接着上回所说，由于对玛丽女王的消息封锁，她并不知道涉及巴宾顿阴谋的一干人已在1586年8月悉数锒铛入狱；所以玛丽此时虽然身体健康不是太理想（痛风老毛病发作），但她的情绪是高昂的，做好了准备随时被巴宾顿的人救出去。
对于沃辛汉爵士来说，尽管有了玛丽给巴宾顿的回信，但回信并非玛丽亲笔手书，而是她的英语秘书用密码符号写成的，所以沃辛汉想找个理由搜查玛丽的住处，期望可以找到她的日记或会议记录等直接证据。但这样的搜查肯定是要突击而且是秘密进行，于是沃辛汉让玛丽的牢头鲍雷爵士找个借口让玛丽离开察德利城堡，然后设法将玛丽扣押在某个临时住处，等搜查结果出来后再决定下一步行动。
8月初，玛丽觉得心情不错，便问鲍雷能否让去野外透透气。鲍雷正愁着不知如何完成沃辛汉交给的任务呢，便热情地回答说，不日附近的贵族们会举行一场猎鹿活动，你和你的侍从们何不一起参加。这种猎鹿活动通常是当地的达官贵人们聚集在一起狩猎，需在森林里住上三、四天。玛丽一听欣然接受，因她从年轻时就喜欢狩猎。
1586年8月11日是个风和日丽的大晴天。玛丽特别将自己精心打扮了一番，找出了好久未穿的黑色猎装，仪态万方地骑上马，在仕女、马师、法语秘书克劳德?努尔（Claude Nau）和英语秘书吉尔伯特?科尔（Gilbert Curled）以及私人医师的陪同下出发了。她以为自己就是去打猎的，能有机会与外界的人接触，对于玛丽来说无疑诗歌不可多得的机会。
这也说明她的幼稚，一向凶神恶煞般的鲍雷爵士这么一反常态主动示好，但凡有点头脑的人都会怀疑其中有诈。但玛丽就是这样的一个人，说得好听点叫纯良，说的难听点叫脑残。总之，心情愉悦的玛丽一行人骑马离开了察德利城堡，路上玛丽看到鲍雷因风湿痛加上不擅马术落在了后面，还特意往回骑了一段路到鲍雷的身边关切地询问他关问他行不行。
在距离察德利城堡三四英里处的一块高地上，马背上的玛丽女王看见远处一群挎着武器的骑士们向着她的方向飞奔而来，玛丽按捺不住心里的激动，以为这一定巴宾顿乘着她出来打猎的机会派人来营救她了。经历了近20年的非法囚禁，自己终于可以重见天日，大功告成。自由，唾手可得。但这些人当然不是来救她的，而是来抓她的。
当看到带队的骑士在离她大约三丈远处飞身下马并指挥手下逮捕玛丽的两位秘书时，玛丽的希望化为泡影。玛丽要求与努尔告别，但被拒绝了。秘书们被带走后，玛丽发现自己一行人并不是走在返回察德利城堡的路上，便下马询问这是去哪里。鲍雷这才向玛丽出示了伊丽莎白女王的手令，令鲍雷“将玛丽女王送往一个你认为合适的地点暂时看守”。
玛丽意识到自己所谋划的事情已经败露，以为自己会被鲍雷的人就地处死，心慌意乱之下跪倒在地，向神做临终祷告。玛丽的医师赶忙将玛丽扶起，并斥责鲍雷不该对一个年事已高的女人如此无礼。鲍雷面无表情，只是要求玛丽和她的人听从指挥跟自己走，最后到达了一个叫提柯斯奥（Tixall）的小村子歇脚。
与此同时，沃辛汉的人将察德利城堡玛丽的住处翻了个底朝天，收集了三大箱文书，但并没有找到任何与颠覆阴谋有关的日记或会议记录。玛丽所剩无几的首饰和私人物品也被搜出并造册，这个清单和她离开巴黎甚至离开爱丁堡时的首饰清单简直无法相比，包括一幅詹姆士六世的镶金半身肖像以及法国皇家和基斯家族成员的肖像画。
