为始祖，左庶子于志宁则认为大唐的王业并非直接继承武昭王，所以不能以他为始祖。唐太宗同意了于志宁的看法。
七月二十四（丁巳），唐太宗下诏：“太上皇的山陵必须依照汉高祖长陵的规模修建，务必保存隆厚的感觉。”但因为期限短促，无法及时竣工。秘书监虞世南上疏认为：“圣人薄葬自己的亲人，并非因为不孝，而是他们深思远虑，觉得厚葬只会增加亲人的负担，所以不这么做罢了。当年张释之曾说过：‘只要里面有想要的东西，即使禁锢了南山人们也会找到进去的空隙。’刘向也说过：‘死者没有生命的极限，而国家却有兴亡的命运。所以张释之的话，是为了长远着想。’他们的话都非常深刻贴切，实在算是至理名言。臣当然希望陛下的圣德超越唐尧虞舜，然而效法秦、汉帝王的做法去厚葬亲人，臣私下觉得陛下做得并不适当。即使陵园里没有储藏金玉，但后世只见到如此巨大的山陵，怎么知道里面没有金玉！而且如今已依照霸陵（汉文帝陵园，即指汉文帝）的先例解除了丧服，而山陵的规模却独独依照长陵，恐怕不太合适。还希望陛下依照《白虎通》（汉代讲论五经同异，统一经文经义的一部著作，由班固等人根据东汉章帝建初四年即公元79年经学辩论的结果撰集而成）的原则，修建一座三仞高的坟墓，陪葬的物品和陵园的规模，一律从简，并在陵园旁边镌刻一座石碑，记载这件事。另外也把这事记录下来，藏在宗庙里，用作将来子孙永久的法则。”疏奏报上后，唐太宗没有回答。虞世南又上疏认为：“汉天子即位时就开始营建自己的山陵，有的甚至长达五十馀年。如今要求只用几个月的时间完成通常要几十年功夫的大工程，恐怕人力有所不及。”唐太宗这才将虞世南的两道上疏交给有司部门详细讨论利弊。房玄龄等人议论说：“汉朝的长陵高九丈，原陵高六丈。现在九丈则太高，三仞（相当于两丈一）则太低。臣请求依照原陵的规模修建。”唐太宗听从了。
这期间，党项入寇叠州。
李靖出击吐谷浑时，用大笔钱财贿赂党项，使他们成为乡导。党项酋长拓跋赤辞前来，跟李靖的部将们说：“隋人毫无信用，喜欢暴虐抢掠我们。如今你们各路大军如果不像他们那样，我将为你们提供军资粮草。如果不然，我将占据险要，堵住你们前进的道路。”将领们于是和他结盟，然后送他回去。赤水道行军总管李道彦来到阔水时，见到拓跋赤辞没有防备，便出兵袭击了他们，缴获数千头牛羊。于是各个羌民部落无不怨恨愤怒，驻守在野狐峡，李道彦前进不得。拓跋赤辞率军反击，结果李道彦大败，阵亡了好几万，只好退保松州。左骁卫将军樊兴因逗留而误过了军期，很多士卒都失散逃亡。七月二十二（乙卯），李道彦和樊兴都因此被判处减死刑，流放到边缘地区。
唐太宗派使臣到大斗拔谷去慰劳各位将领。薛万均趁机诽谤契苾何力，夸大自己的功劳。契苾何力不胜愤慨，拔刀而起，要杀了薛万均，但被其他将领们拦住了。唐太宗得知这事后，让使臣责备了契苾何力。契苾何力将具体情况奏报给朝廷，唐太宗很愤怒，便想解除薛万均的官爵，转授给契苾何力。契苾何力坚决推辞，说：“陛下如果因臣的缘故解除了薛万均的官爵，那么无知的胡人们，会以为陛下看重胡人而轻视汉人。这样以讹传讹，必然会导致更激烈的竞争。况且如果胡人以为将领们都像薛万均那样，就会产生轻视汉人的想法。”唐太宗觉得有理，也就算了。不久他下令让契苾何力宿卫北门，代理屯营事务，还将宗室女儿临洮县主嫁给他。
岷州都督兼盐泽道行军总管高甑生也曾误了军期，李靖处置了他。高甑生因而怀恨李靖，诬告他谋反，结果查无实据。八月十七（庚辰），高甑生因诬告罪被判处减死刑，流放边远。有人说：“高甑生是原秦王府的功臣，应当宽恕他的罪过。”唐太宗说：“高甑生违背李靖的节度，又诬告他谋反。这样的罪行都能宽恕，那将来还怎么施法！而且国家自从晋阳起兵以来，功臣多的是。如果高甑生获免，那么人人都可以犯法，靠什么禁止！我对于往日的功臣，不敢忘怀。只是因为这原因才不敢赦免罢了。”李靖自那以后开始闭门谢客，即使亲戚一般也见不到他。
唐太宗想亲自去拜谒太上皇的山陵。群臣觉得他过于悲伤哀痛，已经十分消瘦羸弱，因此再三谏止，所以也没去成。
冬十月十三（乙亥），处月部落首次派使者入朝进贡。处月和处密都是西突厥的旁支部落。
十月二十八（庚寅），朝廷将太武皇帝李渊安葬在献陵，庙号高祖；和穆皇后合葬，并为她加谥号为太穆皇后。
十一月初九（辛丑），朝廷加授左仆射魏国公房玄龄为开府仪同三司，其它职位不变。
十一月十六（戊申），唐太宗奉太上皇的神主牌位到太庙，并祭祀祖上。两天后他下诏让群臣商议在太原立高祖庙的事。秘书监颜师古认为：“寝庙应建在京师。汉朝时在郡国立庙是违背礼制的做法。”唐太宗这才作罢。
十一月二十六（戊午，其他史书说是十二月），唐太宗任命光禄大夫萧瑀为特进，再次让他参预政事。唐太宗说：“武德六年以后，高祖一直有废立的打算，但始终犹豫不决。朕不被兄弟所容，确实有功高震主的恐惧。而就是这人，不能以利益引诱，不能用死亡威胁，真算得上社稷之臣！”于是赐他一首诗说：“疾风知劲草，板荡识诚臣。”又跟他说：“爱卿的忠诚和正直，古人也无法超越。然而善恶太过分明，有时也会出现差错。”萧瑀两次下拜称谢。魏徵说：“萧瑀经常和大家意见相左，孤立一人，只有陛下知道他的忠诚和固执。要不是遇到圣明的君主，只怕他难免祸殃！”
同时，特进李靖上书，请求唐太宗依照太上皇的遗诰，恢复平常的御服，在正殿上朝。但唐太宗没有同意。
吐谷浑的甘豆可汗（即西平郡王慕容顺，其他史书也作慕容顺光）因曾长久在长安当人质，所以国人不肯拥戴他。十二月十三（甲戌），他竟然被部下所杀。他儿子燕王诺曷钵继立。诺曷钵年幼，大臣争权，导致国中大乱。唐太宗下诏派兵部尚书侯君集等人带兵增援和安抚。他先派使者去晓谕劝解，并警告说，如有不肯奉诏的人，他将随时出兵讨伐。唐太宗仍然封诺曷钵为河源郡王，让他统领部众。
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