1912年底到1913年初的中华民国国会选举中，国民党若不计跨党人士，在参议院274个席位中赢得132个席位，在众议院596个席位中赢得269个席位，在参众两院中成为多数派，代理事长宋教仁可望成为国务总理，引起临时大总统袁世凯的猜忌。在国会正式召开第一次会议之前，袁世凯发电召宋教仁赴京面商国事，宋教仁认为大局已定，遂毅然起行；临行前，陈其美曾经嘱咐宋小心袁世凯；于右任亦劝宋改行海路，皆不为宋所接纳。宋教仁终于在1913年3月20日晚上10时于上海火车站被行刺，两日后去世，时年32岁。数日后，正凶武士英及协凶应夔丞落网，并且在应夔丞家中搜出了一封代国务总理赵秉钧给他的密电码一册、「叮嘱『以后有电直寄国务院』」的密函一份及多件由内务部秘书洪祖述指使他行刺宋教仁的电函；故此不少历史学家都认为袁世凯是幕后主谋，但亦有部份人认为幕后主谋者为赵秉钧。