搜查结束后，玛丽被送回察德利城堡。回到察德利城堡后，面对一片狼藉，玛丽意识到自己的末日来临了，免不了和仕女们抱团痛哭一番，然后把自己关进了卧室。但就这样也没能躲过鲍雷的折磨，玛丽的卧室里有两个上了锁的柜子，鲍雷要求玛丽让侍女去取钥匙，玛丽拒绝了他的要求。鲍雷扬言要叫人来用斧头将柜子的锁砸开，玛丽无奈，只能穿着睡衣光着脚亲自将锁打开让鲍雷检查。柜子里放的是玛丽的小金库，大约五、六千英镑的价值的法国硬币加上一些金银，悉数被抄走并上交到伦敦。玛丽对鲍雷说这些前是为自己的葬礼准备的，但鲍雷回答说，伊丽莎白女王有令，不仅命他控制玛丽的人身安全，还要控制玛丽的资金库。
此时，玛丽的两位秘书正在伦敦分别接受沃辛汉爵士的审问。当沃辛汉向他们出示玛丽给巴宾顿的回信时，科尔承认这的确是自己从玛丽用法语口述、努尔用法语记录、然后由自己翻译成英语并按照密码转译成暗语的书信。沃辛汉回答说：我祈祷上帝让他们找到原始记录。努尔受审时也是一样，还没上刑就供认不讳。正所谓大难来时各自飞，事到如今，这两人都认识到自保才是唯一的生路。努尔是法国人，被允许在结案后回法国，而科尔是英国人，被判了一年徒刑。
沃辛汉的下一步自然是将玛丽送进监狱接受公审。按他的意思是将直接玛丽送入伦敦塔，但他的这个提议被伊丽莎白否决了，原因是玛丽和诺福克公爵不同，诺福克虽然血统高贵，但他终究还是臣子，而玛丽不仅是一国君主，而且是伊丽莎白亲姑姑的嫡亲孙女，是都铎王朝的嫡亲后裔，王家的颜面和亲情摆在那里。伊丽莎白同意玛丽应该接受审判，但不是公审，而是接受一个由她本人任命的审判团的审判。
在审判地点的选择上，伊丽莎白有两个底线：其一，不能是在人口稠密的大城市，恐事情闹大或引发天主教民众的怨愤；其二，审判的地点从级别上来说应能配得上玛丽的女王身份。
老臣塞索和沃辛汉的想法一致，他们都希望通过公审向英格兰大众传递一个重要信息，那就是天主教在英格兰不受欢迎，他们是精神领袖玛丽女王是英格兰的敌人。故此塞索向伊丽莎白指出，玛丽从1568年在退位诏书上签字的那一刻起就不是能够和伊丽莎白平起平坐的他国君主了，但伊丽莎白圣意已决，沃辛汉和塞索唯有执行圣旨。
审判地点最后敲定在南安普顿郡的佛瑟林黑城堡（Fotheringhay Castle）。该城堡的地基从11世纪征服者威廉时代便已存在，威廉大帝征服英格兰之后将它和周围的土地赐给在自己外甥女（妹妹的女儿）朱迪丝，朱迪丝嫁给了英格兰的南安普敦伯爵，佛瑟林黑城堡便是在他们手中扩建成如今的规模的。他们的长女袭爵后由威廉大帝的儿子英格兰的亨利一世许婚嫁给了苏格兰的大卫王子，即12世纪的苏格兰的国王大卫一世（David I of Scotland）。该城堡的拥有权在历史长河中几经更迭，最后在金雀花王朝的末代落入约克公爵手中，而约克公爵是亨利六世的摄政王。所以从级别上来说，这个地点也不算是辱没玛丽的身份。
更重要的是，佛瑟林黑城堡位于南安普顿郡乡间，整个城堡由两道环形沟壑守护，分别为75码（约68米）和66码（约60米）宽，进出城堡的唯一通路是一道吊桥，过了吊桥之后便进入一个巨大的庭院，过了庭院之后还要通过一道楼梯才能进入位于城堡二楼的主厅。因此从安全角度来说也是最理想的。
唯一让沃辛汉担心的是，玛丽现在的身体状况可能经不住长途跋涉，而从察德利城堡到佛瑟林黑城堡有100英里的路程。沃辛汉最不愿意看到的就是玛丽因突然病故而逃脱公审。
