1659年（顺治十六年，永历十三年）四月，郑成功，张煌言亲统大军北上。二十八日到达浙江定海，经过两天激战，全歼镇守该地的清军，夺取了定海炮城，焚毁清水师船只一百余艘。如此，既解除了后顾之忧，又制造了一个进攻浙江宁波的假象，吸引江苏，浙江清军来援。五月初，郑成功率领兵马十余万分乘大小船舰三千余只从定海北上，分三拨进发，由中提督甘辉统帅前军，郑成功亲率兵将居中，总兵陈文达殿后，浩浩荡荡起航向长江口进发。十九日，郑军由吴淞口进入长江。清苏淞提督马逢知（原名马进宝）事前也已经同郑成功有秘密联系，他按兵不动，实际上是心怀观望，看郑成功是否能够攻下南京才决定公开表态。
当时郑成功的兵力是相当强大的。不仅出动了三千多艘船舰，十余万兵力，而且装备十分精良，拥有数量惊人的进攻性火炮和弹药。郑军的弱点是：一，缺少马；二，携带妇女家眷。明朝末年军事装备已经由冷兵器为主逐渐向铳炮等热兵器为主过渡。只是由于当时火器性能较差，装药填弹费时，在一些场合下不如使用弓箭刀枪等冷兵器的骑兵机动灵活。清朝统治者虽然继承了明代的部分火器，但总的来说更重视传统的骑马射箭。火器的优越性在江海水战中能够充分发挥，这正是郑成功，张煌言的军队克敌制胜的主要原因。
六月初一日 ，郑军进至江阴，郑成功以县小不攻，直接率师北上，十六日进攻瓜州，阵斩清游击左云龙，破敌满汉兵马数千，截断清方用铁链将船只连接构成的锁江防线“滚江龙”，焚毁清军江上浮营三座，夺得大炮数十门，使得清方苦心经营的江防工事全部瓦解。同日，郑军攻克瓜州，郑成功派人镇守该城。接着，郑军于二十二日在镇江银山大破清朝江宁巡抚蒋国柱，提督管效忠派来的援兵，清镇江守将高谦，知府戴可进献城投降。郑成功留下兵将入城防守，主力前往进攻南京。二十六日，张煌言带领的一支为数不多的舟舰已经进抵南京城下。
占领瓜州，镇将以后，南京已经近在咫尺，郑成功本可以派主力登陆，直趋南京，以迅雷不及掩耳之势立即攻城，并且切断清方援军入城的进路。可惜，他没有这样做，失去了一次战机。清朝进攻贵州的部分满洲八旗兵由荆州乘船四十艘赶在郑成功军抵达南京之前入城，增强了城防力量。但即便有了这支援军，当时南京清军实力相较于郑军仍然处于劣势。
此后，清，郑双方展开军事部署，这个部署直接关系到南京之役的胜负。
郑成功军方面：六月二十四日占领镇江后，行动非常缓慢。花了数日时间和精力安抚镇江秩序，进攻南京这一头等大事却迟迟未进行。到六月二十八日，郑成功认为镇江地区已经安抚就绪，才召集各提督，统镇会议，讨论进攻南京事宜。会上中提督甘辉主张：兵贵神速，应该乘胜由陆地长驱直入，不舍昼夜兼程前进，直下南京。郑成功开始赞成甘辉提议。可是，其他大部分将领却认为：“我师远来，不习水土，兵多负重，值此严暑酷热，难责兼程之行也。”又提出正下大雨，河沟皆满，不利于行军。主张由水路前往南京。郑成功最后竟然放弃原主张，采纳了由水路进发南京的主张。
镇江距离南京不过百里之遥，如果由陆路直趋南京，按照甘辉所建议的昼夜兼程，那么最多两天内就可以到达。一些将领所提出的所谓“不习水土”“严暑酷热”虽然有一定道理，但如果比较于以辽东和北方人为主组成的清满，汉军队，就很难有说服力。而至于正逢大雨，不利陆军行军，更是说不过去，因为清方援兵由上海，杭州等地赶赴南京，相比郑军路程要远得多，竟然在决战之前进入南京，这说明郑成功和他的多数部将缺乏战略目光，太过依靠和拘泥于自己擅长的水上作战了。（待续）
