二战太平洋战争末期，日军在菲律宾诸岛节节败退。
在马尼拉战役期间，美军强攻马尼拉，日军对平民的屠杀达到高峰；直到2月23日美军夺回，据知死亡的菲律宾人总数达100,000人以上，平均每天有3,000人遇害。死亡的100,000人中，哪些是日军直接屠杀的、哪些是双方交火中死亡，已难以判定，因为美军的炮火同样把街道化为灰烬。
战后远东国际军事法庭裁定：日军曾在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童；1945年2月4日至2月10日，日军在巴石河南岸肆意奸淫屠杀，烧毁了教堂和图书馆，烧死避难所的3,000名难民；1945年2月5日，日军勒令城中男女分开排列街上，将男子用机关枪射杀，将女子肆意强奸后射杀，用手榴弹炸死来不及杀害的无辜百姓，尸横遍地。
此役日军战死者约12,000人，美军战死者约1,020人、受伤5,565人。平民老百姓死伤约100,000人至150,000人之间，约为当时马尼拉人口数的10%。
战后成为菲律宾总统的埃尔皮迪奥·基里诺，岳母、妻子与5个儿女中的3个都在屠杀中遇害。日后在朝鲜战争期间菲律宾政府对日本提出80亿美元的战争赔偿遭到日本拒绝后，基里诺立刻在1天之内下令将14名日本战犯处决。
屠杀幸存者成立“铭记马尼拉1945基金会”，举办纪念活动，要求日本政府承认日军暴行并正式道歉，不要篡改历史。
日本政府至今不承认马尼拉大屠杀。
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