但伊丽莎白的朝臣们也不都像塞索和沃辛汉这么没心没肺，伊丽莎白的初恋情人和终身挚爱莱斯特伯爵罗伯特?达德利就是其中之一。达德利对沃辛汉说，其实也没必要这么折腾，玛丽也折腾不出什么花样了，找个人把她毒死算了。因为沃辛汉是清教徒，达德利怕他在道义角度出发不接受下毒谋杀这一招，还特别让自己的一位神父朋友从圣经中找出论点论据支持毒死敌对的异国君主这一做法。沃辛汉当然是一口回绝了，他不傻，不会做这种不明不暗的事情。他知道伴君如伴虎，一旦暗杀玛丽，事后如果伊丽莎白反悔，说不定拿自己做替罪羊。
9月20日是玛丽在察德利城堡的最后一夜。是晚，她给每一个侍者都写了一份工资欠条，让他们去法国大使那里兑付，因为玛丽的法国收入都是由基斯公爵家通过法国大使转手的，是以玛丽在法国大使那里还有存款。玛丽还手书一封，让法国大使为那些希望去法国的侍者们安排通道和路费。21日晨起后，玛丽在200名武装骑兵的护卫下坐马车离开了察德利城堡，虽然不知道此行的目的地河处，但她知道这将是自己最后一次搬家。这次搬家与前几次相比是何等的凄凉，身边只有包括“四个玛丽”在内总共七八个不愿意离开她的侍者。四天之后的9月25日，玛丽到达佛瑟林黑城堡，玛丽下车后第一眼看到这个地方，便感叹一声：吾命休矣！
进入城堡后，玛丽发现，尽管诺大的城堡只有她自己和她的七八个侍者居住，但佣人们正在忙着打扫整层楼的其他房间，显然是在准备接待更多人的到来，所以她也猜出这将是自己受审的地方，于是开始思考如何为自己辩护。
玛丽的母语是法语，只能用法语有效地思维和沟通，她略懂一点苏格兰语，但英语很差，不仅读不懂英语，就是说也说不好，而且她发现自己既未接到审判卷宗，也没有辩护律师。
到了10月份，玛丽向塞索抱怨，说她自己和塞索的主子伊丽莎白一样都是一国君主，理应得到伊丽莎白的保护。塞索反驳说：我的陛下这十几年来一直都在保护夫人。达恩利谋杀案的审理时，要不是我的陛下出面阻拦，夫人您恐怕早被您自己的臣子们吃得连渣子都不剩了。诺福克谋反的时候，要不是我的陛下介入，您恐怕早就和诺福克一起上断头台了。
玛丽以英格兰贵族无权审判自己为由拒绝出庭，但玛丽很快就接到一封伊丽莎白女王的御笔亲书，由鲍雷爵士和另外两名英格兰官员转交。这是伊丽莎白几十年来对玛丽措辞最严厉的指责信，大意如下：
你一直在用种种手段企图要夺我的性命并试图在我的王国里制造流血事件，而我却从来没有这么对待过你。恰恰相反，我一直用和我自己平等的方式来对待你和保护你。你的种种叛逆行为都会在审判中得到证实。我希望你能够如实回答我所委派的审判团提出的问题，因为他们都是这个王国的贵族和领袖，他们配得上你的地位。而且他们代表我的旨意，我要求你像尊重我一样尊重他们。我对你的傲慢早有所闻，但这一次你要放下伪装，如实交代，这样我才能在审判之后对你网开一面。
这封信的内容也反映出伊丽莎白的矛盾心情。一方面，玛丽留不得，另一方面，玛丽到底是王室血亲。加上玛丽的欧洲背景，伊丽莎白也不能肯定如果直接铲除玛丽，法国、西班牙和罗马教廷会做出何等反应。
事实是，西班牙国王菲利普二世和罗马教廷都没有提出任何抗议，倒是法国国王、玛丽的前小叔子、法王亨利三世给法国大使致函，要求大使向詹姆士六世施加道义上的压力，让六世以母子亲情为由出面向伊丽莎白恳请赦免。但亨利三世并非诚心想要搭救玛丽，只是出于情面不得不有所表示，毕竟玛丽曾是法国王后，自己的亲嫂子。面子上的事情不得不做，但法国不会因为玛丽而牺牲英法关系。
