正仓院建于公元八世纪中期的奈良时代，是用来保管寺院和政府财产的仓库。虽然全部为木质建筑，由于其独特的校仓建筑，完好地保存了一千多年。现在由内阁府宫内厅管理。
据记载，奈良时代的官署和大型寺院内排列着许多仓库。“正仓”的本义是“储存税金的仓库”，是在律令时代在大藏省等政府机关中设置的，用于储存从各地缴纳的大米、绸布等物品。另外，各大寺院均设有正仓，存放各寺庙领地捐赠的物品和佛具等宝物，正仓周围有墙的区域被称为“正仓院”。南都（奈良）七大寺各有一座正仓院，但随着时间的推移，这些寺院逐渐废弃，只剩下东大寺正仓院内的正仓院建筑，因此“正仓院”就成了东大寺正仓院宝物库的专有名称。
建筑采用四坡屋顶、瓦顶的夜仓式建筑风格。正面尺寸约33.1米，进深约9.3米，地板下的柱子高度约2.5米。
室内地板有10列，每列4列的柱子，上面放置着被称为“台轮”的水平构件。在此之上，北仓和南仓的墙壁是通过堆叠20层的三角形截面木材建造的。
从内部看，墙壁“布满了缝隙”，外界光线可以从各处照射进来；而在湿度控制方面，这些宝藏之所以保存得很好，很大程度上是因为它们被装在多个盒子里，防止了湿度的“突然变化”。
正仓院是奈良时代现存最大的仓库，从建筑历史的角度来看非常有价值。
正仓院收藏有建立东大寺的圣武天皇和光明皇后使用过的服饰、家具、乐器、玩具、兵器等各式各样的宝物，总数约达九千件之多。其中也包括从中国唐朝、新罗等地运来的各种精品，甚至还有从波斯而来的文物，例如由萨珊王朝波斯制造的漆胡瓶，白瑠璃碗等等。
正仓院内曾发生多起火灾和盗窃事件。1095年，包括御库、南库在内的多处仓库被烧毁。1254年，一次雷击烧毁了仓库，但东大寺官员设法平安地取出了宝藏。
1039年、1230年、1610年发生了三起盗窃案，都是由工作僧人在检查宝藏或修复建筑物后偷窃而实施的，均被抓获。
正仓院进行了多次修复工程。据记载，从1031年至1877年间，院内进行了十几次的修复工程。
1913年3月至12月，正仓院进行了拆除和修复工作。
管理正仓院的宫内厅在2011年预算请求中列入了3.6亿日元的建筑费用，目的是在一个世纪以来首次对正仓院进行设施改善工作。2011年9月开始翻修，博物馆不对游客开放。一些申请者能够在有限的时间内参观建筑。翻新工程于2014年10月完成。
正仓院宝藏通常不对公众开放。二战前的一次大型公开展览是1940年11月在东京帝国博物馆举办的正仓院文物特别展（约140件），以纪念日本首任天皇“神武天皇”即位纪元2600年。在18天的展出期间，超过41万人入场，创下博物馆参观人数新纪录。战后于1946年10月首次举办。33件展品吸引了创纪录的15万名参观者。
近年来，每年秋天，奈良国立博物馆会举行正仓院展，向世人展示部分古代宝物。
正仓院也是联合国教科文组织1998年登录的世界文化遗产“古都奈良的文化财”之一部分。
位于正仓院以南的银杏树
