首先，果汁中基本不含水果中的纤维素。纤维素是膳食纤维最重要的成分之一，对维持肠道功能、促进肠蠕动、防治便秘、降低胆固醇和抗癌均有一定作用。
其次，在压榨和捣碎过程中，水果中某些易氧化的维生素（如维生素C）已经部分地被破坏。故其营养价值有不同程度地降低。
第三，在果汁生产过程中，一些添加物（如甜味剂、防腐剂、凝固剂等）必然影响到果汁的营养质量。
第四，加热消毒（灭菌）也使果汁中的营养成分受损。
因此，建议尽量选择新鲜水果。当然，如果与碳酸饮料（可乐、雪碧之类）相比，果汁的营养价值还是很高的，要是非喝饮料不可，在营养方面果汁饮料还是较好的选择。另外，在吃不到水果的时候（例如旅行途中），喝果汁也是值得推荐的。
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