苏格兰方面也是一样，詹姆士出于面子（到底是自己的亲生母亲）给伊丽莎白多次写信，要求伊丽莎白以天伦为重，放过玛丽。但最终詹姆士也无能为力，他的最终目标是继承英格兰的王位，他不可能为了搭救母亲就撕毁与英格兰之间的联盟条约。在王权和亲情的天平上，王权总是要重一点，即便是自己的生母。
据说伊丽莎白曾经放风说只要玛丽招认，便可获得皇家赦免，但翻遍史料却找不到书面证据可以证实这一点。现在看来，这也是伊丽莎白的手腕。老臣塞索总是最能揣摩上意的，他劝玛丽说，您既然认为自己的清白的，那么就大胆地接受审判嘛：不要躲在你的女王面具后面，勇敢地到公堂上去澄清你的声誉。
实际上，玛丽也明白自己是别人的俎上肉，没得选，最后同意在10月14日出庭。审判厅设在在佛瑟林黑城堡的大厅里，大厅的一端是一个华盖，下面摆着一张空椅子，大厅中央放着一长条桌子，两旁有长凳，坐着两排的贵族，以伊丽莎白首相塞索、安全大臣沃辛汉和财务大臣布隆姆雷（Bromley）压阵，一共九名伯爵和一名男爵，其中包括看守了玛丽女王十五年的舒兹伯雷伯爵，四周坐着或站着的是几十位律师和旁观官员，下面站着一群律师助理、文书、秘书等人，手捧卷宗，等候沃辛汉的调度。在龙椅和长桌之间的大厅的一侧放着一张沉重的木椅，这便是玛丽的受审席，旁边没有桌子。
舒兹伯雷伯爵事先多次向塞索请求，允许自己以书面表决方式投罪行成立票，但不要让自己出庭面对玛丽女王。塞索提醒伯爵说，你要好好想想自己的忠心在哪边，想清楚了再说话。
玛丽在她的医师和药剂师的搀扶下进入大厅时，审判团的绅士们不失礼节，全体起立，脱帽致敬。玛丽在既没有律师也没有翻译的情况下，只能自己给自己辩护。当沃辛汉当庭呈现她给巴宾顿的回信时，玛丽矢口否认自己介入其中，说她对此毫不知晓，她也不能为其他人借她之名所做的事情负责。当努尔和科尔的供词在庭上传阅时，玛丽的回应是：这些个下人们以奴欺主。他们说的话与我何干？！
玛丽受审现场（出处：https://www.tudorsociety.com/）
玛丽坚持说，英格兰的法律不适用于她，眼前的审判团也没有资格来审判一位女王，要求到英格兰议会出席审判并与与伊丽莎白面对面交谈。第一天的审判就这么不了了之，玛丽在退庭时威严地站起身，说她赦免评审团成员的无礼与冒犯。
第二天的审判情形大同小异。玛丽坚持自己不明白英格兰法律，在没有翻译和律师的情况下，无法为自己辩解，证实自己的清白。塞索指责玛丽在遗嘱中将英格兰王位私自授予西班牙菲利普二世，玛丽回答说：在一些人的眼里，英格兰王位原本就应该回到罗马教廷的天主教大家庭。塞索然后说玛丽指使她在法国的特派员屡次派人潜回英格兰试图刺杀伊丽莎白。对此玛丽伸手指着塞索回答说：你不愧是我旗鼓相当的敌手啊。塞索回答说：您说对了，我就是伊丽莎白女王敌手的敌手。
就这样，第二天的审判也落下了帷幕，到了最后表决的时候，沃辛汉突然接到伊丽莎白一道密旨，命令他立即停止审判过程。审判团的绅士们只能鱼贯而去，一一离开了城堡，诺大一个城堡又只剩下了玛丽和她的微型流亡宫廷，外加看守鲍雷爵士的人马。
