李定国挥军入湘，收复大批州县的时候，清湖南文武官员已在续顺公沈永忠率领下逃亡岳州。清定南王孔有德部与湖广清军相距甚远，后方已经形成严重威胁。然而孔有德自视甚高，除了在五月二十七日派部将孙龙，李养性防守全州以外，并没有把分镇南宁，柳州，梧州等地的驻军抽回缩防，而是继续分兵把守，一心做他的广西王。
六月间李定国率领精锐兵马由武冈，新宁直攻全州，二十八日全歼全州清军，将守将孙龙，李养性击毙。孔有德闻报大惊，第二天亲自带领桂林留守军队前往兴安县严关，企图扼险据守，又被李定国军打得大败，浮尸满江，当日傍晚狼狈逃回桂林，下令紧闭城门。六月三十日午后，李定国军进抵桂林城郊。孔有德看到定国军威甚壮，计量仅凭身边有限兵力估计难以守住桂林，于七月二日飞檄镇守南宁的提督线国安，镇守梧州一带的左翼总兵马雄，镇守柳州一带的右翼总兵全节放弃地方，领兵回援省会。同日，李定国大军就把桂林包围得水泄不通。明朝降将王允成当时正在孔有德藩下，他从前同马进忠关系良好。马进忠随李定国参加桂林战役，在城下喊话要王允成反正。王允成不敢答应，报告了孔有德。孔有德自知城内兵力单薄，必破无疑，考虑再三，对王允成说：“汝姑出应之，观彼何所云以报我。”王允成就登上城头，同马进忠接洽归顺事宜。据王允成城破之后说，孔有德实际上有投降的打算，但受到部将挟制而错过了时机。初四日中午，明军攻破武胜门，一拥而进，清军抵挡不住，孔有德额头中箭，自知难逃一死，怅然失色悲叹道：“已矣！”在王府内自杀，死前命令随从将其所居后殿以及掠得的珍宝付之一炬。孔有德的妻子白氏自溢前把儿子孔庭训托付给侍卫白云龙，嘱咐道：“苟得免，度为沙弥。勿效乃父做贼一生，下场有今日耳。”孔庭训被明军查获，几年后由李定国下令处斩，孔有德的妹妹（一说是女儿）孔四贞趁乱逃出，后被孝庄皇后收为养女。桂林城里的明朝降臣陈邦傅——就是企图挟持永历帝交给清廷作为投降献礼的那位，其子陈曾禹，清广西巡按王荃可，署布政使张星光都被活捉。接着，明军南下平乐，杀清府江道周令绪，活捉平乐知府尹明廷等，收复柳州，俘清右江道金汉蕙。在一段时间里，李定国亲自坐镇桂林，派出军队收复广西各府县，他委任总兵徐天佑为广西巡抚，并且设置了“布，按，有司”各官。
八月初二日，李定国派人把陈邦傅父子二人和清广西巡按王荃可，署布政使张星光解赴贵阳。九月初二日，秦王孙可望下令把陈邦傅父子押赴市曹剥皮揎草，王荃可，张星光处斩。然后将剥皮揎草的陈邦傅尸体送往安龙等地示众。
李定国占领桂林后，清定南王藩下提督线国安，总兵马雄，全节带领府，州，县官先后逃窜到同广东接境的梧州。情形狼狈不堪。八月，李定国乘胜挥军进攻梧州，线国安，马雄，全节不敢迎战，逃入广东乞怜于平南王尚可喜。八月十五日，李定国收复梧州，广西全省均告平定。清朝镇守广东的平南，靖南二藩得悉孔有德城陷自杀的消息，极为恐慌，急忙命令同广西接境的“州县文武官员如贼果薄城，即便相机护印入肇庆，以固根本”。这说明广东清朝当局已成惊弓之鸟，有意放弃肇庆以西的州县。后由于李定国很快率领主力北上湖南，不仅未能乘胜进军广东，连广西的局势也没能够稳固。到了这年九月间，清军重新占领梧州，十月，派官进驻开建。
李定国收复广西全省，功绩在南明史上空前巨大。它同1648年江西，广东反正来归性质不一样，是力歼强敌靠武力大获全胜的辉煌战果。李定国军以雷霆万钧之势，一举攻克桂林，使广西，广东清军闻风丧胆，原本他是有机会先行稳定广西，相机收取广东部分地方，以扩大南明控制区域的。可惜的是，孙可望得知清廷派将军尼堪即将进入湖南，于是下令调李定国部由桂入湘迎战。这一决策虽然成就了李定国后来取得衡阳大捷，但从战略上看，孙可望本可以留下一部分军队牵制辰州守敌徐勇，自己同白文选，冯双礼等大将率领主力入湘迎战尼堪。即便需要李定国出兵会战，梧州重镇也应该留下足够兵力防守的。孙可望的这个军事部署由结果来看是失算了的。
十月十三日，李定国亲自统兵进抵衡阳。李定国主力北上后，留在广西的兵力非常单薄，被清平南王尚可喜趁机命令线国安，马雄，全节等部水陆并进，重新占领梧州。后清军又乘虚而入占领柳州，阳朔，最终重新占领桂林。次年，李定国虽然曾经再次进攻桂林，但未能奏效。（待续）