10月25日，审判团在西敏宫议会大厦特别法庭（Star Chamber）复会，玛丽未出庭，只由玛丽的两位秘书努尔和科尔到庭，两人对所有指控均供认不讳，特别法庭据此做出判决，玛丽女王密谋刺杀伊丽莎白女王、颠覆与篡夺英格兰王位罪名成立。但判决书同时特别强调：本判决不会以任何方式或在任何程度上贬低苏格兰国王詹姆士的君威和名誉；即：詹姆士国王的地位和权利保持不变，一如本决议从未被通过。
几天之后，议会罗列了一份长长的清单，列举玛丽女王的种种罪行，并一份要求将玛丽斩首的声明，和判决书一起递交给伊丽莎白。议会在声明中强调：除了尽快将玛丽斩首之外，我们看不到其他任何方法可以确保王国的稳定和女王本人的生命安全。
伊丽莎白的回应正是议会所担心的，她迟迟不愿意签署玛丽的处决书，用了三个月的时间去权衡和盘桓。
如前所述，其原因不外乎以下：
其一，伊丽莎白本人对断头台的极度厌恶，在她自己两岁时母亲安?波林被砍头，这段经历在伊丽莎白心中笼罩阴影，伊丽莎白不愿意看到自己手上沾血。
其二，亲情所致，玛丽和伊丽莎白同是都铎王朝的传人、亨利七世的后代，血浓于水，皇家血脉一脉相承。伊丽莎白在处决诺福克公爵时就对大臣们说她没有胃口去杀一个王子。
其三，也是最重要的原因，是恐惧。伊丽莎白明白玛丽一旦被自己处死，罗马教廷会立即将她树立为宗教烈女，而自己也将会成为整个天主教世界的公敌。她也无法预见处决玛丽会给自己和英格兰带来什么结果，西班牙大军压阵，处决玛丽很可能给菲利普立即发兵的理由。
故此，伊丽莎白咨询她的财务大臣有没有其他更好的解决方法，既能够铲除玛丽的危害又能保全玛丽的性命。财务大臣和下议院院长都敦促伊丽莎白尽早做决定，但伊丽莎白却置之不理。塞索也命伊丽莎白的秘书敦促伊丽莎白早日在判决书上签字并下诏将玛丽斩首。秘书的话同样不凑效。况且伊丽莎白被多次告知玛丽的健康状况不好，很可能不久于人世，何不让她自生自灭。
就在伊丽莎白犹疑不定的时候，玛丽继续被关押在佛瑟林黑城堡。在得知自己难免一死之后，两件奇怪的事情发生了。第一，玛丽变得沉稳了，没有眼泪，没有抱怨，只是冷静地过着自己的日常生活；第二，鲍雷爵士对玛丽的态度也发生了180度大转弯，不再是凶神恶煞，而是变得彬彬有礼，而且尽量抽出时间和玛丽谈心，陪她散步或骑马。这也恰恰证明了玛丽女王的个人魅力，不管你多么厌恶她、恨她，但你最终会被她感动。
到了11月27日，法国大使进宫面见伊丽莎白，对玛丽的判刑提出抗议，三天之后，法王亨利三世的特使也到了伦敦加入了大使的抗议行动，伊丽莎白在12月9日召见了他们，他俩没忘了提醒伊丽莎白处死玛丽将会在天主教阵营造成的后果，但却没想到伊丽莎白平生最痛恨的就是被人要挟。
转眼就过了元旦，进入1587年，新年之后伊丽莎白还是不能下决心处死玛丽。1月6日，伊丽莎白再次召见法国大使和法王特使，问他们有什么建议可以解决玛丽这个难题，并说自己这辈子都没有流过这么多眼泪。大使和特使也想不出什么好法子。双方心里都明白这只是外交场上的一场交谊舞，大家都在演戏而已。
次日，沃辛汉报告说他抓到另一名意图刺杀伊丽莎白女王的刺客，真假后人无法确定，很可能是沃辛汉为了敦促伊丽莎白下决定处死玛丽而导演的。到了一月底，鲍雷接到伊丽莎白女王的书信，信中感谢鲍雷为王国安全所做出的努力，把个头脑简单的鲍雷看得云里雾里、不知所云。
还是沃辛汉和伊丽莎白的秘书为他解开这个谜。他们告诉鲍雷说伊丽莎白女王对他很失望，鲍雷询问所为何来？回答是，三个多月过去了，你还没能设法送玛丽上路。鲍雷这才明白原来上方的旨意是让自己暗地里弄死玛丽。鲍雷爵士立即拒绝这么做，说自己十分失望上方竟然会要求自己做出此等小人行径。
所幸1587年2月1日，伊丽莎白终于签署了玛丽的判决书。判决书2月2号回到议会后，沃辛格和大臣们得到了尚方宝剑，立即草拟了处死令，并决定此后的事情不必再向伊丽莎白汇报。于是2月7日晚上，玛丽被告知自己的死期就在次日，1587年2月8日。
玛丽活了44年，用了一生的时间一步一跌地走到这个结局。然而，在死神最后来敲门的时候，玛丽，在她那颠沛流离的游吟生涯的最后一刻，却表现出惊人的平静和勇气，似乎过去的种种无知、失败、错误、挣扎和努力都是在为自己这生命最后一刻的剧情高潮做铺垫。
面对死神，玛丽仿佛置身度外，高高在上，似乎眼前的一切对于她来说真的都是浮云。从被关押到佛瑟林黑城堡接受审判到步上断头台，玛丽没有掉一滴眼泪。
1587年2月8日，玛丽全身着黑，头戴沉重的披纱，身穿修道院教母式的黑绒长袍，把自己打扮得像一位天主教殉难圣人。她在侍女陪同下度过一生的最后几个小时，祷告之后，开始给下人分发自己的随身物品留作纪念，并给法王亨利三世写了一封告别信。
断头台就搭在审判她的那个城堡大厅里，有两英尺高，用黑布覆盖，边上有两个供上下阶梯，断头台上有一个黑天鹅绒的垫子，好让玛丽跪在上面。台上有两张椅子，供两位行刑见证人舒斯伯雷伯爵和肯特伯爵坐下。
交代完后事之后，玛丽平静地走到进入大厅的台阶上，舒兹伯雷伯爵起身走上前将玛丽搀扶着走下台阶。在玛丽生命的最后几分钟，有舒兹伯雷伯爵这张熟悉的面孔在身边也许对她来说或多或少是一种安慰吧。
玛丽在舒兹伯雷伯爵的搀扶下走上刑场(ttp://web.nmsu.edu/~leevans/ICT460/lesson/page10.php)
玛丽走上断头台后，刽子手请求玛丽的原谅，玛丽回答说：“我诚心诚意原谅你。希望通过你的双手，可以结束我所有的灾难。”
玛丽在她忠诚仕女的帮助下脱去外衣，露出里面穿的天鹅绒小袄，小袄的袖子是天主教殉教烈士的传统颜色 - 深红褐色，黑色的乔其纱长裙。玛丽面露微笑，对两位伯爵说，我从来没有如此盛装，也从来没在外人面前脱过衣服。玛丽的仕女用洁白的、绣着金线的头巾蒙住玛丽的双眼，把她搀扶到行刑木桩旁。玛丽双膝跪在垫子上，把头放在木桩上，双臂张开，最后说的一句话是拉丁语："In manus tuas, Domine, commendo spiritum meum." (主啊，请用你的双手，接受我的灵魂）。
面对玛丽视死如归的沉着和平静，刽子手不知所措，更多的是被玛丽的态度所震慑，刽子手自己先被吓到，他的第一斧砍下去，完全错开了玛丽的脖子，砍在玛丽的后脑勺上，这让刽子手更加惊慌，第二斧下去才砍到玛丽的脖子上，但并没有完全砍断。刽子手砍了第三斧才算完。
玛丽女王处死现场（https://www.tudorsociety.com/）
刽子手按习俗拾起玛丽的头颅，高声赞颂“上帝佑我女王” (God Save the Queen)。就在这个时候，他才意识到抓的是玛丽的假发，假发下的头颅落地，滚出了好几尺远。
这出恐怖剧到此还没有结束。谁也不知道玛丽临刑前把她的西班牙?犬藏在自己的裙子里。这只小狗在主人被砍头后，撕心裂肺地哀嚎，全身沾满了玛丽的鲜血，不愿意离开它的主人。
玛丽死后被罗马教廷封为殉教圣人。据说伊丽莎白听到执行的消息后，非常悲痛，把自己关在寝宫里独自悲伤，但她更多的是害怕西班牙的报复。她的担心是有理由的，玛丽死后的第二年，即1588年，西班牙的无敌舰队就开进了英吉利海峡。伊丽莎白在危难关头身披战袍、骑上白马，亲临前线鼓舞士气，发表了她那著名的“我也许是个弱不禁风的女人，但我有一颗国王的狮心”的演讲。要不是老天站在伊丽莎白一边，海上的大风浪阻挡了西班牙舰队的登陆，英格兰很可能就成了西班牙的属国，伊丽莎白也不可能继续执政到1603年。
1603年3月，69岁的伊丽莎白在位44年后安然谢世，历经祖孙三代、五任君主的都铎王朝至此落下帷幕。伊丽莎白临终前将王位传给玛丽的独子苏格兰国王詹姆士六世，六世也因此成为英格兰斯图尔德王朝的开朝君主詹姆士一世，英格兰、苏格兰正式合并为联合王国。
在今人的眼里，玛丽所做的一切似乎很不值。如果她安安心心地过日子，放弃自己的挣扎，等到儿子继承一切，她肯定不会活得这么辛苦，还在最后落得个身首异处。然此一时彼一时也，我们无法用现代人的眼光去评价生活在中世纪的玛丽。詹姆士继位后，将玛丽的遗体重新安葬在伦敦西敏寺的亨利七世陵堂里，算是让玛丽回到曾外祖的身边，可以说玛丽最终还是从坟墓里战胜了伊丽莎白。而1603年伊丽莎白也被安葬在这里。
玛丽死后，为了不给天主教留下任何将玛丽神话的借口，所有与玛丽执行有关的物事全部被焚烧，包括她的衣物、佩戴的首饰、砍头的木桩、行刑工具等。后人所出售的所谓玛丽的舍利子都是假的。
佛瑟林黑城堡遗迹（https://en.wikipedia.org/wiki/Fotheringhay_Castle）
玛丽的死，对伊丽莎白心理的影响可以从佛瑟林黑城堡以后的迅速衰落得到反映。这么大的一个城堡，玛丽死后便被弃用，任其经受风吹雨淋，到了伊丽莎白时代的后期便因为得不到维护而开始倒塌。到了1635年，距玛丽死后还不到50年，这里就已经成了废墟，以后又被彻底拆毁。如今唯一剩的就是城堡小教堂的这一隅残垣，向人们诉说了历史的悲怆。
然而，客观公正地评价，虽然作为女人，玛丽的遭遇确实令人同情；但作为君主，她有的只是小勇气和小智慧，缺乏安邦治国的大智大勇。纵观其一生，除了为王朝生了个儿子，她没有为苏格兰做出任何实质性的历史贡献，却给自己的子民带来内斗和矛盾的激化。
玛丽女王认识不到她自己的宗教态度与当时的苏格兰政治风景线完全格格不入，天时地利人和一样不沾，只一意孤行地认为自己是至高无上的君主，具有与生俱来不可侵犯的权利，而她所受的法国宫廷式贵族教育也不足以让她有能力在那个风起云涌的时代把握住王权。加之伊丽莎白身边围绕的是一群以塞索和沃辛汉为代表的同时代最强的大脑，玛丽最后的败局也是必然的了。但更主要的还是玛丽女王的傲慢与自私，不幸的是这一点被她的孙子斯图尔德王朝的查尔斯一世所继承。
玛丽女王的一生都被自己的欲望和感情所驱使，而伊丽莎白却为了国家和子民的利益用尽一生去克制自己的欲望和感情，这才最终成为英国历史上最伟大的君主之一。说白了，玛丽只是个出身高贵、优雅却糊涂的女人，而伊丽莎白一世却是个智睿的女君主，这就是二者之间本质上的差别。
我们可以无穷尽地为玛丽的个人遭遇而感叹，但作为君主，如果不能认识到自己应该承担的历史责任，那就只能感叹“雕栏玉砌应犹在，只是朱颜改。”了。
（全篇完）
